Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ITCH_0004800

Sequence Length

496 nt

GC Content

0.4012

GUUUUCCAACCUAUUGGUGGUAUGUCUGACAGUGGAUCACAACUUGGUUCAAUGGGUAGCCUCACCAUGAAAUCACAGCUUCAGAUCACUGUCAUCUCAGCAAAACUUAAGGAAAAUAAGAAGAAUUGGUUUGGACCAAGUCCUUACGUAGAGGUCACAGUAGAUGGACAGUCAAAGAAGACAGAAAAAUGCAACAACACAAACAGUCCCAAGUGGAAGCAACCCCUUACAGUUAUCGUUACCCCUGUGAGUAAAUUACAUUUUCGUGUGUGGAGUCACCAGACACUGAAAUCUGAUGUUUUGUUGGGAACUGCUGCAUUAGAUAUUUAUGAAACAUUAAAGUCAAACAAUAUGAAACUUGAAGAAGUAGUUGUGACUUUGCAGCUUGGAGGUGACAAAGAGCCAACAGAGACAAUAGGAGACUUGUCAAUUUGUCUUGAUGGGCUACAGUUAGAGUCUGAAGUUGUUACCAAUGGUGAAACUACAUGUUCAGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-125.6 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -134.33

Frequency: 0.0000

Diversity: 71.66

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.....(((.((....)))))....(((((((.(((((((.....))))))).)).((((..(((((((......((((((((((((...((((((((((((...((.((((((............(((((....))))).)))))).))....(((.((.....))))).(((......))).....((((((..........(((((((((...(((((.....(((((((............)))))))...((((.(((((.((((.(((.....))).)))).))))).))))))))).))))).)))).)))))).................(((((((..(((((.....((((....)))).))))))))))))..)))..)))))))))...((((....(((((((...((......))...)))))))....)))).........)))))))))))).....)))))))..))))....)))))..

Thermodynamic Ensemble Prediction

.....(({{((....)))))....(((((((.(((((((.....))))))).}}.((((..(((((((......((((((((((((,..((((((((((((....{,((,,,,...,,,,.....{((((....}))},,)))}}},{{{{{,((({(({,....,,,}.(((......))).....((((((..........(((((((((...(((((,....(((((((.,,....,,...)))))))...,{{{.(((((.((((.(((.....))).)))).))))}.))})))))).)))))},))).)))))).{{{.{{,{,,......|||||||...,,.......((((....)))).,}))))))))))}.)))..)))))))))..,((((....(((((((...((......))...)))))))....)))).......,.}))))))))))).....)))))))..))))..,.)))))..