Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_ITCH_0021900
Sequence Length
1493 nt
GC Content
0.4019
AGAAGAGAACAGACAGCAAUGGCAGAGUAUAUUUCGUCAACCACAACACACGAAUUACACAAUGGGAAGACCCCAGAAGUCAAGGUCAAUUAAAUGAAAAGCCCUUACCUGAAGGUUGGGAAAUGAGAUUCACAGUGGAUGGAAUUCCAUAUUUUGUGGACCACAAUAGAAGAACUACCACCUAUAUAGAUCCCCGCACAGGAAAAUCUGCCCUAGACAAUGGACCUCAGAUAGCCUAUGUUCGGGACUUCAAAGCAAAGGUUCAGUAUUUCCGGUUCUGGUGUCAGCAACUGGCCAUGCCACAGCACAUAAAGAUUACAGUGACAAGAAAAACAUUGUUUGAGGAUUCCUUUCAACAGAUAAUGAGCUUCAGUCCCCAAGAUCUGCGAAGACGUUUGUGGGUGAUUUUUCCAGGAGAAGAAGGUUUAGAUUAUGGAGGUGUAGCAAGAGAAUGGUUCUUUCUUUUGUCACAUGAAGUGUUGAACCCAAUGUAUUGCCUGUUUGAAUAUGCAGGGAAGGAUAACUACUGCUUGCAGAUAAACCCCGCUUCUUACAUCAAUCCAGAUCACCUGAAAUAUUUUCGUUUUAUUGGCAGAUUUAUUGCCAUGGCUCUGUUCCAUGGGAAAUUCAUAGACACGGGUUUUUCUUUACCAUUCUAUAAGCGUAUCUUGAACAAACCAGUUGGACUCAAGGAUUUAGAAUCUAUUGAUCCAGAAUUUUACAAUUCUCUCAUCUGGGUUAAGGAAAACAAUAUUGAGGAAUGUGAUUUGGAAAUGUACUUCUCCGUUGACAAAGAAAUUCUAGGUGAAAUUAAGAGUCAUGAUCUGAAACCUAAUGGUGGCAAUAUUCUUGUAACAGAAGAAAAUAAAGAGGAAUACAUCAGAAUGGUAGCUGAGUGGAGGUUGUCUCGAGGUGUUGAAGAACAGACACAAGCUUUCUUUGAAGGCUUUAAUGAAAUUCUUCCCCAGCAAUAUUUGCAAUACUUUGAUGCAAAGGAAUUAGAGGUCCUUUUAUGUGGAAUGCAAGAGAUUGAUUUGAAUGACUGGCAAAGACAUGCCAUCUACCGUCAUUAUGCAAGGACCAGCAAACAAAUCAUGUGGUUUUGGCAGUUUGUUAAAGAAAUUGAUAAUGAGAAGAGAAUGAGACUUCUGCAGUUUGUUACUGGAACCUGCCGAUUGCCAGUAGGAGGAUUUGCUGAUCUCAUGGGGAGCAAUGGACCACAGAAAUUCUGCAUUGAAAAAGUUGGGAAAGAAAAUUGGCUACCCAGAAGUCAUACCUGUUUUAAUCGCCUGGACCUGCCACCAUACAAGAGCUAUGAGCAACUGAAGGAAAAGCUGUUGUUUGCCAUAGAAGAAACAGAAGGAUUUGGACAAGAGUAACUUCUGAGAACUUGCACCAUGAAUGGGCAAGAACUUAUUUGCAAUGUUUGUCCUUCUCUGCCUGUUGCACAUCUUGUAAAAUUGGACAAUGGCUCUUUAGAGAGUUAUCUGAGU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-372.2 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -402.98
Frequency: 0.0000
Diversity: 377.55
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((...(.(((((..((((((((.((.(((((............))))).)).))..((((.....))))((((((..((((..............(((..(((....))).)))..........(((((...((((....))))...)))))))))...((((..(......)..))))......((..(((.(((...(((((.((........))....)))))..))).)))..))))))))...(((..(((((((((((((..(((.(((((((((...)))))...)))).)))..............(((((((((....(((((((((..((......))..))))))))).(((.((..(((((.((((((........(((.((((.......)))).))).........)))))).))).)))).))).((((((...)))))).)))))))))..)))))))))))))...)))....(((((........)))))(((((((((.....((((((((((((..........((((.((..((((((((..(((......((((.((((((.(((((((((((((((((((((((.......(((((((((........))))))))).((((((((((...........((.(((......))).)).(((((((((...))))).))))((((((...(((((.(((.((((.....(((......))).....)))))))))))))))))).(((((.((((((((.(((....((.(((.....))).))....))))))...((..(((....)))..))...(((((.......)))))......))))).))))).)))))))))).((.((((.(((.((((..(((((....(((((((....((((((((...))))))))........(((((.((((((((...)))).....(((((((((...(((((.(.(((((.....(((....(.((.(((((.......(((((((((((......)))))......))))))..........(((((((....((...((((.(((((((.(((((((.....)))))))..(((((.........))))).((((.....))))....)))))))..))))....))...)))))))))))).)).)..)))..))))).)...)))))))))))))).....)))).)))))...(((((.......)))))...)))))))...)))))))))..))).)))).))))))))))).)))).))).............))))))))))))))))))))...))))))))...))))))..........(((((.(((....))))))))...)))))))))).)))))))))))))))))))))))...))))......(((((...(((((((....))))))))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
,.{{(({,.((((((((((({{((,.((.{{.(((((............))))).}).}}..((((.....))))((((({..{{((,......,,,....{((,.(((....))).)))...,,.,.{{(((((,,,({{{...,))))...})))))),)...{{{{..,......,..}}}}...,.,{{({({(,(((...{((((.((........))....))))}..))).))).}))))))))...,,...(((((((((((((.{(((,(({{{{|||.,,))))}...)))}.,)).,............(((((((((....(((((((((..((......))..))))))))).(((.{{..({(((.((((((........(((.((((.......)))).)))......,}.}))))).))).))}}.))).((((({...,})))),)))))))))..)))))))))))))...)))})))||)))))){{{{.((((((((((((((..,,.{{((((((((((..........{({{.,,..((((((((..(((......((((.(((((,{(((((((,,,(((((((((((((,,.,...(({{{{(((........))))))}}}.,(((((((((......,,.||{||{,....||.,,||||.(((((((((...})))}.}}))|||{{(...((((,,(((.((((.....(((......))).....))))))))))))}|||}},(((,{.{{{{,||||,{|..,,,..,||,.,}},}}.}}.,}}}})}},.,.|(..{{|..,,})),,)}.,.(((((.......))))}......|}}}}.}}}}|,})))))))},.||.((((.(({.,{{{(.(((((.,..(((((((....((((((((...))))))))........(((((.((((((,....{|||,...,{((((({||..,{{{{{.|.(((((,,...{{(,...{.((.{{{{{||.,,,.(((((((((((......)))))......))))))..,}},,,,.(((((((....((...((((.(((((((.{{{({,{{..{{|||||,...(((((.........))))).||||},.}},}},,)),)))))))..))))....))...)))))))})))}.||.|,,}}}.,|}}}}.},..,,))))))))})},...)))))).)))))...(((((.......)))))...))))))).,.))))),))}.,))),)))),},))))))))).)))).}},,,......,,...))))))))))))))))))))...))))))))...}}}}},....,},}..(((((.(((....))))))))...)))))))))).)))))))))))))))),)))).....)))).},...(((({..,(((((((....)))))))))))).,
Back