Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_KIAA1244_0008500

Sequence Length

1219 nt

GC Content

0.5644

CGUGUCUUUCAGGGAAAUUGUGGUGAGCCUGCUGUCUCAUCAGGUGUUACUCCAGAACUUAUAUGACAUCUUGUUAGAAGAGUUUGUCAAAGGCCCCUCUCCUGGAGAGGAAAAGACGAUACAAGUGCCAGAAGCCAAGCUGGCUGGCUUCCUCAGAUACAUCUCUAUGCAGAACUUGGCAGUCAUAUUCGACCUGCUGCUGGACUCUUAUAGGACUGCCAGGGAGUUUGACACCAGCCCCGGGCUGAAGUGCCUGCUGAAGAAAGUGUCUGGCAUCGGGGGCGCCGCCAACCUCUACCGCCAGUCUGCGAUGAGCUUUAACAUUUAUUUCCACGCCCUGGUGUGUGCUGUUCUCACCAAUCAAGAAACCAUCACGGCCGAGCAAGUGAAGAAGGUCCUUUUUGAGGACGACGAGAGAAGCACGGAUUCUUCCCAGCAGUGUUCAUCUGAGGAUGAAGACAUCUUUGAGGAAACCGCCCAGGUCAGCCCCCCGAGAGGCAAGGAGAAGAGACAGUGGCGGGCACGGAUGCCCUUGCUCAGCGUCCAGCCUGUCAGCAACGCAGAUUGGGUGUGGCUGGUCAAGAGGCUGCACAAGCUGUGCAUGGAACUGUGCAACAACUACAUCCAGAUGCACUUGGACCUGGAGAACUGUAUGGAGGAGCCUCCCAUCUUCAAGGGCGACCCGUUCUUCAUCCUGCCCUCCUUCCAGUCCGAGUCAUCCACCCCAUCCACCGGGGGCUUCUCUGGGAAAGAAACCCCUUCCGAGGAUGACAGAAGCCAGUCCCGGGAGCACAUGGGCGAGUCCCUGAGCCUGAAGGCCGGUGGUGGGGACCUGCUGCUGCCCCCCAGCCCCAAAGUGGAGAAGAAGGAUCCCAGCCGGAAGAAGGAGUGGUGGGAGAAUGCGGGGAACAAAAUCUACACCAUGGCAGCCGACAAGACCAUUUCAAAGUUGAUGACCGAAUACAAAAAGAGGAAACAGCAGCACAACCUGUCCGCGUUCCCCAAAGAGGUCAAAGUGGAGAAGAAAGGAGAGCCACUGGGUCCCAGGGGCCAGGACUCCCCGCUGCUUCAGCGUCCCCAGCACUUGAUGGACCAAGGGCAAAUGCGGCAUUCCUUCAGCGCAGGCCCCGAGCUGCUGCGACAGGACAAGAGGCCCCGCUCAGGCUCCACCGGGAGCUCCCUCAGUGUCUCGGUGAGAGACGCAGAAGCACAGAUCCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-427.5 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -451.92

Frequency: 0.0000

Diversity: 349.57

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.(((.((((.(((((..((.((((((((((((((((((.((.(((.((......((((((...(((((...)))))...))))))....)).)))((((((...))))))...............((((.(((((((.......))))))).((((((((.(((.((.((((..((((((((((.(((..((((.......))..))..))).))))))))))........((((((((...)))))..))).)))))).)))..))))))))..(((((((.((.(((.........((((((...(((..(((.............)))..))).)))))).(((((.(((((................((((.((...))..)))).....((((((...))))))...))))).)))))((.((((((..((..((.((((((....)))))).))..))..)))))).)).....)))..)))))))))..))))....)).))))))).((((((..(((((((.........))))))..((((((.(((..((((...((((.(((((((((....((((((.((....(((((((((..((((.......))))))))..)))))(((..((((((((..((...((((....))))))))))).))).)))(((((..(((.((((((((((((((...((((.((.((((.(((((.(((((((((((((....((((......(((((((((.((((...........)))))))))).....)))....)))).)))))).....))))))))))))..(((((((((.....)))).....))))).......))))....)))))).))))))).)))))))))).))))).................)))))))).....))))........((((.((.((.............))...)).))))......(.(((((.....((.....)).....))))).)...((((((.(((.((.(((((((((.((..((((.....((((...))))))))...)).))))..))))).)).((....))))).)))))).))).)).))))....)))))))))))))......)..)))))))))))).))))).))..)))))..(((((((.....))))))).)))))))........

Thermodynamic Ensemble Prediction

.(((,{(((,(((((..((.((((((((((({{(((,({(({((({((......{(((((...(((((...}))))...))))))|,,.,,,||}((((((...)))))).....,,.......,|((({(,((((,.,.,,,)))))}||,{(((((((.((({(,.((((..((((((((((.(((..(({(.......))..}}..))}.))))))))))........({{(((((...)))))..}}),))))}}.}))..)))))))}|.{{(((((,((.(({..,......((((((,,,(((.{(,{..........,.,||||.}}},||||}}.(((((.{((((..,..,,,,,,..,{.((((.((...))..))))....,|{{{{|,,,))))}},..))))}.)))))((.((((((..((..((.((((((....)))))).))..))..)))))).)),...,))},.}}}}}}}}}..}))..}}})}.}}},}}},(((((((..((((((.........)))))).}||||||,|||.,||||,}|||||}||||(((((..,.((((((.({,,.,(((((((((..{(({......,}}},)))}..)))))}||,.((((((((..{{...((((....)))))}))))),,)).,..(((((..(((.((((((((((((((...((((.((.((((.,{,,,{((((,,((((((,,,{,{(((..,...,{{|||||{,||{{{,{......,.)))}}|||}|,,...,||{{.{||||{|,|||,.....},)))},}))))}}.}||},,}}}.}},,)))}}}...))))}......))))....}})))).))))))).)))))))))).))))).................})))))))..,..)))}}..,,...,,||,||.,,...........,,||,,.,|(({({.....,|,{((((.,,.,({.....)).....))))).,.,...((.({(,(.(({(,(({..,))|))}}|.))),}|||||,,.}})))))},,,))}))))}})))),..||{{...,|}|}}.,||||},,||{||,}},,.,..))))}))}}}))),,....,)))}}))}))))))}})))).))..)))))..(((((((.....))))))).)))))))........