Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_MACF1_0062800

Sequence Length

653 nt

GC Content

0.4349

UCAAAGCUGGAAGAGGCCCUCAACUUGGCAACAGAAUUCCAGAAUUCCCUACAAGAAUUUAUCAACUGGCUCACUCUAGCAGAGCAGAGUUUAAACAUCGCUUCUCCACCAAGCCUGAUUCUAAAUACUGUCCUUUCCCAGAUAGAAGAGCACAAGGUUUUUGCUAAUGAAGUAAAUGCUCAUCGAGACCAGAUCAUUGAGCUGGAUCAAACUGGGAAUCAAUUAAAGUUCCUUAGCCAAAAGCAGGAUGUUGUUCUGAUCAAGAAUUUGUUGGUGAGCGUGCAGUCUCGAUGGGAGAAGGUUGUCCAGCGAUCUAUUGAAAGAGGGCGAUCACUAGAUGAUGCCAGGAAGCGGGCAAAACAAUUCCAUGAAGCUUGGAAAAAACUGAUUGACUGGCUAGAAGAUGCAGAGAGUCACCUGGACUCAGAACUAGAGAUAUCCAAUGACCCAGACAAAAUUAAACUUCAGCUUUCUAAGCAUAAGGAGUUUCAGAAGACUCUUGGUGGCAAGCAGCCUGUGUAUGAUACCACAAUUAGAACUGGCAGAGCACUGAAAGAAAAGACUUUGCUUCCCGAAGAUAGUCAGAAACUUGACAAUUUCCUAGGAGAAGUCAGAGACAAAUGGGAUACUGUUUGUGGCAAGUCUGUGGAGCG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-165.1 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -176.08

Frequency: 0.0000

Diversity: 176.44

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((..........)).((((.(((((((.((((((.((((((((((((.......)))))).(((....(((((((((.((...))))))).........((((..((((((.(((((.((((...........(((((((...(((...((((......((((((.....)))))).(((((((((...(((((..((((((((.........((((((........))))))))))......((((((...)))))).))))..))))))))))))))))))..)))...)))))))(((((((...)))))))..........(((.((((.....))))))).)))).)))))................(((((((((...(((((((.((((................((((..(((((((.......)))...)))).)))))))).))).........)))).)))))))))....(((((((....))))))))))))).)))).(((.((...((((......))))..)).))).))))..))).........(((((((((((..((((.(((((....))))).))))....)).)))).))))).....)))))).))))...)).))))).)).)).)).

Thermodynamic Ensemble Prediction

((..........)).((((.(((((((.((((((.((((((((((((.......)))))).,{,.,,{((({{((((.({.,,}|}}))|.........((((..(((((({({(({.((((......,{{{,(((((({,.,{((,,{((({....,.((((((.....))))}}.{((((((((,{((((.({...||.}}}}.}}...{{((((((........)))))},}},....,}|{||,|,,,|}|||,.||||..,,|||}}}})}})}}}}}..||||..}}}))))|{||{{{||.})}}}|}.,,,,..,.,(((|{(({.....))))))).)))}.))))),....,,{{{{.....(((((((((...(((((((.(((({........,}.....((((..(((((((.......)))...)))).)))))))).))).........)))).)))))))))....||||||,.,,.}}}}})))))))).)))).(((.((...((((......))))..)).))).}})}.,}}.......,|.(((((((((((..{({{.((((|....))))).)})),...)).)))).))))).....)))))).))))...)).))))).)).)).)).