Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_MTO1_0003700

Sequence Length

1051 nt

GC Content

0.4681

CCAGAAGAUCAGCUGCCAUGUUACUUGACUCACACCAACCCUAGAGUGGAUGAGAUUGUCCUUAAGAACCUUCACCUUAAUAGUCAUGUUAAAGAAACGACAAGAGGACCUCGAUACUGUCCCUCCAUUGAAUCAAAAGUUUUGCGUUUUCCAAACCGUCUACAUCAGGUUUGGUUGGAACCUGAAGGAAUGGAUUCUGACCUUAUCUACCCACAGGGGUUAUCUAUGACGCUACCAGCUGAGUUACAAGAGAAAAUGAUCACAUGCAUCAGAGGCUUGGAGAAAGCUAAAGUGAUUCAGCCAGGCUACGGUGUUCAGUAUGAUUACUUAGAUCCCCGUCAGAUCACCCCUUCCUUGGAGACUCAUUUGGUUCAACGACUCUUCUUUGCUGGACAGAUCAAUGGCACCACUGGUUAUGAGGAAGCUGCAGCUCAAACAGAGUGUUGCUCUGUUGCCAGGCUGGAGUGCAGUGAUAUGAUCUCCCAGCUUCAAGCGAUCCUCCUGCCUCAGCCCUCCCUAGUAGCUGGGACUGCAGGCAUGCACCACAACACCCAGGGUGUGAUAGCCGGAAUCAACGCCAGUCUUCGGGUCAGUCGCAAGCCUCCCUUUGUGGUUAGCCGAACAGAAGGUUACAUAGGAGUCUUGAUUGAUGACCUCACUACUCUGGGCACCAGUGAACCAUACCGCAUGUUUACCAGCCGAGUAGAGUUCCGUUUGUCACUGCGCCCUGAUAAUGCUGACAGCCGGCUCACACUGCGAGGGUAUAAAGACGCUGGCUGUGUGUCCCAACAACGAUAUGAAAGAGCUUGUUGGAUGAAGUCUUCUUUAGAAGAAGGCAUUUCUGUGUUGAAAUCUAUUGAGUUUUUGAGCUCUAAAUGGAAAAAAUUAAUCCCAGAGGCUUCUAUAAGUACUAGUAGAAGUCUGCCUGUCAGAGCUCUCGAUGUUCUGAAGUAUGAGGAAGUUGACAUGGAUUCAUUAGCCAAGGCUGUUCCAGAGCCCUUGAAGAAGUAUACUAAAUGUAGAGAGCUGGCUGAAAGACUGAAAAUAGAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-309.9 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -330.32

Frequency: 0.0000

Diversity: 198.8

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((....((.((((((((((((.((..((((.((........(((.((((.(((((((((((.......(((...((((((....)))))).))).......))))))...))).)))))))))..((((((((((((((((..((((((((((((..........)))))))..)))))...((((((.((..((((((..............((((..(((((.((((((.((.((((((((((..((....(((....)))...))...(((((.....)))))...))))))))))..))....)))))).((((....)))))))))))))))))))....)).)))))).))))))..)))))))))).((((((.(((.((((((((.....((((...(((((((...(((((.(((...((...((((((((...)))))))))).(((((((((..((......))..)).)))))))..)))..))))).((((((((...((((........))))))).)))))............((((((((((((..((.((........)).)).....(((((....((((.((((...((((..(((((........))))))))))))).)))).....))))))))).)))))))).)))))))..))))......)))...))))).))).))))))(((.((((((..(((.........))))))))).)))..(((((.((.((.((......)).)).)).)))))..((((((((...........).))))))).....((((((((...)))))))).((((......))))(((((((((((....)))))..))))))............(((((((((((((........))))))))))..)))(((((((.......))))))).)).))))..)).))))))))......))))(((((((.......)).)))))........(((.....)))))...))))((.................))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((....((.(((((((((((({((..((((.((........(,(((((((((.,,((((,,.....{{(((,..((((((....)))))).|||,{{.{,,{|||||.........))})})}..,{{,,,{,,...|||||,|||||(((((((..........)))))))..,)}}}.)))})},,.})}},,,}},))))))))}.,..{(((((.(((,.,((((,,.{{.((((((((((..,,....,((,{,.,,,,.,)}...(((((.....)))))...))))))))))..))|,,.((|{,{{({{{.,,.)))),})},,,,)))))))).))))))..((((((((((((.,,{{((((((((((((.(((.((((((((,....((((...(((((((...(((((.(((...||...((((((((...))))))))||.(((((((((..((......))..))))})))))..}))..))))).(((((((({,,{{({........)))}))).)))))............((((((((((((..,{,((,.......,,.),.,}}|(((((.{{,((((.((((...((((..{((((........))))))))))))).))))..,}}))))))))).)))))))).)))))))..))))....,.)))...))))).))).))))))(((.((((((..(({.........,)))))))).)))..(((((.((.((.((......)).)).)).)))))..((((((({...........}.)))))))..,,.((((((({...))))))))..|||...))))))}}}.,.)))))))))))),}}....,|||.........,,,(((((((((((((........))))))))))..)))(((((((.......))))))).)).)))).})).})))))))......})))(((((((.......))))})))........(((.....)))))...))))((.................))