Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_NF1_0040200

Sequence Length

2354 nt

GC Content

0.4291

GUUCAAAACUGGUCAAAUCAAUGGUGAUUUGCUGAUAUACCAUGUCUUACUGACUUUAAAGCCAUAUUAUGCAAAGCCAUAUGAAAUUGUAGUGGACCUUACCCAUACCGGGCCUAGCAAUCGCUUUAAAACAGACUUUCUCUCUAAGUGGUUUGUUGUUUUUCCUGGCUUUGCUUACGACAACGUCUCCGCAGUCUAUAUCUAUAACUGUAACUCCUGGGUCAGGGAGUACACCAAGUAUCAUGAGCGGCUGCUGACUGGCCUCAAAGGUAGCAAAAGGCUUGUUUUCAUAGACUGUCCUGGGAAACUGGCUGAGCACAUAGAGCAUGAACAACAGAAACUACCUGCUGCCACCUUGGCUUUAGAAGAGGACCUGAAGGUAUUCCACAAUGCUCUCAAGCUAGCUCACAAAGACACCAAAGUUUCUAUUAAAGUUGGUUCUACUGCUGUCCAAGUAACUUCAGCAGAGCGAACAAAAGUCCUAGGGCAAUCAGUCUUUCUAAAUGACAUUUAUUAUGCUUCGGAAAUUGAAGAAAUCUGCCUAGUAGAUGAGAACCAGUUCACCUUAACCAUUGCAAACCAGGGCACGCCGCUCACCUUCAUGCACCAGGAGUGUGAAGCCAUUGUCCAGUCUAUCAUUCAUAUCCGGACCCGCUGGGAACUGUCACAGCCCGACUCUAUCCCCCAACACACCAAGAUUCGGCCAAAAGAUGUCCCUGGGACACUGCUCAAUAUCGCAUUACUUAAUUUAGGCAGUUCUGACCCGAGUUUACGGUCAGCUGCCUAUAAUCUUCUGUGUGCCUUAACUUGUACCUUUAAUUUAAAAAUCGAGGGCCAGUUACUAGAGACAUCAGGUUUAUGUAUCCCUGCCAACAACACCCUCUUUAUUGUCUCUAUUAGUAAGACACUGGCAGCCAAUGAGCCACACCUCACGUUAGAAUUUUUGGAAGAGUGUAUUUCUGGAUUUAGCAAAUCUAGUAUUGAAUUGAAACACCUUUGUUUGGAAUACAUGACUCCAUGGCUGUCAAAUCUAGUUCGUUUUUGCAAGCAUAAUGAUGAUGCCAAACGACAAAGAGUUACUGCUAUUCUUGACAAGCUGAUAACAAUGACCAUCAAUGAAAAACAGAUGUACCCAUCUAUUCAAGCAAAAAUAUGGGGAAGCCUUGGGCAGAUUACAGAUCUGCUUGAUGUUGUACUAGACAGUUUCAUCAAAACCAGUGCAACAGGUGGCUUGGGAUCAAUAAAAGCUGAGGUGAUGGCAGAUACUGCUGUAGCUUUGGCUUCUGGAAAUGUGAAAUUGGUUUCAAGCAAGGUUAUUGGAAGGAUGUGCAAAAUAAUUGACAAGACAUGCUUAUCUCCAACUCCUACUUUAGAACAACAUCUUAUGUGGGAUGAUAUUGCUAUUUUAGCACGCUACAUGCUGAUGCUGUCCUUCAACAAUUCCCUUGAUGUGGCAGCUCAUCUUCCCUACCUCUUCCACGUUGUUACUUUCUUAGUAGCCACAGGUCCGCUCUCCCUUAGAGCUUCCACACAUGGACUGGUCAUUAAUAUCAUUCACUCUCUGUGUACUUGUUCACAGCUUCAUUUUAGUGAAGAGACCAAGCAAGUUUUGAGACUCAGUCUGACAGAGUUCUCAUUACCCAAAUUUUACUUGCUGUUUGGCAUUAGCAAAGUCAAGUCAGCUGCUGUCAUUGCCUUCCGUUCCAGUUACCGGGACAGGUCAUUCUCUCCUGGCUCCUAUGAGAGAGAGACUUUUGCUUUGACAUCCUUGGAAACAGUCACAGAAGCUUUGUUGGAGAUCAUGGAGGCAUGCAUGAGAGAUAUUCCAACGUGCAAGUGGCUGGACCAGUGGACAGAACUAGCUCAAAGAUUUGCAUUCCAAUAUAAUCCAUCCCUGCAACCAAGAGCUCUUGUUGUCUUUGGGUGUAUUAGCAAACGAGUGUCUCAUGGGCAGAUAAAGCAGAUAAUCCGUAUUCUUAGCAAGGCACUUGAGAGUUGCUUAAAAGGACCUGACACUUACAACAGUCAAGUUCUGAUAGAAGCUACAGUAAUAGCACUAACCAAAUUACAGCCACUUCUUAAUAAGGACUCGCCUCUGCACAAAGCCCUCUUUUGGGUAGCUGUGGCUGUGCUGCAGCUUGAUGAGGUCAACUUGUAUUCAGCAGGUACCGCACUUCUUGAACAAAACCUGCAUACUUUAGAUAGUCUCCGUAUAUUCAAUGACAAGAGUCCAGAGGAAGUAUUUAUGGCAAUCCGGAAUCCUCUGGAGUGGCACUGCAAGCAAAUGGAUCAUUUUGUUGGACUCAAUUUCAACUCUAACUUUAACUUUGCAUUGGUUGGACACCUUUUAAAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-639 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -684.46

Frequency: 0.0000

Diversity: 549.64

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((.........(((.((((((((((((((....))).)))).(((((((((((.................((....(((((((((...(((((((((....(((.....)))...(((....)))....((((((((..((.....)).))))))))........(((((((((..(((....)))....(((((.(((....)))))))).((((((((((.((((.((((.....))))..((((((((((((..((((...(((.(((.......((((.((((((...((.((((((((((....((((.(((....(((((((......(((.......)))..((((...))))(((((........)))))((....))...)))))))...))))))).....(((.((....)).)))......(((.(((((.(((..((.......))..))).))))).))).....)))))))))).)).(((.........)))..........(((((.....)))))..((((((...)))))))))))).)))).......))).)))....)))))))).))))))))))))...)).)))))))))))))))))..)))))..))))..)))))))..))....)).((((...(((.......)))....))))....(((((.((((((........((.(((((...)))))))((........))...........(((((((..((((((.........))))))))))))).))))))..)))))...(((((.((.((((.............)))))).))))).((((((((..(((....(((..........)))....)))......))))))))))))))))))).(((((((((.((((......))))............((((...((((((((((((((((...)))))))...........(((((....))))))))))))))...)))))))))))))......(((.((....)).))).......(((((((((((....((((((.......)))))).......(((((..((((((((....((((....(((((....))))).))))...........(((((((..(((((((((((...)))))))))))(((((((((.(...((((.....))))))))))))))....(((((((((((((..((((((((((.(((((((...))))))).)))))))))).............))))))))))))).......(((((..((((.(((.................))).))))))))).((((((...(((......)))...))))))......(((((...))))).((.....))(((.(((((((.((((........)))).).))))))))).)))))))((((.......((.((((((.....)))))).))))))..(((((.....))))).((((....)))).))))))))..)))))........(((((........)))))((((((....))))))......(((((((..((((((((.((...)).))).))))).............))))))))))))))))))(((((((.((((.(((((((....((((((...(((((.......))))).((((.(((((((.(((...))).))))))).))))((((((...((((((((((...(((((((....((..(((((((..(((((.(....).))))).......))))))).))..)))))))..)))).((((((....(((((......(((((...................)))))....)))))....))))))..))))))...)))))).(((...)))..))))))....)))))...((((((...(((.(((.(.(((((.((((..((((...(((((.((((..........)))).))))).....))))....(((((............))))).((((((((((.....(((((((((((........((((......))))(((((((((...)))))))))....)))))......((((...((((((...................))))))))))........(((..............)))..))))))..)))))))......)))...........)))).))))).)..))))))...))))))......((((((......)))))).)).))))..)))))))))))))).)))))(((....)))

Thermodynamic Ensemble Prediction

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