Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PTK2_0011000

Sequence Length

725 nt

GC Content

0.4510

UAACAAUGCGUCAGUUUGACCAUCCUCAUAUUGUGAAGCUGAUUGGAGUCAUCACAGAGAAUCCUGUCUGGAUAAUCAUGGAGCUGUGCACACUUGGAGAGCUGAGGUCAUUUUUGCAAGUAAGGAAAUACAGUUUGGAUCUAGCAUCUUUGAUCCUGUAUGCCUAUCAGCUUAGUACAGCUCUUGCAUAUCUAGAGAGCAAAAGAUUUGUACACAGGGACAUUGCUGCUCGGAAUGUUCUGGUGUCCUCAAAUGAUUGUGUAAAAUUAGGAGACUUUGGAUUAUCCCGAUAUAUGGAAGAUAGUACUUACUACAAAGCUUCCAAAGGAAAAUUGCCUAUUAAAUGGAUGGCUCCAGAGUCAAUCAAUUUUCGACGUUUUACCUCAGCUAGUGACGUAUGGAUGUUUGGUGUGUGUAUGUGGGAGAUACUGAUGCAUGGUGUGAAGCCUUUUCAAGGAGUGAAGAACAAUGAUGUAAUCGGUCGAAUUGAAAAUGGGGAAAGAUUACCAAUGCCUCCAAAUUGUCCUCCUACCCUCUACAGCCUUAUGACGAAAUGCUGGGCCUAUGACCCCAGCAGGCGGCCCAGGUUUACUGAACUUAAAGCUCAGCUCAGCACAAUCCUGGAGGAAGAGAAGGCUCAGCAAGAAGAGCGCAUGAGGAUGGAGUCCAGAAGACAGGCCACAGUGUCCUGGGACUCCGGAGGGUCUGAUGAAGCACCGCCCAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-209.6 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -222.34

Frequency: 0.0000

Diversity: 183.89

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

......(((((((((((..((((...((((((((((.(((......)))..)))))((((((.((.((((((((..((.((((((((((..(((((.((((.((....)).)))).))))).(((..(((((....(((((..........)))))))))).))).........))))))))))))..)))))))).))......(((((.((((.((((((((.(.....).)))))))).))))...)))))((((......))))....(((((((((((((((.......((((((...(((.....)))....)))))).(((.......))).......)))))).))))))))).....))))))((((((((((.(((.....))).))).)))))))....)))))...))))..)).)))))))))(((.(((..((.((.((((((((.((...........((((((..((..............))..))))))((((........)))))))))))(((((((....(((((((.((...((((((((((....((((....)).)).(((((.((.((((.((........)).))))...)).))))).........)))))))))).......)))))))))..(((((((....((((........))))...)))))))))))))).))).)).))..))))))..

Thermodynamic Ensemble Prediction

,,...,(((((((.{,{|||,{{,{{(({.,{((((.(((,,....})||.))))}|,|,.{,((.((((((((..((.((((((((((..(((((.((((.((....)).)))).))))).(((..(((((....(((((..........)))))))))).))).........))))))))))))..)))))))).)),,....|||||.((((.((((((((.(.....).)))))))).)))),{{|,,,}{{{{{{{,,{{{{|.{|.(((((((((((((((.......((((((...(({.....)))....)))))).(((.......))).......)))))).)))))))))..,,}}}}}}.{||{{{,{{{.|||,....)))}))),,)}))||,(({{{({(,..{{((((((({.|({.((((((((,....(((((((((.((.(((...(({....}))..))).))...}))))),.})},......))))},))).)}.....)))}}))))||{{{{{....(((((((.((...((((((((({....{{{{.,,.}}.)}|{{(({,{{.((((.({....,.,.)).)}}),,,}},)})}),},......}}})))}}}}....,,,)}))))))).,((((((({{..((((........))))}},)))))))}}}})}|{,...,,,)))))}}))},,