Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PTK2_0012900

Sequence Length

698 nt

GC Content

0.4255

GAGAAUCCAGCUUUGGCGGUUGCAAUUAAAACAUGUAAAAACUGUACUUCGGACAGCGUGAGAGAGAAAUUUCUUCAAGAAGCCUUAACAAUGCGUCAGUUUGACCAUCCUCAUAUUGUGAAGCUGAUUGGAGUCAUCACAGAGAAUCCUGUCUGGAUAAUCAUGGAGCUGUGCACACUUGGAGAGCUGAGGUCAUUUUUGCAAGUAAGGAAAUACAGUUUGGAUCUAGCAUCUUUGAUCCUGUAUGCCUAUCAGCUUAGUACAGCUCUUGCAUAUCUAGAGAGCAAAAGAUUUGUACACAGGGACAUUGCUGCUCGGAAUGUUCUGGUGUCCUCAAAUGAUUGUGUAAAAUUAGGAGACUUUGGAUUAUCCCGAUAUAUGGAAGAUAGUACUUACUACAAAGCUUCCAAAGGAAAAUUGCCUAUUAAAUGGAUGGCUCCAGAGUCAAUCAAUUUUCGACGUUUUACCUCAGCUAGUGACGUAUGGAUGUUUGGUGUGUGUAUGUGGGAGAUACUGAUGCAUGGUGUGAAGCCUUUUCAAGGAGUGAAGAACAAUGAUGUAAUCGGUCGAAUUGAAAAUGGGGAAAGAUUACCAAUGCCUCCAAAUUGUCCUCCUACCCUCUACAGCCUUAUGACGAAAUGCUGGGCCUAUGACCCCAGCAGGCGGCCCAGGUUUACUGAACUUAAAGCUCAGCUCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-179.8 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -193.69

Frequency: 0.0000

Diversity: 200.47

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((...))(((((..(((((((((.......(((.((....))))).....((((((..((.(((......((((((((((((.(((.(((((((((((((((..((((...((((((((((.(((......)))..)))))((((((.((.((((((((..((.((((((((((..(((((.((((.((....)).)))).))))).(((..(((((....(((((..........)))))))))).))).........))))))))))))..)))))))).))......(((((.((((.((((((((.(.....).)))))))).))))...)))))((((......))))....(((((((((((((((.......((((((...(((.....)))....)))))).(((.......))).......)))))).))))))))).....))))))((((((((((.(((.....))).))).)))))))....)))))...))))..)).))))))))))..))).))).))))).......))))))).......((((((..((..............))..))))))......)))))..))))))........((..((......))..))..(((((((........))))))).))))))(((.....)))........))).))))..)

Thermodynamic Ensemble Prediction

({...}}(((((,,(((((((((.......,,,,||....,||||.,..,{||||||.(({({({,...,||||||{,{{{{,{{,.,{,{(({((((((((.,({((...{{{{{{||{|.|||,,,.,,|}||,}}}}|,,,..,,((.((((((((..((.((((((((((..(((((.((((.((....)).)))).))))).(((..(((((....(((((..........)))))))))).))).........))))))))))))..)))))))).)|{,,...{|||{.((((.((((((((.(.....).)))))))).)))).,.}}}}},,||,,...,||||,||,(((((((((((((((.......((((((...(({.....)))....)))))).(((.......))).......)))))).)))))))))..,,|},,}|,{((((({{((.{{{.....))).))).))))))),|||}||||...||||,,||,|}}||}||||{{||,...}{||||{{{{.((.{({...{({....}}}..}}}.}}...}}}}}},.|}|}...,,,)))},,}}},}),,..,)))}}))}},}...,,,}}|||....,.,,...(((((((........))))))).)))))}{{|,,,..}}),.,,....))).})})..)