Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PTK2_0018500

Sequence Length

579 nt

GC Content

0.3955

AAACAGAUGAUUAUGCUGAGAUUAUAGAUGAAGAAGAUACUUACACCAUGCCCUCAAAAAGCUAUGGAAUAGAUGAAGCCAGGGAUUAUGAGAUUCAAAGAGAAAGAAUAGAACUUGGACGAUGUAUUGGAGAAGGCCAAUUUGGAGAUGUACAUCAAGGCAUUUAUAUGAGUCCAGAGAAUCCAGCUUUGGCGGUUGCAAUUAAAACAUGUAAAAACUGUACUUCGGACAGCGUGAGAGAGAAAUUUCUUCAAGAAGCCUUAACAAUGCGUCAGUUUGACCAUCCUCAUAUUGUGAAGCUGAUUGGAGUCAUCACAGAGAAUCCUGUCUGGAUAAUCAUGGAGCUGUGCACACUUGGAGAGCUGAGGUCAUUUUUGCAAGUAAGGAAAUACAGUUUGGAUCUAGCAUCUUUGAUCCUGUAUGCCUAUCAGCUUAGUACAGCUCUUGCAUAUCUAGAGAGCAAAAGAUUUGUACACAGGGACAUUGCUGCUCGGAAUGUUCUGGUGUCCUCAAAUGAUUGUGUAAAAUUAGGAGACUUUGGAUUAUCCCGAUAUAUGGAAGAUAGUACUUACUACAAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-130.6 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -141.62

Frequency: 0.0000

Diversity: 123.79

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

......((((((.......))))))...((.(((((.((((....(((((.((............))...........(((((..((((....(((.....)))...))))..)))))..(((((((((...(((((...((((.((((((........))))))......((((.(((....(((.(((.((((((........))).))).))).)))..))).)))).....((((((....))))))))))..)))))..)))))))))(((((.((.((......)).)).))))).(((((.((.(((.(((((..(((((((((((((..((.((((((((((..(((((.((((.((....)).)))).))))).(((..(((((....(((((..........)))))))))).))).........))))))))))))..))))))))..(((....(((((.((((.((((((((.(.....).)))))))).))))...))))).....))).....)))))..)))))))).)).))))).))))).....))))))).)).))...

Thermodynamic Ensemble Prediction

.....{(({{{{...,{,,|,||||.,.{{{{(,.,.,.||}...((((({.........)},})))....,......(((((..((((....(((.....)))...))))..))))).,(((((((((...(((((...{(((((((,((...,,...}|}|||..,{{.((((.(((....(((.(((.((((((........))).))).})).)))..})).))))..},}||||||....},)))))))}..)))))..))))))))){{{{{.{{.{|..,,.,,},)).))))),|{{{{,||,|||.(((((..(((({((((((((..((.((((((((((..(((((.((((.((....)).)))).))))).(((..(((((....(((((..........)))))))))).))).........))))))))))))..))))))))..(((,...(((((.((((.((((((((.(.....).)))))))).))))...)))))..}},)}}.....)))))..)))))}||,||{||}},...,}}..},}}}}.}}}.}}......