Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PTK2_0029200

Sequence Length

584 nt

GC Content

0.4418

AAAAGAUGUUGGUUUAAAGCGAUUUUUUCCUAAGAGUUUACUGGAUUCUGUCAAGGCCAAAACACUAAGAAAACUGAUCCAACAAACAUUUAGACAAUUUGCCAACCUUAAUAGAGAAGAAAGUAUUCUGAAAUUCUUUGAGAUCCUGUCUCCAGUCUACAGAUUUGAUAAGGAAUGCUUCAAGUGUGCUCUUGGUUCAAGCUGGAUUAUUUCAGUGGAACUGGCAAUCGGCCCAGAAGAAGGAAUCAGUUACCUAACGGACAAGGGCUGCAAUCCCACACAUCUUGCUGACUUCACUCAAGUGCAAACCAUUCAGUAUUCAAACAGUGAAGACAAGGACAGAAAAGGAAUGCUACAACUAAAAAUAGCAGGUGCACCCGAGCCUCUGACAGUGACGGCACCAUCCCUAACCAUUGCGGAGAAUAUGGCUGACCUAAUAGAUGGGUACUGCCGGCUGGUGAAUGGAACCUCGCAGUCAUUUAUCAUCAGACCUCAGAAAGAAGGUGAACGGGCUUUGCCAUCAAUACCAAAGUUGGCCAACAGCGAAAAGCAAGGCAUGCGGACACACGCCGUCUCUGUGUCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-134.5 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -146.7

Frequency: 0.0000

Diversity: 185.71

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((((((.......))).)))))))((((((.((((..((((((...((..((........))..)).....))))))..)))).))))).......(((((((((....)))....(((((((((.......(((((((..(((....)))))).))))........)))))))))((((......))))((((..((((((....)))))).))))((((((..(((((.......(((.(((((..(((........))))))).).)))(((.(.((((.((((.....(((..((((..(((.....((.((((.....)))).))................(((((..........))))))))))))..))).(((((.(((((..((.......))....)))))))))).....(((.((((((.....))))).).)))(((((((((((((..........))))...))))))).)))))).)))).))))...)))))))))))...........)))))).....((.....))..((((((.((((.......)))).)))))).)

Thermodynamic Ensemble Prediction

..((((((((((.,,..((({{(((({(((({((.(({{,,(((((({{.((..((,,......||..},....,|}}}}}..}}}}.})))).....{(((({..(({....}}},,,.,((((({((,,,,{{{(((({((,.(((,...,}}}},,)))}.},,.},,)))))}}))||||.,,}},)))|((((..((((((....)))))).)))))))))}..}}}}..},.}}})))))),}}..|||...,},.,)}}))),.,,.,)}}.))))))).((((({{{{((,.,((((...,,.....||}||,....}})))),.,.....,,......,..{(({{..........)))}}||}}}}}..,,),,}|||((((.((((((....((((...((.((((...{....((((((((.,..,.(((|{|{{..(((,(((((((({(((,.,......})},)}}}))))))){((({.....},,))),..}.)))..}))))))..,......))))))))....}.....))))))...).))).....)))))).)))))))))