Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PTK2_0033900

Sequence Length

1125 nt

GC Content

0.4338

AAUAUGACAGAUACCUAGCAUCUAGCAAAAUAAUGGCAGCUGCUUACCUUGACCCCAACUUGAAUCACACACCAAAUUCGAGUACUAAGACUCACCUGGGUACUGGUAUGGAACGUUCUCCUGGUGCAAUGGAGCGAGUAUUAAAGGUCUUUCAUUAUUUUGAAAGCAAUAGUGAGCCAACCACCUGGGCCAGUAUUAUCAGGCAUGGAGAUGCUACUGAUGUCAGGGGCAUCAUUCAGAAGAUAGUGGACAGUCACAAAGUAAAGCAUGUGGCCUGCUAUGGAUUCCGCCUCAGUCACCUGCGGUCAGAGGAGGUUCACUGGCUUCACGUGGAUAUGGGCGUCUCCAGUGUGAGGGAGAAGUAUGAGCUUGCUCACCCACCAGAGGAGUGGAAAUAUGAAUUGAGAAUUCGUUAUUUGCCAAAAGGAUUUCUAAACCAGUUUACUGAAGAUAAGCCAACUUUGAAUUUCUUCUAUCAACAGGUGAAGAGCGAUUAUAUGUUAGAGAUAGCUGAUCAAGUGGACCAGGAAAUUGCUUUGAAGUUGGGUUGUCUAGAAAUACGGCGAUCAUACUGGGAGAUGCGGGGCAAUGCACUAGAAAAGAAGUCUAACUAUGAAGUAUUAGAAAAAGAUGUUGGUUUAAAGCGAUUUUUUCCUAAGAGUUUACUGGAUUCUGUCAAGGCCAAAACACUAAGAAAACUGAUCCAACAAACAUUUAGACAAUUUGCCAACCUUAAUAGAGAAGAAAGUAUUCUGAAAUUCUUUGAGAUCCUGUCUCCAGUCUACAGAUUUGAUAAGGAAUGCUUCAAGUGUGCUCUUGGUUCAAGCUGGAUUAUUUCAGUGGAACUGGCAAUCGGCCCAGAAGAAGGAAUCAGUUACCUAACGGACAAGGGCUGCAAUCCCACACAUCUUGCUGACUUCACUCAAGUGCAAACCAUUCAGUAUUCAAACAGUGAAGACAAGGACAGAAAAGGAAUGCUACAACUAAAAAUAGCAGGUGCACCCGAGCCUCUGACAGUGACGGCACCAUCCCUAACCAUUGCGGAGAAUAUGGCUGACCUAAUAGAUGGGUACUGCCGGCUGGUGAAUGGAACCUCGCAGUCAUUUAUCAUCAGACCUCAGAAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-285.6 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -310.08

Frequency: 0.0000

Diversity: 322.45

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

....((((((.((((...((((((..........(((((((.(.((((...((((..((((((((..........))))))))....((......))))))...)))).)....(((((((....(((((((..............(.((((((......)))))))((((.((.(((.........))))).))))...(((.((((...((((.....((((((((((.((............((((....))))............((((((((((((((......))....(((((((..(..((((((((((((.((((((((.((((((.(((....((((..((((.(((((((((....)))).))).)))).))..))))((((((((((((((...)))))).))))).)))..............)))))))))))).....)))))....))))))))))))..)..)))))))..(((.......((((((.(.((((((((....((((((((((.(((((((((.(((..(((((((((....)).)))))))..)))........)))))))))((((((((.......))))(((.(((((((((.(((((((.((((.......)))).)))))))(((((.((((..((((((...((..((........))..)).....))))))..)))).))))).............((((...(((((...((....))....)))))))))..(((...((.((((....)))).))..))))))))))))))))))))))))))))).((((((....))))))....(((((.....).))))........))))))))))))))).......)))(((.(((......((((..((.(((((((..(((((..........))))).....))))))).)))))).......))).)))...........))))))))).)))..)))))))))))).....)))))))).)))..))))))))))))))..))))).))...)))))))))))))..(((((((((((((..........))))...))))))).))))).....

Thermodynamic Ensemble Prediction

....{{,{{(.{{{{,{{(({(({,{........{{{||{|}|}{{{(...{{{{..((((((((..........))))))))....,,......,})))).,,)))).}....(((((((....(((((((..............{.((((((......))))))}((((.((.{((,......,})}})).))))...(((.((((...((((..,..((((((((((,((..,,....,},.((({....||}|............(({{(((((((((.(((((,{,((.{((((((,,,|,.,,.},}}}},|.|{|,((((({{{(((({(,{(((((((((((((((((({(((((....}}}).))).)||,(({.....,))),,{{(((((((...})))))}.}}||(((....{.{(((((,...(((....))).{(((((.(((((((((((,{(((({.,((..,.},|||,,|((,{((....,,,...,,}.})),.)},.,},},..}}}}))}},,})))))))))).)))))))))))}.})))},)))))))}}})))))),{{,...((((((.((...((((((..,((,...,,,..}}}...((((((((((.,,..((({,{(({{((({{((.(({{{{(((((({{.((..((,{......||..|,....,|}}},,..},,,.})))).....{((((,..(({....}}},,,.,((((({((,,,,{{{(((({((,.(((,...,}}}},,)))}.},,,},,)))))}}))||||.,,}}})))|((((..((((((....)))))).)))))))))}..}}}}..},.}}}))))))}}}..|||...,,,.,))})))..,,..))).)))))))...))))))..)).))))))..))...}.}))))},..,.)))))).}..,}}}.,,...))))).),..........})))))))).)))..,,)))))))))).,...)))))))).)))..))))))))))))))..|||,|{||{{.,,,,))))),),)}}((((((((({(((,,,......})},)},,))))))).))}},.....