Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PTK2_0044700

Sequence Length

562 nt

GC Content

0.4413

AAUAUGACAGAUACCUAGCAUCUAGCAAAAUAAUGGCAGCUGCUUACCUUGACCCCAACUUGAAUCACACACCAAAUUCGAGUACUAAGACUCACCUGGGUACUGGUAUGGAACGUUCUCCUGGUGCAAUGGAGCGAGUAUUAAAGGUCUUUCAUUAUUUUGAAAGCAAUAGUGAGCCAACCACCUGGGCCAGUAUUAUCAGGCAUGGAGAUGCUACUGAUGUCAGGGGCAUCAUUCAGAAGAUAGUGGACAGUCACAAAGUAAAGCAUGUGGCCUGCUAUGGAUUCCGCCUCAGUCACCUGCGGUCAGAGGAGGUUCACUGGCUUCACGUGGAUAUGGGCGUCUCCAGUGUGAGGGAGAAGUAUGAGCUUGCUCACCCACCAGAGGAGUGGAAAUAUGAAUUGAGAAUUCGUUAUUUGCCAAAAGGAUUUCUAAACCAGUUUACUGAAGAUAAGCCAACUUUGAAUUUCUUCUAUCAACAGGUGAAGAGCGAUUAUAUGUUAGAGAUAGCUGAUCAAGUGGACCAGGAAAUUGCUUUGAAGUUGGGUUGUCUAGAAAUACG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-154 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -165.4

Frequency: 0.0000

Diversity: 129.7

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.....((((...(((((((.((.(((((......(((....)))...((((..((..((((((.(((............((((......)))).(((((((((((((..(((....)))((.((((...(((..(.(.((((....(.((((((......))))))))))).))..)))..)))).))))))))))..)))))..((((((((((.(((....))).)))))).))))(((....((((.((((((((..........))))).)))))))...)))(((.((..(((((((..(..((((((((((((.((((((((.((((((.(((....((((..((((.(((((((((....)))).))).)))).))..))))((((((((((((((...)))))).))))).)))..............)))))))))))).....)))))....))))))))))))..)..))))))).))))).......((((....)))))))))))))))..))))...)))))..)).)))))))))))..........

Thermodynamic Ensemble Prediction

..,{{,,(({{{(((((((.((.(((((.....,(((.,,,|||.,{(({{...,,.(((((,,(({..,,,,,....,{(((,,,...||||.{{|{||||||{|{..(((....,,}||,||||...|||..|}}}|,,,...}|,((((((......))))))}}}))})}.}))}..},||{||}|||}|}}.,||||},.((((((((({.(((....))).}))))).)))){{{.,,,((((.{{((((((..,,...,,.))))))}))))))...}))(({{((..(((((((..(..((((((((((((.((((((((.((((((.(((....((((..((((.(((((((((....)))).))).))))}})..)))){(((((((((((((...})))))},)))).))}...{,....,,...)))))))))))).....)))))....))))))))))))..)..))))))).))))).......{{{{....)}))))))}})}))).)))))...)))))..)).)))))))))))}....}},..