Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PTK2_0054000

Sequence Length

390 nt

GC Content

0.3615

GUAAACAAAGACAGCUUUAUCGGACGAGCUUCCAAGAGCUUAAAGAUUACCUCCCAGGAUCUGGGCAAAGGGCCAAACUUUUCUUUGAGCAAGGCGGUUAAUCCUUUACUGCAUAAGCCCUAGCAAAGCAAAUUAUUAUUUCUGUCAUUACUAGGGAGUUCAAGAAAUUAUUAUUGCUCCUAGAUAUAAGAUAUGUUGUAACCACAUACAGUAACAUUUACCACGAAACUGAAAAAUUAGAAUUUCUACACACAGGUGAGGAUGUCUCCAGAAGUGUGUCAUACUUGACAUCUGUUCUAACAUUUCUAUCAGGGAUUUGAAUAAAGAACAGGAGUCACACUGGGAGACAGUUCAUUUUUAGAAUUUUAGAUUUUUAAAAUAUUUUGACAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-81.2 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -90.36

Frequency: 0.0000

Diversity: 113.86

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((.....(((((..(((((((..((((.((....(((((((((...((((((((...)))))...)))..........)))))))))..)).))))..)))......((....)).((((...(((((......((((((......(((....)))...)))))).....))))).))))......)))).))))).................)))))(.(((((...(((((((.(((.(((((.....(((((((..(((((((...(((((.........(((.((((((((..((..(((.....)))..)).....)))))))).)))))))).))))))).))))))).))))).))).)))))))......)))))...)

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((,....,..{((({{...{{{.,||||}}|..,,|||{{{{{{...((((((((...)))))...}}},.........}}})))}}}...(((({,,,....,,)))))....,{,{{{{.,,,||{,,.....,,,|{|||,....||||||{||..,},,,,......,,))))))))..,.....|{{{{{({,...,,,})}}||....,}))){.{{{{{.{|(((((((,(((.(((((.....(((((((..(((((((...(((((,.......|{((.((((((((..{(.,(({.....}))..}).....)))))))).)))))))).))))))).))))))).))))),))),)})))))......}})))..,)