Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PVT1_0007700

Sequence Length

250 nt

GC Content

0.5440

AGCCAGUCUUGGUGCUCUGUGUUCACCUGGUUCAUCUGAGGAGCUGCAUCUACCCUGCCCAUGCCAUAGAUCCUGCCCUGUUUGCUUCUCCUGUUGCUGCUAGUGGACAUGAGAAGGACAGAAUAACGGGCUCCCAGAUUCACAAGCCCCACCAAGAGGAUCACCCCAGGAACGCUUGGAGGCUGAGGAGUUCACUGAGGCUACUGCAUCUUGAGACUCAGGAUGAAGACCCAGCUUGGGGCUGUCAAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-74.2 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -79.71

Frequency: 0.0001

Diversity: 36.57

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((...(((.((.....))))).))))))((((((.(((((((((((((....((....))..))))...))).(((((..((((((.((((..........)))).))))))))))).......))))))))))).....((((((.((....))......(((((....)))))((((((.((..(((((((((.((.(........))).)))))..))))..))))))))))))))......)

Thermodynamic Ensemble Prediction

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