Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PYCR2_0000200

Sequence Length

905 nt

GC Content

0.5249

GGAGCUGCCAAGAUGCUGCUGGACUCGGAGCAGCAUCCAUGCCAGCUUAAGGACAAUGUCUGCUCCCCUGGGGGAGCCACCAUCCACGCCCUGCACUUUCUAGAGAGUGGGGGCUUCCGCUCUCUGCUCAUCAAUGCAGUUGAGGCCUCCUGUAUCCGAACACGAGAGCUACAGUCCAUGGCCGACCAAGAAAAGAUCUCCCCAGCUGCCCUUAAGAAGACCCUCUUAGACAGAGUGAAGCUGGAAUCCCCCACAGUCUCCACACUGACCCCCUCCAGCCCAGGGAAGCUCCUCACAAGAAGCCUGGCCCUGGGAGGCAAGAAGGACUAAGGCAGCAUCUGUCCCCUCUGUGAUUCAGAGCCCUUAGUUGAGAGCCCCUGCCGCCCCUGCCACCCCCCUGCCCCGCUCCCACCAUUGCCCCUCCUCAGCUGUGCAAGGAGAAAGCAUGCUUAGGAAGUUUUCAGGUCCUUGUGAUAAAACCUCCUUAAAUCUGUUCAGACCAAGCAAUGCGAGCUUCCUCUCCUGUCCCAUGUUGGAAGUUGCUCUGAAGGGGUGGUAGAUGCUGGAAGCCAGACACAACCCUGCGUACGCUGCUCAGUUGGUGGAGACUGGGGCUGGGACUGGAGUCAGCCCAGCUGGGAGGAGGGGCUGGGGAGGAUCUGCAGCUGAAGCCCGAGGCAGGGUUGGUGUGAUGCCAAGGCAAAGUGGUGAGGAGAAAACAGGAAACGGGCUUUCUCUGAAUUGGUAAAUGGGAAAGAAGUGAGCAACUUAAGAUUGUCACAAUUAAUCACAAGUGUACAGGAUUAGACUGGGUUUAUAUUUAACUCUUGCUUCAUAGGUGUACCAUUUAAAGAGUGUUAUUUAAUGCUAAGUUUAACUGCUUUAAUAAAGUUUAUUUUUAAAUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-300.9 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -316.3

Frequency: 0.0000

Diversity: 279.77

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.((((((.((.(((((((((........)))))))))..)).))))))..((((...))))((((((....))))))((((((....(((..(((.......(((((((((((.((((((((((((.((......(((((((.((((..(((((((((....)).))..))))).....)))).....(((.....)))...)))))))...(((((......))))))))))))...))).)))).)))))))..))))(((((((((((((((...(((((((..(((.((....)).)))....))))))).(((......((((((((..((.((((..............))))))))))))))....)))...((..(..((((..((((((.(((((.((((((......((((((((((((((.(((..(.....(((.....((((.(((((((.(....).)))..)))).))))...((((.((((((.........((.(((((((................))))))))))))))).))))(((.(.((((((...)))).))).))).)))...)..))).))))))).))))...)))((((((.(((....)))))))))))))))..))))).)))).))....))))..)..))..))))..))))))))))).)))...)))...)))))).(((((((.(.(....)..).)))))))....(((((.((......((((((((..((((..(((((.......)))))..))))...(((.......)))((((.......))))))))))))....)).))))).(((((((((...(((((....)))))...))).))))))....(((((....))))).

Thermodynamic Ensemble Prediction

.((((((.({.(((((((((........)))))))))..}).))))))..((((...}})}((((((....)))))){{{{{|,...(((,((((,,....,(({{(((((((.{(((((({((((,{{......(((((((.((((,.(((({{(({....}).)},.))))).....)))}..,,.,{{.....}}}.,,)))))))..,(((((......)))))),||))).,,))),)))}.)))))))..}}},{{({(({{(((((((...{{(((((..(((,((,,,.,}.}||,{,,|}}}|||.(((......((((((((..((.((((,,..,...,.,...))))))))))))))....}}}}}}{{|{,{{(((({.((((((.(((((.((((((......((((((((((((((.((({({{{,.,((,{{{,.((((.(((((((.{....}.)))..)))).))))...{{((.(({{{{....,,...|||,|||{{{,,,,,,..........)))})}})))))))),)))}(((.{.((((((...)))).))).))),}||....,)))).))))))).))))...)))((((((.(((....)))))))))))))))..))))).)))).))....}}}},.,..))..}})),,)))}))))}}}.,))},.)))...})}))),||||{,,.,.|,...).}},))))))),...,}}||.,|||}...|,,((({({,{{{{..(((((.......)))))..}}))},,|||,.,||{,|||((((.,.....}||||||}}},},|.,||...)))}|||||||||...|{,||,.,}),))),,,)}}|}|||},..,.||{{{,,..)}))).