Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_RAPGEF2_0009300
Sequence Length
2560 nt
GC Content
0.3453
UUUUGGCAAGCGUUCUGCAGGAAGUUUUAGGCGUGGCUGUGAAUGCAUUGUUUUAGAGCCUUCUGAAAUGAUUGUGGUAAGAGUAUUUCUGUGAGGACUAUUUUUCCCCUAAAAAAUUGUAUGAAAUAAAGGCAUUUUUAUAAACUGCUUAUAAUAUUAGAUUUUUGUUGAAUAGAAAAUAUUGUAUAUUUUCUAUAACAGAUAUAUUUAUUUCACAACUUUUUAUUAAUAUGAAUUUGAGUUCAUAAUCAUAUUUUAUUAUUUACAGGAUUCAAUUAAAUGCCAAAAAAAUUUAAAAAGUACAAGUAGCUAAGUGUUUGGUUUUUGUACUUUGUAAUUCAAUCUAUAAUAAUGCCAUUUAAUUGAAAUUUGGGGAGAAUCUCUUGAUUGCAGGAUUUUAGCUCUCCAAGUGUUGAUUGGAAUGAGUGACUUACUUUAAAUCAAUCACUAGGUUUGCUGGUGUGAGAACAAUUUUGGAAUCUAAACAUGCCUCCAUUGUGAGCAAUCGUGAGGAAUAACCAAAUGGAACUUGUGUUCACUGUUAAUUCAUUCAUUAGAGUUUCUAAGAUGUUUUAAAUGAGGAAUUAUUUUUUAAACAACACUAUUUUAAAAAACACAAGAAAAUCACUUGAAUUUUUUCAAGUUAUUAAAAGGAAAUUUGGGGAUUAUUAUGCUGGUUAAACACUCUGUUGACAUCUUUUCCCUCUUUUUAAUGUAAUUUUGUGACAAAAAUUUAUAAACAGAGAUUAUACAUAGAACAUAUUGUUAAAAUAGAUAUUAGCAACAUACUUUGAAGCUUAAAAACCAAACCUGUCAUACUUUUUACUUACUGUAUAAGAAUGAUUUUAAGAUAGGAUAAUAUGUACCCUUUAAAAAAUUUAGUAACAAAAAUAAGAUGAGGUGGAAGGGGAGUUUCCCAGCCUAGACAUUCAGUUGAUAUUCUUACUGUCUCCAUCCAGCACCCUAGCUGGGAAGGAAGAUCUUGUAAAGUAAAUGAUGUCUAAAUAAAGAUGAUGAUGGAAACUUUUAUUCACAUUUAGUAAAGUAUUUAGUAAACAAUUCUAGGUCUCUUUUCAGAGAAGAUGUAGGGUUUUUCCCUAUGAUGUAGGAGAGGAAUUCUGUCAGAAAUGAGAACUUCCUCAUCAAAGCUAGCGAACUUUUUGUAAAAUUUACUAAAAUAUUUGGUAAAGUUUUACAAAACGUACUCAAGUGAGAAAGUAGCAUAGUAAUGGUAAGGAUUUAGGAUUGGGAAGAAUGUAGGCAGAUAUAUAGCACUUUCCAACAGUAGAUAGUCUUAGAUAUUUCCUUGAGAUUUUGCCCUCUGUUAAUGCUACUUUUAGAUUUCUCUGGAGGAUUUUUAGUCUUUAAAACUGAGUAUUUUAUACUUGCUGAUACUACACAAACUACUAGGUUUGCUGGUGUGAGAACAGUUUUGUAACCUAGACAUGCCUCCAUUAUGAGAAGUCACAUGAGGAAUAACCUAAUGUAACUUUUAUUCCCUGUUCAUUCAUCAGCAUUUCUACUUUUUUUUUUUUUUUUUUUGGAGACGGAGUCUUGUCGUGUUGUCUAGCUUGAAGUGCAGUGGCGCGAUCUCAGCUCACUGCAACCUCCACCUCCUGGGUUCAAGCAAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGGGUAGCUGGGAUUACAGGCACGUGCCACCACACCCAGCUACUUUUUUGUAUCUUUAGCAGAGAUGGGGUUUCACCAUGUUGGCCAGGCUGGUCUUGAACUCCUGACCUCGUGAUCCACCCGCCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCGUGAGCAACUGUGCCUGGCCUAAAAUUUUUUUAAAUGAGGAAUUACUUUUAAACAACACUAUUUAUAAAAAAAGAAACCGAAGUCAUGGAAUGAAAGUAGAAGGAGAAACCCUUGCGUAACCUACCAAAGCCAUUCUGUUAGCACUGUUUUUGAGUCAUUCAGGAUUUGGAAGUUUUUACAGAUUUCCAUCAGGGUUUUUUUUUUUUUUUUUUUCUUUUUUCUACGUUGCUUAAGACAGUGUGGCAGUUGCUUUCAUAAUGUGUGGUAAUGUAUCCUGUGAGAUCUUUCACUAAUAAAUCAGUACAAAGACUGCUGAAAAUAUCCUUCCCUUUGAAACUACAGGAAAUUCAAGAGUUACCCAUAUUGUCCUAAGUGGAACUGAAAAUGCCUCCUCAUAAAAGAAAUGUUACUCAAAACCAGUUAGUUCCAGAGAAGUUCAGAGACACUUGAAGUUUGUCUAGAUAGUUUUCUACAGAUGUCUUUGCAAGAUGAUUGAAUAUGGGUUAUCUGUAAGUUUCUUUCUGUAUCUAAUAUUAAUAGGAAAUGUUGUGUUUGGAGAAAUGAAAUUUUGGGGGGUUUUAUUUCAGGUGGACUAUAUGGAUGAAAAUGAAGAAUAUUUUCAGCGGCAAGCUUCCCAUAGACAGUCUCGAAGGAGAUUUAGAAAAAUCAACCAGAAAGGUGAAAGACAAACAAUUAUUGACACUGUGGAUCCUUAUCCCAUGGGCAAACCUCCUUUGCCUAGAGGCUAUCACACG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-635.8 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -693.49
Frequency: 0.0000
Diversity: 694.37
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((.(((.(((((..((((.....((((((((((.(((((.(...(((((((((((((....)))))))))))(((((...((((((.(((((..(((.......)))....(((((((..(((...((.((((((((....))).))))).)).)))..))))))).....(((((((((((...))))))))))).))))).))))))...)))))............(((((((....)))))))..................((((.((((((((((((.((.......(((.((((((((((.((((((....)))))))))))))))).)))...............)).)))))))))))).))))((((((((..(((((.(.(((((....(((...((.((((((((((.....(((((...)))))..)))))).)))).))...)))((((.(((..((..(((((...)))))..))(((((((((....)))).).))))(((..((((((....((((((((......((((((.((((((((((..((...))..)))).))))))))))))..(((((((.........)))))))))))))))..(((.(((((((....))))))).)))........))))))..))).....(((((......(((((.((..((((((.((.((((.((((....((((((......))))))..)))).))))............((((((((((............(((..((.....))..)))..............(((((.(((..(((.....))).))).)))))..........))))))))))..............................)).))))))..)).)))))...)))))(((((((..((..(((((......(((((((((.(((((......)))))(((((((((......((((((...(((((...........((((((..((.(((((..(........)..)))))...........(((((((.(((((((....))).)))).)))))))....(((((...))))).((((((((((..........)))).))))))......(((.(.(.((.(((((((((((((((((((...)))))).))))))))))))).)).).).)))..(((((((((((..((((((..((((((((...((((((((..((((........))))...))))))))...)))))((((((((........))))))))....)))))))))))))))))))).((((((((((((((((.(((((....(((((((((((((...)))))..((.((((((..((((((....)))))).)))))).))..))))))))....))))).)).))))))....))))))))(((.(.(((((((.............)))))))))))))..)))))))))))..))))))......)))))))))))))))))).....))))))).))))))).......((((((((.((.......))))))))))..)))))))))))).).)))))..))))))))))).)))))....(((((((((((......(((....)))......))))))))))).....(((((((...))))))).((((((........((((((((((((..((..(((.((.(((.(((((((...(((...((....))...)))...)))))))))))).))))))))).))))))))...((((((((.....)))))))).............................))))))((((....((((.(((((.(((((((((((((((((.(((...))))).....((((((...(.(((.......))))...)))))).(((((((((....)))))))))..)))))))))))))))))))).))))..)))).....))))))))))......)))).)))))))).))((((((((..(((((...(((((....)))))..........)))))....(((((((((((((.((((..((((((...........))))))......((((((.((((.........((((((..(((((((...((((....((((.(((.(((((((....((((((((((.(....(((((.........)))))....).))))))(((((....((((((.(((((((.......)))))))))))))......)))))..............))))...))).)))).))).))))...)))))))))))....))))))..)))).))))))........)))).)))))))))))))..((((((((((((..((((((....))))))........(((.((.....)))))....................))))))............((((((((.....))))))))))))))))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
((.(((.(((((..((((,,{,,(((((((((,.(((((,(,,.{{{{{((((((({....})))))))}}|{||((.{{(((((.{(((,,.}||}.}}}}}})})}.{{((((,(({,.{({{((({(((((,((....})).))))}.........,||,||{{{{..{((((((((((...)))))))))))}))))).}},}))})})))))).}}}}}}..{{((((({{.{{.,,,)),,.}}}}}},..,,,,,,,.|||{.((((((((((((.((.......{,,.((((((((((.((((((....)))))))))))))))).}}}...............)).)))))))))))).}}}}((((((((..(((((.{.((({|...,{((...((.((((((((((,{,.,((({,.,,))})),.)))))).)))).))...)))|{(({{{{,,{{..{{{({..,||,,,,,||{{(({((({.,..}}}}.},}}}),,,..{{,,,,}|,.({(((({|,.....((((((.{((((({(({..{{...)).,})))}}})))})))))),{(((((({.........)))))))))}}}}}}....,.(((((((....))))))),{{{{{{,,,,.....{(({{,,,,,,,,{{{({{,{,,{.,,|}||}}|,,,,..||,||||,||||||{,(((((({,....}}}}}},,},}),)))),,,,,.....,.,,{{,((((({{........}}}}}},,{...,,|}..}||,,,,........,,(((((.(((..(((.....))).))).))))},}}},},}}}}}}}}}},}}.}}},,,......}}}}},,..........,,.||((((({,{(({|...}))){{|{((((((..((..(((((...{,.(((((((({.(((((......))))){((((((((....,.((((((...(((({,,.......,.((((((.,((,,,,{{,,{{,...,,,|.||||,,.,}}}.,,,,.,{{((((.(((((({....)))}}))},|||||}}...,(((({...})))).(((((({({{.,{{....}})))}.)))))).,,...{{{.{.{.((.(((((((((((((((((({...}))))))))))))))))))).)).},|.,}}}}(((((((((((..((((((,,((({((((.,.((((((((..((((........))))...))))))))...|||}},(((((((.....,,.))))))))}}}})}}))))))))))))))))).((((((((((((((,,.(((((....(((((((((((((...)))))..((.((((((..((((((....)))))).)))))).))..))))))))....))))).),.))))))....)))))))){((,,,(({{{{,,,,.,,,,.....}}})))),}})))..)))))))))))..)))))).....,)))))))},))))))))),}...)))))}}.)))))))}},,...((((((((.((.......)))))))))).,}))))))))))).).)))))..))))))))}}}.})))},|,,{((((((((((......(((....)))......)))))))))}|{{{{{(,.,,...}}))))|||{{,,..,.}},,...((((((((.(((,.,(..{{{.,|.||{.(({{{{|,,.,||||.||,,,,||,.,)}),})))),,,}}})}).)})}},}}},)))))))),,,||||||||,,,,.|||,.....}}},},..,.|||||.|||...,,,,|||}|||,({{{....((((.(((((.((((((((((((((({(,{{{...,}},,.....{(((((...{.(((.......))),...)))))}.(((((((({....}))))))))..)))))))))))))))})))),))))..})))...},}})))))))),,),).)))).)))))))).))(((((((({.,{{{,...(((({....}))))..........,},,,..{.(((((((((((((.((((.,(((({(.,{...,|...,)),,},}||,.((((((.((((....,,,,,{(((({..(((((((,,.,{({....,{((.(((.{((((({....(((({(((((.({{..(((((,,...,,,.)}))).}}.}.)))))|(((((....(((((,{(((((((.,...,.)))))))))))))......)))))}.............))))...})).)))}.))).))),...))))))))))),}},)))))}..)))).)))))).,,,....)))).))))))))))))),.{({{({{{((((..{(((((....)))))}........{{.{((.....))))}..............,,,...))))))|.......||..((((((((.....))))))))}}))})))))))))
Back