Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_SETDB1_0002800

Sequence Length

720 nt

GC Content

0.4958

GAACCUUGAGUCAGAUGUCUGGAGAACUAAGCAAAGAUGGUGACCUGAUAGUCAGCAUGCGAAUUCUGGGCAAGAAGAGAACUAAGACUUGGCACAAAGGCACCCUUAUUGCCAUCCAGACAGUUGGGCCAGGGAAGAAAUACAAGGUGAAAUUUGACAACAAAGGAAAGAGUCUACUGUCGGGGAACCAUAUUGCCUAUGAUUACCACCCUCCUGCUGACAAGCUGUAUGUGGGCAGUCGGGUGGUCGCCAAAUACAAAGAUGGGAAUCAGGUCUGGCUCUAUGCUGGCAUUGUAGCUGAGACACCAAACGUCAAAAACAAGCUCAGGUUUCUCAUUUUCUUUGAUGAUGGCUAUGCUUCCUAUGUCACACAGUCGGAACUGUAUCCCAUUUGCCGGCCACUGAAAAAGACUUGGGAGGACAUAGAAGACAUCUCCUGCCGUGACUUCAUAGAGGAGUAUGUCACUGCCUACCCCAACCGCCCCAUGGUACUGCUCAAGAGUGGCCAGCUUAUCAAGACUGAGUGGGAAGGCACGUGGUGGAAGUCCCGAGUUGAGGAGGUGGAUGGCAGCCUAGUCAGGAUCCUCUUCCUGGAUGACAAAAGAUGUGAGUGGAUCUAUCGAGGCUCUACACGGCUGGAGCCCAUGUUCAGCAUGAAAACAUCCUCAGCCUCUGCACUGGAGAAGAAGCAAGGACAGCUCAGGACACGUCCAAAUAUGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-216.1 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -228.7

Frequency: 0.0000

Diversity: 227.58

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((.((((..(((((.(((........((((..(((((..(((((((((.....(((.........)))............((((((((((..((((...))))..))))..((((....))))(((..(.........)..)))....((((....)))).....)))))))))))))))..))))).))))........(((((((..(((((.(((.......))).)))))..))))))).((((...((...(((....)))..)).))))(((..((((......))))..)))..))).)))))........))))))))))((((((......)))))...((((((((((((.(((...((((.((..(.(((.......))).).)))))).....))).))))))).)))))..((((((((((.(.(((....))).)))))).)))))..(((((.((((.((((.....)))).(((((....))))).((((((...))).))).).))).)))))((((.((((.((((.((((((((((((.(((((((......))))...))).))))))(((((.....((((........)))).....(((((((......)))))))(((((...)))))....)))))....(((.(((.((.....))..)))))).)))))).))))...))))..)))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(,.((((({(({,{.((({(((,.......((({..((({(,,({{{{{{||||.|,|||...{{((..,,..,.,...........,,(((((..((((...))))..))))}}|||}}}}.})})|||}}|}........}..|||....{{{{,,..,..,,,.....,))}}}))))))}..}))}}.))}),}..,...(((((((..(((((.(((.......))).)))))..))))))).|||,.......,(((((((..(((.{((((((...((.((((((.,.(((..((...(({..{(((({{...,,||..,,)}}},,.,,,...,}))))).)))))..))).,,.)))))))).))))))}.)))..)))))))}((,{,(((((......{||{{((((||.{{|,,..((((((((((.(.(((....))).)))))).))))).{|{{|{.{{{{,,{{(,,...||}}.{{,,|,...}))))}|{||{,..,},}.})).}|))).))))),|||}||{,.{|||}|||||,{{{{||,||{{|||......}}||,,|}}}.}}))))||{{{.....,(((,.,,..,.}))).,}..(((((((......)))))))(((((...)))))....,,|||{..{({({({(.,{.....})..)),})),}}))))}))},...)|||....)))