Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_SLC29A1_0000700

Sequence Length

1110 nt

GC Content

0.5387

GCCCCUGAGGGAGGGAGCUGUCAGCCAGGGAAAACCGAGAACACCAUCACCAUGACAACCAGUCACCAGCCUCAGGACAGAUACAAAGCUGUCUGGCUUAUCUUCUUCAUGCUGGGUCUGGGAACGCUGCUCCCGUGGAAUUUUUUCAUGACGGCCACUCAGUAUUUCACAAACCGCCUGGACAUGUCCCAGAAUGUGUCCUUGGUCACUGCUGAACUGAGCAAGGACGCCCAGGCGUCAGCCGCCCCUGCAGCACCCUUGCCUGAGCGGAACUCUCUCAGUGCCAUCUUCAACAAUGUCAUGACCCUAUGUGCCAUGCUGCCCCUGCUGUUAUUCACCUACCUCAACUCCUUCCUGCAUCAGAGGAUCCCCCAGUCCGUACGGAUCCUGGGCAGCCUGGUGGCCAUCCUGCUGGUGUUUCUGAUCACUGCCAUCCUGGUGAAGGUGCAGCUGGAUGCUCUGCCCUUCUUUGUCAUCACCAUGAUCAAGAUCGUGCUCAUUAAUUCAUUUGGUGCCAUCCUGCAGGGCAGCCUGUUUGGUCUGGCUGGCCUUCUGCCUGCCAGCUACACGGCCCCCAUCAUGAGUGGCCAGGGCCUAGCAGGCUUCUUUGCCUCCGUGGCCAUGAUCUGCGCUAUUGCCAGUGGCUCGGAGCUAUCAGAAAGUGCCUUCGGCUACUUUAUCACAGCCUGUGCUGUUAUCAUUUUGACCAUCAUCUGUUACCUGGGCCUGCCCCGCCUGGAAUUCUACCGCUACUACCAGCAGCUCAAGCUUGAAGGACCCGGGGAGCAGGAGACCAAGUUGGACCUCAUUAGCAAAGGAGAGGAGCCAAGAGCAGGCAAAGAGGAAUCUGGAGUUUCAGUCUCCAACUCUCAGCCCACCAAUGAAAGCCACUCUAUCAAAGCCAUCCUGAAAAAUAUCUCAGUCCUGGCUUUCUCUGUCUGCUUCAUCUUCACUAUCACCAUUGGGAUGUUUCCAGCCGUGACUGUUGAGGUCAAGUCCAGCAUCGCAGGCAGCAGCACCUGGGAACGUUACUUCAUUCCUGUGUCCUGUUUCUUGACUUUCAAUAUCUUUGACUGGUUGGGCCGGAGCCUCACAGCUGUAUUCAUGUGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-371.1 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -389.51

Frequency: 0.0000

Diversity: 201.15

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((.....)))).))(..(((((((((......((((((((((.((.(((((((.((((.(.(((((...((((.(((((...((((....)))))))))))))...)))))).))))....(((((...(((((((...))))))).((((..((((((...(((((.((((...((((((((......)))))))).))))...)).)))))))))....(((((....))))).)))).....)))))......(((((((.(.....).))))).))............))))))).....(((.(((((((((((((((.(((.........................))).)))(((((((............))))))))))))))...))))))))..)).))))))))....)).......)))))))...((((((((((((.(((((((((..((..((((......(((((((((..(((..((((((.....)))))).)))...((((((.(((((((((((.(((((.(((.....))).))))))))...(((((((((.....))))...))))).)))))))).))))))(((((.(((((....(((.((....))))))))))))))).......((((((((...))).)))))......(((((((.((((.....(((((((.((.(((((..(((((((((((...((((((................))))..))....))....))).))))))..))))).)).....((((.((((.((......)).))))..))))(((((((((.((((((..((((....))))..)))..((.(((.........))).))...........((((((..((((........))))...))))))))).))))))))).....((((..((((..((((((...))))))..))))..).))))))))))...)))).)))))))(((((.((.((((((.(......).)))))).)).)))))))))))...))).......)))).))..))).)))))).)).))))))))))..))..)

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((((.....)))).))(.,(({((((({......,(((((((((.({.(((((((.((((.(.(((((...((((.(((({..,((((....)))))))))))))...)))))).))))....(((((...(((((({...})))))).((((..((((({...{{{{,.,,{({{.((((((({......)))))))).|)))...}}.})})))))}..,,({(((...,))))}.)))).....)))))......(((((((.({....).))))).))............))))))).....{((.(((((((((((((((.(((.........................))).)))(((((((............))))))))))))))...)))))))}..}).))))))))}}..,,..,....}})))))||.{(((((((((((.(((((((((..((..((((......(((((((((..({(..(({{{{.....}))))).,,,...((((((.((((((({{((.(((((.(((.....))).))))))))...(((((((((.....))))...))))).}))))))).))))))(((((.(((((....(((.((....))))))))))))))).......((((((((...))).)))))......(((((((.((((.....(((((((.((.(((((,.(((((((((,,...{{,{((.........{{{......))}|||.,..))..,.))).))))))..))))).)}.....{(((.((((.{{......}}.))))..))}}(((((((((.(((((,..,(((((.......})))}.||,{||,........|||.||..........,((((((..((((........))))...))))))))),)))))))))...,.|{({..((((..{(((({...})))))..))))..),})))))))))...)))).))))))){((((.((.{(((((.(......).)))))).)).)))))})))))...))).......)))).))..)))},))))).)).)))))))))),.,,..)