Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_SMARCC1_0018500

Sequence Length

531 nt

GC Content

0.4143

CCAAGCUAGCCUUUAUGGGAAGCGCAGAAGUCAGAAAGAGGAAGAUGAGCAAGAAGAUCUAACCAAGGAUAUGGAAGACCCAACACCUGUACCCAAUAUAGAAGAAGUAGUACUUCCCAAAAAUGUGAACCUAAAGAAAGAUAGUGAAAAUACACCUGUUAAAGGAGGAACUGUAGCGGAUCUAGAUGAGCAGGAUGAAGAAACAGUCACAGCAGGAGGAAAGGAAGAUGAAGAUCCUGCCAAAGGUGAUCAGAGUCGAUCAGUUGACCUUGGGGAAGAUAAUGUGACAGAGCAGACCAAUCACAUUAUUAUUCCUAGUUAUGCAUCAUGGUUUGAUUAUAACUGUAUUCAUGUGAUUGAACGGCGUGCUCUUCCUGAGUUCUUCAAUGGAAAAAACAAAUCCAAGACUCCAGAAAUAUACUUGGCAUAUCGAAAUUUUAUGAUUGACACGUAUCGUCUAAACCCCCAAGAGUAUUUAACUAGCACUGCUUGUCGGAGGAACUUGACUGGAGAUGUGUGUGCUGUGAUGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-113.1 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -124.3

Frequency: 0.0000

Diversity: 152.18

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(...((((((((....)))....(.((((.((((.(((((..((((..........))))..((((((...(((.....))).(((((((...((...((((.(((((...)))))...........................(((......)))((((((.((......)).)))))).))))..)).))))).))..............((((((.................))))))...((.(((((......))))).))..))))))((((((((((((((..(.......)..)))))))))).))))((((((((.((((.....))))))))))))....(((((.........)))))))))).)))).)))).)..((((.........)))).........((((((.(((((((((.........))))...(((.......))).......))))).))))))..)))))...)(((((((.((.(.....((.......))...).)).)))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(({{({(,{(({,,..|||,}|,{,((((.((((.,{{{(.,{({{..........||||..{{,,{|...(((.....))}.,.{((((,..,..,,|||,.({{({...})))),,,.....,,,...,,.......,.,.(((......))}((((({.{{......)).}}}))).}}},..,|,|}})).}|......{{{{{{{{((((((...........,.....))))))..,(({(((((......))))}.,}.,))))||((({((((((((((..(.......}..)))))))))).))))|(((((((.((((.....)))))))))))}....,,})))))))..,.,}.)}))))),)))).)))}.,..((((.........)))).,,.}},,.,,...,.|})))(.(((({........,},,..(({{{{{{{|{{....,{{|||||{{{|,|.....}},,,}})}}|,,}},|}.....}}}..,.,))))))}).},.))))).)