Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_SMARCC1_0018700
Sequence Length
1376 nt
GC Content
0.4281
UAUGUUCAUGCGGAUGCUCCUACCAAUAAAACACUGGCUGGGCUGGUGGUGCAGCUUCUUCAGUUCCAGGAAGAUGCCUUUGGGAAGCAUGUCACCAACCCGGCCUUCACCAAACUCCCUGCAAAGUGUUUCAUGGAUUUCAAAGCUGGAGGCGCCUUAUGUCACAUUCUUGGGGCUGCUUACAAGUAUAAAAAUGAACAGGGAUGGCGGAGGUUUGACCUACAGAACCCAUCUCGAAUGGAUCGUAAUGUGGAAAUGUUUAUGAACAUUGAAAAAACAUUGGUGCAGAACAAUUGUUUGACCAGACCCAACAUCUACCUCAUUCCAGACAUUGAUCUGAAGUUGGCUAACAAAUUGAAAGAUAUCAUCAAACGACAUCAGGGAACAUUUACGGAUGAGAAGUCAAAAGCUUCCCACCACAUUUACCCAUAUUCUUCCUCACAAGACGAUGAAGAAUGGUUGAGACCGGUGAUGAGAAAAGAGAAGCAAGUGUUAGUGCAUUGGGGCUUUUACCCAGACAGCUAUGAUACUUGGGUCCAUAGUAAUGAUGUUGAUGCUGAAAUUGAAGAUCCACCAAUUCCAGAAAAACCAUGGAAGGUUCAUGUGAAAUGGAUUUUGGACACUGAUAUUUUCAAUGAAUGGAUGAAUGAGGAGGAUUAUGAGGUGGAUGAAAAUAGGAAGCCUGUGAGUUUUCGUCAGCGGAUUUCAACCAAGAAUGAAGAGCCAGUCAGAAGUCCAGAAAGAAGAGAUAGAAAAGCAUCAGCUAAUGCUCGAAAGAGGAAACAUUCGCCUUCGCCUCCCCCUCCGACACCAACAGAAUCACGGAAGAAGAGUGGGAAGAAAGGCCAAGCUAGCCUUUAUGGGAAGCGCAGAAGUCAGAAAGAGGAAGAUGAGCAAGAAGAUCUAACCAAGGAUAUGGAAGACCCAACACCUGUACCCAAUAUAGAAGAAGUAGUACUUCCCAAAAAUGUGAACCUAAAGAAAGAUAGUGAAAAUACACCUGUUAAAGGAGGAACUGUAGCGGAUCUAGAUGAGCAGGAUGAAGAAACAGUCACAGCAGGAGGAAAGGAAGAUGAAGAUCCUGCCAAAGGUGAUCAGAGUCGAUCAGUUGACCUUGGGGAAGAUAAUGUGACAGAGCAGACCAAUCACAUUAUUAUUCCUAGUUAUGCAUCAUGGUUUGAUUAUAACUGUAUUCAUGUGAUUGAACGGCGUGCUCUUCCUGAGUUCUUCAAUGGAAAAAACAAAUCCAAGACUCCAGAAAUAUACUUGGCAUAUCGAAAUUUUAUGAUUGACACGUAUCGUCUAAACCCCCAAGAGUAUUUAACUAGCACUGCUUGUCGGAGGAACUUGACUGGAGAUGUGUGUGCUGUGAUGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-349.4 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -377.8
Frequency: 0.0000
Diversity: 375.69
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(.(.(((((.(...((((((((.............(((((((.(((((..(((((((((.(((....(((......)))))))))))).)))))))).)))))))..........((((((((..(((((((..(..........)..)))))))......(((((((.((((((((((((.....((((.......((((((.(((.(..((((((..(((((..((((((.....))))...))..))))).((((((....))))))....((((((((........))).)))))...))))))...(((((.((((.(((..(((.....(((((.((((...........................)))).)))))...........((((((((.(((...((((((.....((((((((((((.((((((((....(((.((.....)).)))..((((...................(((((((((..((.(((((.......)))))...))..)))))))))))))(((....)))..(((.((.(....(((((((((.((((((.((((.......((((((...)))))).....))))..))))....))..)))))))))....).)).))))))))))).)))).))))))))......))))))...))).))))))))...(((((((.......................)))))))..................(((....)))..(.(((....))).)....(((((((((.((((((.(((.....((...........)).....))).))))..((((((.......))))))..)))))).)).)))))).))).)))).)))))..........(((..(((......))).))))))).).)))))......))))....)))))))....))))).))))))).(((.......(((((((......)).))))).....)))...))))).)))..)))..)))))).))))).).)(.(((((((((.(((((((((((((....((((((......)).))))((.(((((....)))))))((((((.((((((((((..(.......)..)))))))))).)))))).....(((.(.(.(((((((((((..((....))))))))))))).).)))))))))))...))))))..((((.........)))).....((((........))))((((.........))))....((((((.(((((....(((((((((((.((.....)).))).))))..)).)).....)))..)).)))))).)))))))))..)
Thermodynamic Ensemble Prediction
(.(.(((((.(...(((((,,........,,,,,,(((((((.(((((,.(((((((({{(((....(((......)))))))))))).)))))))).)))))))..........,,{{{{{..,||||||{.|{|.,,,....,|{{}||}}}|{{{..,(((((((.((((((((((((.....((((.....,.((((((,(((.{{{(((,,,,,||,|,..,{||||},|..,||}.|{}|.,|||}}.{(((({....))))))....,,|||{((((.{{{,,|....)))),}})),,,,...(((((.((((.(((..(((.....(((((..((((((......,{,...{{,.||......,}},,}}.|{,...,,{,.,.((((((((.(((...((((((.....((((((((((((.(((((((({,..{{(.((.....}}.))}..|,,{,.,................(((((((((..((.(((((.......)))))...))..))))))))).{||({{.,,..,,,,,{{.{{,|,...{(({{{{{({{{{{{,,((((.....,,{,||||.,}}}}}}}.,...))))}})))),},.}}..,})})))})..,})}})...))))))))).)))).))))))))......))))))...))).)))))))).,.||}||||..,}.....}}...)))))}))))).||||........,.},}.....(((....)))..|.(((....))).|....,||((((({.{{((((.(((.....((...........)).....))).)))).,{|||||...,,,.}||}},..))},))},}.,..))).))).)))).))))).........,|||..{{,.,,...}}}..,.,))).,.))))).,....))))....)))))))....))))).))))))).,.,.......{,{,(((......)}|{|}||..,|,,}}..}),)))}))},,}}}..)))))).))))).).)(.(((((((({{(((((.(((((({....{{|{||.||..,}}|||||.,.{{{||,,,.})}}}||((((((.((((((((((..(.,....,|..)))))))))}.))))}|{{{{,({(((,,.{{{||||||||,,||....}}))))))))}}}.).})))))))))}...}})))}..((((.........)))),,.,,|{{{.......,|||}{{,{,,,......}}}),,,,{{||||,{{|||....,|||||||{||,,,...,..{,|||,|}}|,,||.}}...,,))).})}},)))}},)))))))))..)
Back