Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_SMARCC1_0028500

Sequence Length

725 nt

GC Content

0.4221

GCAAAGUGUUUCAUGGAUUUCAAAGCUGGAGGCGCCUUAUGUCACAUUCUUGGGGCUGCUUACAAGUAUAAAAAUGAACAGGGAUGGCGGAGGUUUGACCUACAGAACCCAUCUCGAAUGGAUCGUAAUGUGGAAAUGUUUAUGAACAUUGAAAAAACAUUGGUGCAGAACAAUUGUUUGACCAGACCCAACAUCUACCUCAUUCCAGACAUUGAUCUGAAGUUGGCUAACAAAUUGAAAGAUAUCAUCAAACGACAUCAGGGAACAUUUACGGAUGAGAAGUCAAAAGCUUCCCACCACAUUUACCCAUAUUCUUCCUCACAAGACGAUGAAGAAUGGUUGAGACCGGUGAUGAGAAAAGAGAAGCAAGUGUUAGUGCAUUGGGGCUUUUACCCAGACAGCUAUGAUACUUGGGUCCAUAGUAAUGAUGUUGAUGCUGAAAUUGAAGAUCCACCAAUUCCAGAAAAACCAUGGAAGGUUCAUGUGAAAUGGAUUUUGGACACUGAUAUUUUCAAUGAAUGGAUGAAUGAGGAGGAUUAUGAGGUGGAUGAAAAUAGGAAGCCUGUGAGUUUUCGUCAGCGGAUUUCAACCAAGAAUGAAGAGCCAGUCAGAAGUCCAGAAAGAAGAGAUAGAAAAGCAUCAGCUAAUGCUCGAAAGAGGAAACAUUCGCCUUCGCCUCCCCCUCCGACACCAACAGAAUCACGGAAGAAGAGUGGGAAGAAAGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-185.3 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -197.5

Frequency: 0.0000

Diversity: 156.6

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((..((((((((.((((((((...(((((.((((.....)))).(((((((((..(((((..(((((.....(((((....(((((...(.((((((..(((((..((((((.....))))...))..))))).((((((....))))))....((((((((........))).)))))...)))))))..)))))...)))))....)).))).(((((.((((...........................)))).)))))...........((((((((.(((...((((((.....((((((((((((.((((((((....(((.((.....)).)))..((((...................(((((((((..((.(((((.......)))))...))..)))))))))))))(((....)))..(((.((.(....(((((((((.((((((.((((.......((((((...)))))).....))))..))))....))..)))))))))....).)).))))))))))).)))).))))))))......))))))...))).))))))))))))).......))))))))).....)))))..)))))))).................(((....)))....(((....))))))))))).))(((..(.((((.(((.....((...........)).....))).)))).)..)))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((..((((((((.((((((((...(((((.((({.....}))).(((((((((.,{({{{....}}}......,,,....(((((((.,{((((,,,,}||,|,..,,||||}}},,||||.,.||,,|||||.((((((....})))))....,,,,,{((((.{{{{,{....))))})))),..}),,})),),}.))))))},....,},.||((({(((,{{{.......,,...{{,.{|......,)),,}}.,............((((((((.(((...((((((.....((((((((((((.(((((((({,..{{(.((.....}}.))}..|,,{,.,................(((((((((..((.(((((.......)))))...))..))))))))).{||({{.,,..,,,,,{{.{{,|,...{(({{{{{({{{{{{,,((((.....,,{,||||.,}}}}}}}.,...))))}})))),,,.}}..,))})))})..,})}})...))))))))).)))).))))))))......))))))...))).))))))))))).)))))),.))))))))).....)))))..)))))))).................(((....)))....(((....))))))))))).))(((..(.((((.(((.....((...........)).....))).)))).)..)))