Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_TTC3_0002400

Sequence Length

911 nt

GC Content

0.3655

ACUUGUGCACCAUGGACAAUUUUGCUGAGGGAGAUUUCACUGUGGCGGAUUAUGCCUUGUUAGAAGAUUGCCCUCACGUGGAUGAUUGUGUCUUUGCUGCUGAAUUUAUGAGCAAUGAUUAUGUUCGUGUGACUCAGCUUUACUGUGAUGGGGUGGGUGUGCAAUAUAAAGAUUAUAUCCAAAGUGAGAGGAAUUUGGAAUUUGACAUCUGCAGUAUAUGGUGUAGUAAACCAAUUUCUGUCCUGCAAGAUUAUUGCGAUGCCAUUAAAAUAAACAUCUUCUGGCCACUUCUGUUUCAACAUCAAAACAGUUCCGUAAUAUCACGAUUGCAUCCCUGUGUGGACGCCAACAAUUCACGUGCUUCUGAGAUAAAUUUGAAGAAACUACAACAUCUUGAGUUGAUGGAAGAUAUUGUGGAUUUGGCAAAGAAAGUUGCUAAUGAUUCAUUCCUUAUUGGAGGCUUAUUGAGAAUUGGUUGUAAAAUAGAAAAUAAAAUCUUGGCAAUGGAAGAAGCUCUGAAUUGGAUAAAAUAUGCAGGCGAUGUAACAAUUCUAACUAAAUUAGGAUCAAUUGACAAUUGUUGGCCUAUGUUAAGUAUUUUCUUUACUGAAUACAAGUACCACAUAACUAAAAUUGUAAUGGAAGACUGCAAUUUGCUUGAAGAACUUAAAACUCAAAGUUGUAUGGAUUGUAUAGAGGAAGGAGAACUAAUGAAAAUGAAAGGAAAUGAAGAGUUUUCCAAAGAAAGAUUUGAUAUAGCUAUUAUCUAUUACACCAGAGCCAUUGAAUAUAGACCUGAAAACUACCUUCUUUAUGGUAACCGAGCUCUUUGUUUUCUUCGUACUGGACAGUUUAGAAAUGCACUCGGUGAUGGAAAGAGAGCCACUAUUCUGAAGAACACUUGGCCAAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-207 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -224.5

Frequency: 0.0000

Diversity: 227.89

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((.....(((((((...........((((((.((((((.....((((.....))))......).))))).))))))))))).)).....))((((((((((((...((((((((.......))))))))....))))).....(((((((((.((((((((............))))))))..((.((((((.((((.....((.((((.((((((.....(((((...((........)).)))))....)))))))))).))......))))..)))))).)).....((((((........))))))...(((......))).(((((((((((((((........(((((((.(.((((((........((((..(((.((((((.(((((..........))))).)))))).)))..))))..(((((.(((((((........))))))).)))))........((.(((((.....(((........)))..))))).)))))))).)))))))).......)))))))).)))))))..(((((((.....)))))))(((((...))))).((((.((((((((((.((((((((.((..((((((...(((.((((((.((((((((.........))))))))..((((............)))))))))).))).))))))..))...((((((((.......................))))))))))))))))))))))))))))))...)))))))))((((.((....(((((.(((.((......((((........))))....)).))).))))).....)).)))).(((..(((....((.(((...........))).))..)))..)))(((....))))).)))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

({.,{,,(({{{{(.{{{,,,,{{{((((((.((((((,,...((((.....))))..,...)}))))).))))))})))).,),,,,,}){{{|||,(((((.,,((((((((.......)))))))).,,.))))).,{,.,.((((((.{((((((((............))))))),.{(.((.((((({{{((....,.{((((.,,,......)}))).,....))))))))).))))((((.....)))),}).)))))}...}}}}..}{{{,(((({,...((((((........}))))}...(((......))).(((((((((((((((........(((((((.(.((((((........{(((..(((.((((((.(((((..........))))).)))))).)))..)))}..{{(({,(((({((........}}}}})).})}}}........{(.(((((.....{{{........))),.))))).}})))))).)))))))).......)))))))).)))))))...{{{{{(,{,,.,||||,{((((........))))|}}||,{|||{{{.((((((({.((..((((((...(((.((((((.((((((((.........))))))))..((((............)))})))))).))).))))))..))..}||||||{{.......{({,,,{{{{{{{{{{|||||}|||||}},},|}}}||||,,,,},.,,|||,,.....{{{.,{,{{.,,..,|,|..,},.....{{{{,,,....,)))}...|})})))}}))})}}}}}}},{{,,.,|||,|||,,.,||.|||}}}},}}}},,}))}))},...,,},)}}},.....}))))))))