Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_TTC3_0011200

Sequence Length

2325 nt

GC Content

0.3841

AAAUGCACUCGGUGAUGGAAAGAGAGCCACUAUUCUGAAGAACACUUGGCCAAAGGGUCAUUAUCGUUAUUGUGAUGCUCUUUCUAUGCUGGGGGAAUAUGACUGGGCCCUGCAAGCAAACAUAAAAGCUCAAAAACUCUGUAAAAAUGACCCUGAGGGAAUCAAGGAUCUAAUUCAGCAGCAUGUAAAGUUACAAAAACAAAUAGAAGACCUACAAGGUCGAACAGCAAAUAAGGAUCCAAUUAAAGCCUUUUAUGAAAACAGGGCCUACACACCUAGGAGUUUAUCAGCACCUAUAUUUACUACUUCACUUAACUUUGUGGAGAAGGAAAGAGAUUUCAGAAAAAUUAAUCACGAAAUGGCCAACGGUGGUAAUCAGAAUCUAAAGGUGGCGGAUGAGGCGUUGAAGGUAGAUGAUUGUGACUGUCAUCCUGAAUUUUCACCACCAUCAAGUCAGCCUCCAAAACAUAAAGGAAAACAAAAAUCUCGAAACAAUGAAUCAGAAAAGUUCAGUUCUAGUUCACCAUUGACUUUACCAGCAGAUUUGAAGAACAUCUUGGAGAAACAGUUUUCUAAAUCUUCCAGAGCUGCACACCAGGAUUUUGCUAAUAUAAUGAAAAUGCUGAGAAGCUUAAUUCAAGAUGGCUAUAUGGCCUUAUUGGAGCAGCGUUGCCGCAGCGCUGCACAGGCCUUUACAGAGUUGCUGAACGGUUUAGAUCCUCAAAAAAUAAAGCAAUUGAACCUGGCCAUGAUUAACUAUGUUUUGGUCGUCUAUGGACUUGCCAUUUCUCUCCUUGGAAUAGGACAGCCUGAGGAAUUAUCUGAAGCCGAAAACCAGUUUAAGAGGAUUAUUGAACACUACCCCAGUGAGGGCCUUGAUUGCUUGGCCUACUGUGGAAUUGGAAAAGUAUAUUUGAAAAAAAACAGAUUUCUAGAAGCUCUCAAUCACUUUGAGAAAGCAAGAACCUUGAUUUAUCGUCUUCCUGGAGUGUUAACUUGGCCCACGAGUAAUGUGAUUAUUGAAGAGUCUCAGCCACAAAAAAUAAAGAUGCUGUUAGAGAAAUUUGUUGAAGAAUGCAAGUUCCCUCCAGUGCCAGAUGCCAUUUGUUGCUAUCAGAAGUGCCAUGGAUAUUCUAAGAUCCAGAUAUACAUAACUGAUCCAGACUUUAAGGGUUUUAUACGCAUCAGCUGUUGCCAGUACUGUAAAAUAGAAUUUCACAUGAAUUGCUGGAAGAAGUUAAAAACUACAACCUUUAAUGAUAAAAUUGACAAGGAUUUUCUACAAGGAAUAUGUCUUACCCCUGACUGUGAAGGUGUCAUUUCUAAGAUUAUCAUCUUCAGCAGUGGUGGUGAAGUUAAAUGUGAAUUUGAACACAAGGUCAUAAAAGAAAAGGUUCCUCCAAGACCUAUUCUGAAACAGAAAUGUUCUAGCCUAGAGAAACUAAGACUGAAAGAAGACAAAAAAUUGAAGAGAAAGAUCCAAAAAAAAGAAGCAAAAAAGUUAGCACAAGAAAGAAUGGAGGAGGACUUAAGAGAAAGUAAUCCACCCAAAAAUGAAGAGCAGAAAGAAACUGUAGACAAUGUUCAGCGUUGUCAGUUCCUUGAUGACAGAAUUCUACAGUGUAUAAAGCAGUAUGCUGACAAGAUUAAAUCCGGCAUACAGAAUACAGCCAUGCUUCUCAAAGAAUUGCUUUCUUGGAAAGUUUUGAGCACAGAAGACUAUACAACCUGUUUUUCUAGCAGAAAUUUUCUAAAUGAAGCAGUGGACUAUGUUAUUCGCCACUUGAUUCAAGAAAAUAACAGAGUAAAGACAAGAAUAUUUCUGCAUGUUUUGAGUGAGCUUAAAGAAGUGGAGCCCAAAUUAGCCGCCUGGAUCCAAAAACUUAAUAGCUUUGGCUUAGAUGCCACAGGAACUUUCUUUUCUCGUUAUGGAGCAUCUCUUAAACUGCUUGAUUUUAGUAUCAUGACUUUCCUCUGGAAUGAGAAAUAUGGUCACAAACUAGACUCUAUAGAAGGAAAGCAACUUGAUUAUUUCUCUGAGCCAGCAUCAUUGAAGGAAGCCCGUUGUUUAAUAUGGCUGCUAGAAGAACACAGAGACAAGUUCCCAGCAUUGCAUAGUGCUUUAGAUGAAUUCUUUGAUAUAAUGGACAGCCGCUGUACUGUGUUAAGGAAACAAGAUAGUGGUGAAGCACCGUUUAGUUCAACCAAGGUGAAAAACAAAAGCAAGAAAAAGAAGCCAAAGGAUUCAAAGCCUAUGUUAGUUGGGUCUGGAACAACUUCAGUAACUUCAAAUAAUGAGAUCAUCACUUCAAGUGAAGACCAUAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-558.2 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -605.32

Frequency: 0.0000

Diversity: 562.17

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.....((((.(((((((..(((((((((((((((((((....((((((((((....((.((((...((.(((.(((.((((((((.(((((((((....((..(((((((((........((((((((((.................((((((...)))..))).((((((......((....((((....)))).............(((((...))))).....))......))))))......)).))))))))....)))))))))..))))).........)))))).............((((((........))))))..))))))))))).))).))...)))).))....))))))..))))....))))))).....)))))).((((..(.((.((((((.((((((.......))))))....)))))))))..))))......((.((((.(((..((((((((........(((((((((.(((((.......)))))((((.(((((((..((((((((((((.((...(((((((..((((((((((...((((((..(..((((((((((((......(((.(((((............))))).)))...))))((((((((((((((....((((...(((((((((((((((...)))))))))...((((.......(((((((......(((.((...)).))).....)))))))......))))((((((((.......))))))))....((((((((.((((.(((((((((...........)))))))..(((((....((((......((((((........)))))).....((((((..(((((..(....)..))))))))).))..))))...)).)))..........(((((((((((...(((((((((.....))))))...((((...))))(((..((((...((..((((....))))))...))))..)))(((....((((......)))).))).............))).....))))))))))))).))))))))))))..))))))))))...)))))))(((...(((((..(((...(((((........)))))......)))..)))))...))).....(((((((((..(((...((((....))))..)))...)))))))))....)))))))))))))))..)..))))))....((((((((......)))))..)))((((((.((((((..((.....))..)))...)))))))))....)))))))))).....)))))))...)).))))))))))))..))))))).)))).............((((.(((((.......))))).))))....((((((((((((.(.((.............((......)).............((......))........(((((((......................(((.(((..((((......))))..)))..)))..........((........((((((((....((((...((((((((....)))))))).)))))))))))).......)).((((((((.............))))))))............)))))))......((((((((.((((((((((((..((...((((((..........))))))...)).))))))))))))..))))))))..(((.(((((((.....((((...))))..))))))).)))..)).).))))))))))))..))))))))).(((((..(((...((((..(((...........))).))))....)))...)))))((((......)))).......))))))))...))).)))))).))))))......(.((((......)))).).((((((((((....(((.....((((.....))))..)))..))).))))))).((((((......(((((((((.(((...((((((.((......)).))))))...)))))).........))))))))))))((((((...((((((.((((....(((((((((((............((((((((.((.((((.....))))))))))))))....((((...............))))..........((...........)))))))))))))))))))))))..)))))).(((((.....)))))....((((.....))))..)))))))...))))..........

Thermodynamic Ensemble Prediction

,.{({({{(,{(((((((,(((((((((((((((((((....((((((((((....((.((((..,((.((,{((,.((((((({.{{((((({{....((..(((((((((........((((((((((.................,{{(((...)))..}},.((((((......((....((({....)))}.............(((((...))))).....))......))))))......)),})))))))....)))))))))..}}})},,..,|,..}}))),..........,,.((((((........)))))).,)))))))),}},)),}).,,,)))).))....))))))..))))....))))))).....)))))}.(((({{(.(,(((((((.((((((.......)))))).,..})))))),).})})),.,}}.|||{((,.,,,...,,||{,.........(((((((({,((..{(((({..{|||.((((.(((((((..((((((((((((.((...(((((((..((((((((((..,((((((..{..(((((((({(({.,....(((.(((((............))))).))).,.}))},,,{{{{{(({(((,,..{(((,..{{{({{(((((((((...))))))))).,,|||{,{{,,,,,{{(((({..{{{((({(({{{{{{........,}},}}}......||||(,(((,,,....}},.))))))}....(({{{{{{{{{(({{.{{{{.}},,.,))..}},})))))}....))),}}})}},...,{.{{{{((,..,,,,.}}}}}}....,({((((..(((((..(....}..))))))))).))...|||....{{{,{{{{{......,,{{((((({({{{{,{((((({.{{{,||}}||.{{(((,,..,,||.,..,{{{{{,.{{{|{{(,,,..{((((.....))))},}||||,,,..,,,..,,|||||{{.,|..........,..)))}...,}}}|||||||,...,,,,)))))))}.})))))})}}),}})}))})),||}}},||,|,,|||...{|||,.|||||,,)))))|,},}}),,..}))))}|,||}|,...,}||}}|....{{{...|{,|.,}})))),}))},,,,))),}},}}.,,))}}}},))))))))..}..))))))....(((((({{......}}}||.,}}}{{,((({...,)))}..,|||........,,}..}))))))))..)))))))))).....)))))))...)).))))))))))))..))))))).))))...{((((......(({....|}}......))))).}})}|,..(((((({{((((.(,{(((((((((...,.{{......,,.,,.....,|,..{{,.....}}........,,,{((,.....,,,.,|.{,,,,,,,..{((.(((..((((......))))..))).,)},....,{,.{{(({.......((((((((....((((...((((((({....}))))))).)))))))))))),,.....,}.((((((((.............))))))))............)))))})},....,,,,})))))}|,,.((((((........}}}}}}.........))))))))))).}},|{|||||...(((|.|{((((.{..,...,,,.,))))}|}.})))))}})))..},.,}}.......}))))}))))))}}))))))))).(((((..{{{...((((..(((...........))).))))....))}...)))))((((......))))..,...,)))))))),,})))}),))))}),)||,....,,,,{(({...,..)}}},{.((((((((((....(((.....((((.....))))..)))..))),}))))))}|(((((......(((((((({{(((...((((((.((......)).))))))...)))))).........)))))))))))}((((((...((((((.((((....(((((((((((....,,{({...((((((((.{(,({{{.....}))),}))))))))....,,}}|||...{({,,{....)))},...,....{{...........}})))))))))))))))))))))..)))))).(((((.....)))))....,{{{.....}))}.|}}|||||...)))),.,..,..,,