Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_TTC3_0014600

Sequence Length

872 nt

GC Content

0.3991

GGUCAUUAUCGUUAUUGUGAUGCUCUUUCUAUGCUGGGGGAAUAUGACUGGGCCCUGCAAGCAAACAUAAAAGCUCAAAAACUCUGUAAAAAUGACCCUGAGGGAAUCAAGGAUCUAAUUCAGCAGCAUGUAAAGUUACAAAAACAAAUAGAAGACCUACAAGGUCGAACAGCAAAUAAGGAUCCAAUUAAAGCCUUUUAUGAAAACAGGGCCUACACACCUAGGAGUUUAUCAGCACCUAUAUUUACUACUUCACUUAACUUUGUGGAGAAGGAAAGAGAUUUCAGAAAAAUUAAUCACGAAAUGGCCAACGGUGGUAAUCAGAAUCUAAAGGUGGCGGAUGAGGCGUUGAAGGUAGAUGAUUGUGACUGUCAUCCUGAAUUUUCACCACCAUCAAGUCAGCCUCCAAAACAUAAAGGAAAACAAAAAUCUCGAAACAAUGAAUCAGAAAAGUUCAGUUCUAGUUCACCAUUGACUUUACCAGCAGAUUUGAAGAACAUCUUGGAGAAACAGUUUUCUAAAUCUUCCAGAGCUGCACACCAGGAUUUUGCUAAUAUAAUGAAAAUGCUGAGAAGCUUAAUUCAAGAUGGCUAUAUGGCCUUAUUGGAGCAGCGUUGCCGCAGCGCUGCACAGGCCUUUACAGAGUUGCUGAACGGUUUAGAUCCUCAAAAAAUAAAGCAAUUGAACCUGGCCAUGAUUAACUAUGUUUUGGUCGUCUAUGGACUUGCCAUUUCUCUCCUUGGAAUAGGACAGCCUGAGGAAUUAUCUGAAGCCGAAAACCAGUUUAAGAGGAUUAUUGAACACUACCCCAGUGAGGGCCUUGAUUGCUUGGCCUACUGUGGAAUUGGAAAAGUAUAUUUGAAAAAAAACAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-202.8 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -223.06

Frequency: 0.0000

Diversity: 187.49

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((((((.(......(((.(((.((....((((.((((..((....))..))))...)))).....)).))))))......).)))...))))))(((......(((((..((((((((((((((.(((((((..................(((((...)))))........(((((((..(((..((.((((.(((.((((...(((.........)))..((((((.((((((..........((.((((((........)))))).))((((....))))..........(((((.............)))))...((((((((...((((...((((..(.((.((((((.((((((.......))))))....)))))))))..))))(((((((..(((..........)))....................(((((.((((........)))).)))))...))))))).....((((.((((((((.....((((((((....)))))))).)))).)))).)))).)))).))))))))...............)))))).))))))..))))))).)))).))))))))))))...(((((((((...)))))))))......)))))))..)))))))).(((((((((((((((....................((((((.(((.......))).)))))).....((.((..(((((((.......))))).))..))))))))))....)))).))))).......((((((........)))))).....((((((..(((((..(....)..))))))))).)).))))))........))))).......)))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((((({{.{......(((.(((.{{....(((({((((..{,....}}..)))).}.)))).....}}.))))))........)},..,))))))(((.,{...(({(({{((({{(((((((((.(((((((..................(((((...)))))......,.{((((((..(((..,{.((((.{({.((({...{((,........))).,((((({.((((((......,{..((.((((((........)))))).)),{||...,||||...........||..,..,,.((({....))))...((((((((...(((({{.(((({{(.(.(((((((,((((((.......)))))).,..})))))),).}),))|,|||,}}}{{{..........))}...........,,.......(((((.((((........)))).)))))...}))},},.....((((.((((((((.....((((((({....}))))))).))))},))).)))).}))).))))))))...............)))))).})))))..})))})).)))).},))))))))))},.(((((((((...)))))))))...,,.)))))))..))))))))),{{{|||||||||{{..............,,....{(((((.(((.......))).)))))},,..,{{.|{,,|{|{{{(,.,,,,.}}}},,))..}},}}))))}....}}},}}})}}.......((((((........))))))....,((((((..{((((..{....)..))))))))).))...}}}...,.....,}},,.......)))