Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_XIST_0001900
Sequence Length
2243 nt
GC Content
0.4391
AUCUUCCUCAGAAGAAUAGGCUUGUUGUUUUACAGUGUUAGUGAUCCAUUCCCUUUGACGAUCCCUAGGUGGAGAUGGGGCAUGAGGAUCCUCCAGGGGAAAAGCUCACUACCACUGGGCAACAACCCUAGGUCAGGAGGUUCUGUCAAGAUACUUUCCUGGUCCCAGAUAGGAAGAUAAAGUCUCAAAAACAACCACCACACGUCAAGCUCUUCAUUGUUCCUAUCUGCCAAAUCAUUAUACUUCCUACAAGCAGUGCAGAGAGCUGAGUCUUCAGCAGGUCCAAGAAAUUUGAACACACUGAAGGAAGUCAGCCUUCCCACCUGAAGAUCAACAUGCCUGGCACUCUAGCACUUGAGGAUAGCUGAAUGAAUGUGUAUUUCUUUGUCUCUUUCUUUCUUGUCUUUGCUCUUUGUUCUCUAUCUAAAGUGUGUCUUACCCAUUUCCAUGUUUCUCUUGCUAAUUUCUUUCGUGUGUGCCUUUGCCUCAUUUUCUCUUUUUGUUCACAAGAGUGGUCUGUGUCUUGUCUUAGACAUAUCUCUCAUUUUUCAUUUUGUUGCUAUUUCUCUUUGCUCUCCUAGAUGUGGCUCUUCUUUCACGCUUUAUUUCAUGUCUCCUUUUUGGGUCACAUGCUGUGUGCUUUUUGUCCUUUUCUUGUUCUGUCUACCUCUCCUUUCUCUGCCUACCUCUCUUUUCUCUUUGUGAACUGUGAUUAUUUGUUACCCCUUCCCCUUCUCGUUCGUUUUAAAUUUCACCUUUUUUCUGAGUCUGGCCUCCUUUCUGCUGUUUCUACUUUUUAUCUCACAUUUCUCAUUUCUGCAUUUCCUUUCUGCCUCUCUUGGGCUAUUCUCUCUCUCCUCCCCUGCGUGCCUCAGCAUCUCUUGCUGUUUGUGAUUUUCUAUUUCAGUAUUAAUCUCUGUUGGCUUGUAUUUGUUCUCUGCUUCUUCCCUUUCUACUCACCUUUGAGUAUUUCAGCCUCUUCAUGAAUCUAUCUCCCUCUCUUUGAUUUCAUGUAAUCUCUCCUUAAAUAUUUCUUUGCAUAUGUGGGCAAGUGUACGUGUGUGUGUGUCAUGUGUGGCAGAGGGGCUUCCUAACCCCUGCCUGAUAGGUGCAGAACGUCGGCUAUCAGAGCAAGCAUUGUGGAGCGGUUCCUUAUGCCAGGCUGCCAUGUGAGAUGAUCCAAGACCAAAACAAGGCCCUAGACUGCAGUAAAACCCAGAACUCAAGUAGGGCAGAAGGUGGAAGGCUCAUAUGGAUAGAAGGCCCAAAGUAUAAGACAGAUGGUUUGAGACUUGAGACCCGAGGACUAAGAUGGAAAGCCCAUGUUCCAAGAUAGAUAGAAGCCUCAGGCCUGAAACCAACAAAAGCCUCAAGAGCCAAGAAAACAGAGGGUGGCCUGAAUUGGACCGAAGGCCUGAGUUGGAUGGAAGUCUCAAGGCUUGAGUUAGAAGUCUUAAGACCUGGGACAGGACACAUGGAAGGCCUAAGAACUGAGACUUGUGACACAAGGCCAACGACCUAAGAUUAGCCCAGGGUUGUAGCUGGAAGACCUACAACCCAAGGAUGGAAGGCCCCUGUCACAAAGCCUACCUAGAUGGAUAGAGGACCCAAGCGAAAAAGGUAUCUCAAGACUAACGGCCGGAAUCUGGAGGCCCAUGACCCAGAACCCAGGAAGGAUAGAAGCUUGAAGACCUGGGGAAAUCCCAAGAUGAGAACCCUAAACCCUACCUCUUUUCUAUUGUUUACACUUCUUACUCUUAGAUAUUUCCAGUUCUCCUGUUUAUCUUUAAGCCUGAUUCUUUUGAGAUGUACUUUUUGAUGUUGCCGGUUACCUUUAGAUUGACAGUAUUAUGCCUGGGCCAGUCUUGAGCCAGCUUUAAAUCACAGCUUUUACCUAUUUGUUAGGCUAUAGUGUUUUGUAAACUUCUGUUUCUAUUCACAUCUUCUCCACUUGAGAGAGACACCAAAAUCCAGUCAGUAUCUAAUCUGGCUUUUGUUAACUUCCCUCAGGAGCAGACAUUCAUAUAGGUGAUACUGUAUUUCAGUCCUUUCUUUUGACCCCAGAAGCCCUAGACUGAGAAGAUAAAAUGGUCAGGUUGUUGGGGAAAAAAAAGUGCCAGGCUCUCUAGAGAAAAAUGUGAAGAGAUGCUCCAGGCCAAUGAGAAGAAUUAGACAAGAAAUACACAGAUGUGCCAGACUUCUGAGAAGCACCUGCCAGCAACAGCUUCCUUCUUUGAGCUUAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-597.92 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -644.52
Frequency: 0.0000
Diversity: 551.52
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((....))))).(((((((((((((...(((((.((((((.(..(((((((.((.(((((....(((.........)))..))))).)).)))))))..).)))))).)))))...))))))....((((((((((((((....))).)).))))))).))(((((((((((((.(((.............................))).))).)))))))))).......................(((((((.((((((.(((.....(((((......((((..(((((((((.(((((((((.(((...........((((..((((((..(((.......((((((..((((((..(((((((.(.(((...........................))).)))))))).)))))).)))))).......)))....))))))..))))))).)))))))))))))))((....))........(((((.........))))).....(((((((......)))))))....)))..))))......)))))....)))...)))))).(((((((((........))))).))))(((((.((((........((.(((((.(((((((.((((((((........((((...........................................)))).(((((.....)))))........(((((((((.((((.....(((((.(((((((((((((((((((..(((((...................(((((..(((((.((((((.(((((....(((((....((((((.((((.(((.(((((....(((.(((.(((.......(((((.....((...)).....))))).......)))..))).)))(((((((...(((((....(((((.((((((....))))))...((((((...((((((((...............)).))))))........................(((((((((........))))))))).............((((((((((((((((((..(.((((((((((.(((.....).)).))))))).))).)..))).)))..)))))))).))))))))))(((((((((....(((...(((........((((((...((.(((..........)))))..))))))....))))))...)))))))))...)))))....)))))...)))))))(((((........))))).)))))...))).))))))))))...(((((.............(((((((((....((((.....(((......(((............)))))).....)))).....)))))))))))))).....((((((.((((((((........)))))).))))))))))).))...)))))))...)))).)))))..))))).......((((((((((..(((((.....(((((((((.(.....).)))))))))..(((((((((.........(((((((((((((.(((((((((.(.....((((((.((((.(..(((((((((...((((..((((((((((....(((((...(((.(((((((...(((((((((((((.(((((((.(((..((((((((((...(((((.................)))))...)))))).)))).))).)))))))............)))))))))....))))...........)))))))..)))...)))))))))))))))..(((........))))))))))))))))..).))))...))...))))...)))))))))))))...))).))))))).........)))))))))...(((.((((...((((.(((....(((((.((((............)))).))))).....))).)))))))).))).....((((((......))))))(((((((....((((((....)))))).....))))))).........))))))))))))))))))))....)).)))))))))...))))))))..)))))(((...))).)))).))))))))).....)))))))).))))))))))))))))))...))))).))).)))).(((....))).........))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,((({{(((((((..((((.((((((((...(((((.((((((.(..(((((((.((.(((((.,..((,.........),},.))))).)).)))))))..).)))))).))))))))))))).))))((((((((((((((....))).))}})))))).))(((((((((({({.(((.,,.......................,..))}.,}).)))))))))).....{((({...{{((((.((,..{((((((((.(((((.(((((((...((.(((,...,))).))...))))))}.,.)))))|||{.....,)))).......,{{.,,}}|)))).))))))))))).}).,.))))}.(((((((((({{{((((..(((((((((((.((((((....((((((((((((.{((({(.,...,.|,||(((((.{,,.....((((((((...((((.((.(((({{(..((((..{{((,{,{{(,,{.,,||,|,(((((((((((((((((((..............,{{{{{{,.,,.,((({,(,(,{,.{.......|,|{||(({{.{{,,.,{,.((,,,.,,,(((((,,({{.,,,|||..}}|||..}||.|{{((((((((,,.{{{{{.{(({(((,,,({{,...{,((,((({..,,.{(({,,.,({,((,({.,.(((((.....}}}}}.((((((((((((.((((..,,,....(((....{(({.(((((((((((((.........(((((...,,,.(((((((((((...........,,...........((({.....))))...................((((.(((.(((.......(((((...,.({...,}.,...))))).......)))..))).))))...,,.....}}............((((((....))))))...{{{{{,...((((((((...............))}))))))..............,,,,.....,(((((((((.,......))))))))),.,.|.,|,||.{(((({((((((((({,{{..|,((((((((((.(({.....}.)).))))))).))).)..}}}.))),.})))))}}.))))))))))..)))))))))))...,)),...)))}))))))..))))).))).))))....)))....,,..)))))))))).)))))).,}},).))),)))))},.}},)).,.,))),))}.))}..})))...))))...))))},.,,)}|}))}})))))),),}}}))),))))))}))}(((((((((....{{{{....,{((,,....,|{.........}}}),}|||,}...}})).....)))))))))..}))))))}((((.(((((((.......))))))).))))))))))))))))))}.,,.,)))),..}}},.))))...))))..))))))))))))....)))))))),..(((((((((.{.....,.))))))))),}),))))}|||{....}.,,}}..}}}}..,....))))))))))))...)))))}{(((,(..(((((((((...((((..((((((((((....(((((.,{({,.((((((((((({,,((..(,{((.(((((((.(((..((((((((((...(((((.................)))))...)))))).)))).))).))))))).)))}..})))))))))...)))).,||}.,,||||....,.}}}}},.}}}...)))))))))))))))..(({......,.))})))))))))))))..},)))}.....{{{{({...,((((.....)))).,,.}}}|,,,,,.,,|{....||,(({.{((((((.(((((.....(((((.(((...........}}}.........,(((((,{{{..,...(((((.(((.(((.(((..,.{(((((......)))))|(((((((....((((((....)))))).....))))))),.......,,.)))..))).))))))))...,})}.)))))})))))..)))))..))))))),))).}},..,))}..)}))))))))..))))))))))))))))...||,,|||.)}))))})}})...{{{...,,...{|||{........)))))}}}
Back