Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_YAP1_0002400

Sequence Length

412 nt

GC Content

0.5413

UCACAUCGAUCAGACAACAACAUGGCAGGACCCCAGGAAGGCCAUGCUGUCCCAGAUGAACGUCACAGCCCCCACCAGUCCACCAGUGCAGCAGAAUAUGAUGAACUCGGCUUCAGGUCCUCUUCCUGAUGGAUGGGAACAAGCCAUGACUCAGGAUGGAGAAAUUUACUAUAUAAACCAUAAGAACAAGACCACCUCUUGGCUAGACCCAAGGCUUGACCCUCGUUUUGCCAUGAACCAGAGAAUCAGUCAGAGUGCUCCAGUGAAACAGCCACCACCCCUGGCUCCCCAGAGCCCACAGGGAGGCGUCAUGGGUGGCAGCAACUCCAACCAGCAGCAACAGAUGCGACUGCAGCAACUGCAGAUGGAGAAGGAGAGGCUGCGGCUGAAACAGCAAGAACUGCUUCGGCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-116.1 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -122.97

Frequency: 0.0000

Diversity: 105.13

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(..((((.....((((....((((((....((...))...)))))).))))...))))...((..(((((.(..((..(((..((.((.((((.....((((((.(((((.((((((((((((((((((...((((.......))))...)))))).)))).........................(((((.....)))))....))))...(((..(((....)))..))).)))))).)))..))).)))...)))).)).)).....((..((((((.(((((((((..........))).)).)))).))))))..))..(((((....(((........)))..((((((...)))))).)))))..)))..))..).)))))..)).......)((((....))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

({.({((.....((({....((((((....((...))...)))))).))))...))))...{,,.(((((,{,.,,..{{{..((.((.((((.....(((({{.(((((.((((((((((((((((((...((((.......))))...)))))).)))).....................,{..({(({.....}}}||,,..}}})..,(({..{{{....)))..))).)))))).)))..))},)))...)))).)).)).....((,.(({(((.((((((({{.|.,,.....))).)).))}}.)))))),,}}..((((,....(((........)))..((((((...)))))).)))),..))}}.))))).)||||...}|},..,.}((((....))))