Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
AATBC:4
Sequence Length
4596 nt
GC Content
0.6144
AAGGAAGGAGGGUGACUGCAGAGACCGGCCCUGGGCAGCGGUACCAGGGGCACAGGGAGCCUGGCCCGGCCCAUUGUCACUGGAAUUCAUGCCAUGCAGACUUCUACAUCAAAGGGAAACAAGGUCAGGAGGGCCGAGGGGUCCACGGCACUCCGCACCCACGGGGCCAGGCUGGCACAACGCCCCAACGCUGCAAUCCUGGGAAGAGUCACACGCGCCCUCCCGGGACCCACGUGACCAUCAAGGGAGUGUGGAGGACACAUCCCUCGGGGGUGACGCCCCUGCAGAUGGAGUUUCCCCAUCUGUGCCACCCUUGCAAGGCCUGGGAAAGGCUGCGGGGCCAGGCGGCACCGGGCAAGCUGAGUGCCAGGUGGUGGUUGCAACACACCGGGCAAAUCUGAAACCAUGGGACGGACGAGCUGCACCCCUGGGAAAGAGAACAGAGGAAGGCCGGUUAUCAACGUCCUCCUGUGCCUCAGUUUCCAGAAACAAGCCAGACUCAGUGCCUCAGGGAGACCCCGUGUGGCCUCCGGAGAGCACGGGACCCGCCCUUUGUGCAGGUGAGGAAACUGAACCCCAGAGCAGUGAGGGACUGGCCUGGGGACCCUGGGCUCAGCCCUGGGCGCCUUCCCUCUGCCCAUCUCAGACGGGCACAGCCAGCACCGCCUCACCCCAACGCGCCUCCAGACUGGCCCUCCAGGGGCCCCCAGGCACAAUCCUCUCACUUUCUUCCUCAAGCCCCUGCCUUCCCCCUUCGCACUGUGACCCAGGGGCUGCUAGCAGCUGGGCUGGGCUCCAAAGCUUGAAGCUGCUUCUCCAGGUCUCUUUCCAGGGGGCGGCGGAUGGCUGCUCACUCAGGGACGCCAACACCAACAGGAAGGGACCCAUGCACGGAUCUGACUUCCCUCCCAGGCUCUGCCUUCACUCAAUGUCCCUGUGGGGCAGCUGGGGCUCCCGGCCGCCCUCCCCUGCCCACAGCCGUGAGGUUGCUUCCUAGGGUUCUGUUUUCCCCACAGUCGGAACUGAGGUGCUGGGAGGCUCCAGAAGAGGGAUGGGGUGGAGCAAGUGGCCUGGAGCCCCCCAGGGCAGACCCCAAAGAGAAGGGUCAGAAGUGCCCUCUGGGGCCUGGGCAGCUGGGGGGAGCCCACAAGCCUGAGACCCUGUGGGAGGGAAGCGCCCCCACCCCGUGGUAAGAAAGGGGCUGGUAGAGGCUCCUAUGUGGCUCCCUCUGUCCCCUCCCGACCUCUGGCCAGGCUUGGGAUAAUCCCUGAGUGGACACAGGCGCCACGAUGGGGUCUCGGGGGUGAGGGCUGAGGAGGCUGAGCCUCCAAGGACCCCAGGGUGCCUGUUCCCACUGCACACCCACCAGGGCACAGGGUAGGGAUAGUGCCAGGAGGGCCACAGCUGCAGGGUCCAUCCCAGGCCGUGGUACACAGGUAGAGGUGGGUGCCAGCCUUCGUGAAGCACCUGCAGAAGCUCCACUCAGGGAGAGAACGAGGCACUCGCCCAAACAGAUCCUGGGUCACACGGGGCAGCAAGAGAGGGUGGAGCAAGUGGCCUGGAGCAAAGGGUUGGAGGCCCCGGGGCGGCGCGUUCUCCCCCAAGCCCAUUCCAGGGCCAUGGGCACCCCCCAGAGGCAGCUGGUGGGACUGCAGCCAUGCAGGUCCUAGAGGGCAGGUGACAGGGGACGUGACAGAAGGGGACAAAGGGCCGGCAACAUCCCUGGGGGAGGCACAGAGAGGGCCAGACUGCCCUCGGUGGACUGCGGAACCCAGAACCCAACGGCCAAUCCUCCCCCUACUCCUCACCCACAGUAAGGGGCCAGGGCUCCAUGCAAUGAGAACCCACGGGUGAUGCCACACGGGGGAGAAGCCACGCGGGGGAGAGGCCAUGCAGGGGAGAGGUUACAAGGGGGAGAGGCUGCGGGGUGAGAGGUCACAUGGGGCAGAGGCCACGCGGGGGAGAGGCCACGCAGGGGAGAGGUCACAUGGGGGAGGCCACGCAGGGGAGAGGUCACAUGGGGGAGAGGCCACACAAGGGAGAGGCCAUGCAGGGGAGAGGUCACAAUGGGGAGAGGCCGCAGGGGGGAGAGGUCACAUGGGGCAGAGGCCACGCGGGGGAGAGGCCACGCAGGGGAGAGGUCACAUGGGGGAGGACACGCAGGGGAGAGGUCACAAGGGGGAGAGGCCGCAGGGGGAGAGGUCACAUGGGGGAGAGGCUACACAGGGGAGAGGCCGCACGCUGGGGAGAUGGUCCCUGCGGGAAGACUCCGAGGCAGUCUCCUGCAGCUCCUUCCGGCGAAUCCGGUUCAGGAAGUAAAACCAGCCCUGUGUAGAGGUAAGUGAUGCUUGUGGGGAUAAUCUCCGAGCAGCUCACCGCGGCGCUGGCCAUUGCCGUUCUCUUCACGGUAGAAGAGUCCAUUUGGGGAAAAGGUCCCCAUCAGAGAUGGAGAUGUUCCCUUUCAGACUCCAGGCUAUGGCUGUGGGGCCGGCUCCCUACCACGUGGGCUGGGGGCUGGGCACAUGCAUGCCCACUCCUGGGCCCUCUUCCUGGUAGGCCACAGCACCACACACACUGCAAACCAGGCCUCUUCUUCAUCCACCACCACCGUCCAGGCCUCAACAUCACCGCGUGGGGUCUUGUGCCCUCUGGGGGAACUUCCGGGCUAAUGAGGGGGGACAGUCCCCAUUACCGGUCUAUCUUUAUAAGGCAGUAUAUGCAACAGUGGAAGUUCUGUGAGACAUGUUCCAACCCCGGGGCUGCUGGCAGAACUGUCCCCAAACCCACCCUCGAUCCCACGGCCAGGAAGUGGGUCCAAAAUUGCCUGGCCAGGUCACACCCCUGCGUGAACCGCCCCACAACACCCAGGGCGCUGCCUGACUUGCCGUCCACCUCUCAGCCCCUCCCCUCACCCCUGCCGCAGCUGCAGGGCCUACCCUCGCCGGGGGCUGCUCCCUGCUUACCUCCCUCGCCCGUGCAAUGCCUCUACUUCCCGCAAGGCCUACCGGGAGAUGUUACAGGUCACGGUCAUAUUUGAGCAUGAGAAGCUCACGCAGAGAACAUUCUGGCUGAGGGAGAGGUCUUGGGGUUCAAGGCUGUUUCUUGGCUCUGCUCAGCCAUGCCAGGCAGGAAAAUGGGCACCUCUAGUGACCCAGGCUGGCUGAGAGCCUGCAGGGAAGAGCCUUUGGAACGUGAGCCACUGUGGGCUGGCAGGACUGCAACUGGCGUCUCCAUCUACUGGUACCGAGGCGAGGAGGAAAAAGCAGGGGGGCCCGGAGACGGCCCCUCUAAGUCUGUAACUCCAGAGCUGCUGCUCAGUCCCCAGAACGUCACCUCCGAGCAGAGCCUGUGACAACUGUCAACUGUGAAGCUGUGGCGUGGGUUGCUACUGAAGCUCUGAAGUCAGCGAGGACACAGCAUGUUUGUUCUAGACCGUUUGGCUGCGGGAGGAAGCUGUACAUGCACACACUCGCCUCACCACCCUGCGAGUCCACAGGCCCCUCCCCGGAGUCACCUCCAGGUAAAGGGGGCCCUGCGUCGGGACUUGCUCUCUGGGGCGCUGAGAUGCUCUACAAUGAGCUGUGCUGCAGUGCACGGCCGCCCGACUGUGCACCCGCAACGGGGAACUGAACGCUGCAUGAAGUACAUCUCCAAGUUGUUCUUUAAGAAGGCUUAGGGUCCCUGGAAGACCCUCGCCCACACCCAGCGUGGAGCGUUGUUGCUCACGUGGCCACACCUCUCGGGAUGGCCGUGGGUCUCCGUGAUGGGCAGGCGAGUGGAACCACAGGUGCUUCCCGUCCUGGUCACAAAGUCAGAGUGGCUGGGCCAAGUGUCCUGAGAAGAGUCACCUCCUGGGAUCCCAUCAGCCUGGCCAUAGCAGAACACCCAGACAGGGGCCCAUCCCCGAGGCUCAACUCAACGCAUGCAGCCACUGUAGAAAAGUCUGGAAAGUAGUUCUUCAACCGACUAGACAUGGUGAGCCCAAAACCCAGCCAUGACACUCCUAGGCAUCUGCCCCAGAGGAAUGAAAGCAUCCAUCCCCUGCAAACUCAUCCUUACACAGCAGCGUGACUCAAGACGGCCAAAGGCGGAAACACCCCAAACGUCCAUCAGUGGACAAACGGGCAGAUGCAAUGCACUGUCUGUACCGUGGGAUGUCACUCAGCCAUAUGAAGGAAAGACUCCAGUGUGGAUGAGCCCUGGAACCACGGUGCUGCGUGAUCCCGUAACACAUGGCCAGAACAGACACGGCCCGGAACCUGAGGCCGGGAGGAUGCGUGCAGGUGGCGGGGAGACAGAGGGGCGAUGGCCCAGUUUCUUUUGGGCUGAAAAUGGUCUAAAGUUGACUGUGGUGAUGGCUGUACAACUUUGAAUAUGCUGAAAACUCGAAUUACACACUUCAGUUGGGCGAACUGUACUCCAUGUGAAUUACCUCUCGAUGGUUCUCUCCUGGGCUCAGGCGCUUCUCCCACCUUGGCCUCCUGAGUAGCUGGAACUACCAUUCAUGUGCGGAAAUAAAACAACUCGGUCUCAAAAAAAACUCAACUCAAAACUCAGUCUCAAAAAUAAAAAAAUAAAAAAGUAAAAGAGGCUACC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-2010.4 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -2084.53
Frequency: 0.0000
Diversity: 1172.46
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((..((((.......((((((((((((((.........))))))(((((.((((((((((((.((((.(((....(((((.((.(((...))))).)))))...))).)))......(((..((((.((((.((...)).)))).))))..)))..).))))))))))(((.....)))(((..(((((..((((((((.(.((.......))).))))))))....(((.(((.((.(((((((((.....)))).))))).)).))).)))((((((((..(((..(((((((...((((.(..(((((..(((((((((...((((.(((.(((....))).)))((.((((((((.((((((.((..((((......(((((.(...((((...(((.(((.(((.....)))..))).))).........))))....).)))))...))))..)).)))).)))))))))))).......))))...))))).)))))))))...(((((((((((.((......(((.(((.(((((((((((((..((((((((.......((((((..((((.....))))..)))))).(((.((((...)))).)))(((((.((((((((((.((...)).))))...((((((...(((((.....((((((((.((...((((.((((((...((((((((((.((...(((.(((((((((......((((((((...........))).((((((((((((((((....)))))((((.(((((....)))))(((((.(((((....((.((.....(((((((.(((((..((((((((.(.((((((((............((((((((.((......)).)))..))))).....((((...))))........)))))))).)))))))))(((...)))..))))).))))))).....))))..))))).)))))...((((((((((((((((..(((.(((.((((((((((.(((((((.....((.(((((((((.(((((.(((.((((((.(((((..(((((((((((.........))))).....))))))..))))))))))).)))...((((((((((.(((((...((((.(((((.((......)))))))...).))).......))))).)).).))))))).....)))))))))))))))).((.(((((((((((((((((((((...((((((((((..(((((((((.(..((((((((.((((((..((.((....)).))..))))))..))))))))))))))))))..)))))((((.((((((.(....)..))).)))...))))(((..(.....)..))))))))...)))))))))).)))).......))))))).))....)))))))....))))))).)))....))))))..))).)))))).))).))))))))........))))))))))).))))).....))))))))))))....))))))))......))))))))))..)))))).))))))))....((((.((((......))))..)))).........))))).))))))(((((((((....)))).))))))))))).)))))..(((((...........(((((.....(((((.........(((((....(((((..((((((......))))))..))...)))....))))).......)))))..))))))))))..))))))))..)).))))))))..))).))).))).......(((....))))).))))))))))).....).))))..)))))))..))))))))))).(((((..((((((((((((((.(((((((((....))))....(((....))).(.((((((((((.(((((.(((((.((..((((((((((((((((.(((.((((((.((((...(.(((((.(((((......(((((((((..((((.(((.((((.......((((((.((((.(.((((((..(((((.......((((..((...(((((((.((((....(.(((((((((((....(((((..(..((((((((((.((((.......(((((((((((..(.((((...(((...((((((((((((((((((((((....(((((..((((((((((.......((((((((.(((((....).))))))))))))))))..))))))....)))))..((........))..)))))))))...((..(((.((((.(((((((.....)))((((.((.(.(((((((..(((((..((((((.......))))))...(((((.....((((((...(((.(((((...))))).))).))))))....)))))..)))))..))))))))))..))))(((((((...(((((.((((.((((((......)))))).)))).)))))......))))))))))))))).)))..)).(((.....))))))))))))))))..))).)).)).)...))))))......((((.((((((.((.((.((((((.(.((..(....)..))..).)))))).)))).))))))...)))).....(((((...(((.....)))....)))))((((((((.((.((.(((((......))))))))).)))))))).)))))........))))((.((...(((((((.(((.........))).))))))).))))...))))))))))..)..))))).........(((((..((.......)))))))))))))...))))).))))).))))))).))..))))..)))))..)))).)).).)))).)))))).........)))).))).))))..)))))....))))....)))))((..((((((((.((.((.(((((((((....((((((....(((.(.(.((((((.(((((((((..((((...((.((((.(.(((((((((.(((((((((((...(((((((.(((...........(((((((.....))).)))))))))))))))))))...)))))).)))).))))).).)))))).(((((((((.(((((..(((.....)))...........((((...((((((((...........(((((((((.(....))))))))))..((((((.(((.((((((((((.(.((((...(((...((((((((......)))...)))))..)))...)))).).))).((((((.....))))))...))))))).)))..))..))))...((((((...((((...((((......))))..)))).....)))))).....)))))))))))).))))).))))))))).(((((.((.((((....)))).))...))))).))))..)))))))..)).)))))).)).)))...))))))....)))).)))))))((((((..(((...((((..((((....)))).))))...)))..)))))).....))))))))))..))....(((((((....)))))))))))).)..))))))).))).......(((((.((((....)))))))))(((((..((....))..)))))))))))))))..((((((((((.(.((((.....(((((((((...((((.((((((.........)))))))))).))))).)))).......))))).))))....))))))(((((.(((((((.(((((((((((((.((((.....))))(((......)))......(((((...))))).....))))))...)).)))))(((((....(((((((..(.((((((((((((.(((((..(((((((.(((....)))....))))......((((((.((((((((.................)))).(((.((......(((((..((.((.....))))....(((((....)))))..(((((...(((((..(((((((..((.(((.(((......((((.((((((...(((.....))).)))))).)))))))))).)).))))))))))))...)))))......))))).....)).)))(((((((...))).)))))))))))))))))...))))))))(((((....((((....)))).)))))))))))))).)..)).)))))..)))))))))))).).))))(((((..((((.....((((((................))))))....)))).)))))))))))))).)).))))))).))))))))))))).))))..))))))))))).))))))))))....)))))))).........)).)))))..............)))))))).......))))..))........((((((..........................))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
...,.{(..((((.......((((((({((((((,{....,,.))))))(((((,({((((((((((.((((.(((....(((((.((.(((...))))).)))))...))).)))......(((..((((.((((.((...)).)))).))))..)))..).))))))))))(((.....))){{,..(((((..((((((((.(.((,....,.}),,))))))))....(((.(((.{(.((((({((({....,)))}))))).)}.))).)))(((((((.,.(((..((((((({,.((((((.(((((((.,((((((((...((((,{((,({{..,,))}.|||((.{{((((((((((,(((((((,.....,).)))),|}|,..(((....(((.(((.(((.....)))..}))|}})....,},..{{.(((,.((.((........)).)))))).)).)))}}))))).....,.,}}}...)))}},|||||.|||.,.((((((((((({{(|,,...|||}||{..,,{({{{,{|{|,.{{{.{{||.,)),..||{{((,,{(((,,,,,|}||{{||||||.(((|({{{,|||}}|||||(((||.|||{,(((((.{{...)}.))))}.,|{,.{{...||{{{.......,|||||{{|.,.}}|||||{.,,)))}|)|||||||.|}.,||{||||||||||.((((..((((({(((((,(((({.,{{.,((({{(((.(((((,...{(({{(({(({({{|,,|}..|||},..})))}||,((((((,((({{(((({{((((((((.....)))))}}.,...((|...||,...{{....((((((((.((......)).)))..))))),|{{{{,(((((((((((.({...((((((((((((((((..(((((........))))},..)))))).(((((....)))))...((((((({{(((((((((({..(((.(({.((((((((({,{((((((......{,(((((((((.(((((.(((.((((((.(((((..(((((((((((.........))))).....))))))..))))))))))).)))...((((((({((.(((((...(((,,({(((.(({.....})))),)}}}).))).......))))).)).).))))))).....))))))))))))))}}|((.(((((((((((((((((((((...((((((((((..(((((((((.(..((((((((.((((((..((.((....)).))..))))))..))))))))))))))))))..)))))(({{.((({((.||,..}..))}.))).,.))))|||,.|}},..}.,)},)))))...)))))))))).)))).....,,))))))),)),|..}))))}}.,..})))))).)))....))))))..))).)}},}}|.({{....))),..,})))))))))).)))).))))))...}).))))))))))}..,,)))))))}}...,))}))))})))))})))}||},|}}|{(((((((..((((......))))..{{({,.,{{|||.|.((({(((.(((((.(((((....)))))((((....)))).{(({,.,{(((,.,,.......(((((.....(((((.........(((((....(((((..((((((......))))))..))...)))....))))).......))))).....)))))}}.))))))))){{,.(((.(((((....))))).)))..}}....))))).)))..}))).,.,))))).,..))).)}.})))))))}})).})}})))).}|)}}..,|}))))||}}))|.,.)))))||)))).|||||)))}}.}))))|,})|})))|.||}})}..)))))))...)).))})}))))))).))),))))))).(((((((...((((((((((((...{..((((((((((((..(((((.{(..((((,,(((((((((((.(((.(((,(((((((.,{{.(((((((...((..(((((((..(((((.,(((((((.((((.....{((((,.({.((((((((((.((((,......(((((((((((...,((({.,.(((...((((((((((((((((((((((..{,{((((..((((((((((.......(((((((,,(((((....).))))))))))))))))..))))))....)))))}.((........))..))))))))),..({..(((.((({{(((((((.....)))((((.((,{.(((((((..(((((.,((((((.......)))))),..(((((.....(((((,.,.(((.(((((...))))).))).))))))....)))))..)))))..))))))))))..))))(((((((.{.(((((.((((.((((((......)))))).)))).))))).,....))))))))))))))).)))..}}.|{{.....}}))))))))))))))..))).)}.)).}...))))))......((((.((((((.({{((.((((((.{.((..(....)..))..}.)))))).)))).))))))...))))...,,(,,.....(((.....)))....,,))}((((((((.((.((.(((((......))))))))).)))))))).))))).......,))))((,({...(((((((.,((.........))}.))))))).))))...))))))))))..)}.)))),,.......{(((.((((..,(({.,,..})),...,,.))))))))..)))).))))))).((....))..))))).))))))).}),,.))))))),))...))))).})).))).)))...)))))).,{(((((,..|,..,.,}}}}}}(((((((((.(((((((......{((((.,.....))))}.,((({{....{||||,({((((..((.((,(((((((((((((((.(((((((((({,.,(((((((.(((...........(((((((.....))).))))))))))))))))))}..,)))))).)))))),})),,((.((((......)))).)),{,,,,.,..,,,,|(((((.(((....)))...)))))).((((......((((((((((({(....))))))))))..)},}.,..)))).((((....)))),,,)))))).)).)).))))..}})}}}},,}}|(((....))),))))))}..))))))))),{{((((((((((((.,.((.{{{...((((....((((((((((....(((((((((({{{,.{,{((((((((((..{{,{{.{.,.,((.((((.(((((..((((((((.(((((((((.((.((((....)))).))....)))))))})).....)))))))){(((((((((....((((((((((((.((.((((((.(((.((((((((.,....}.))))))))..((..((((((.......(((.,.(((((.(((.{{...}).))).))))).}..)))...((((((((({,.{{{,,.{{{{{{{.....{{({||{(({....)))))}))}(((((..((....))..)))))}|||||,{{.((.((((.(((((,,{{(({.((,(((({({((...(,(({((((((.........)))))))))}.,,}}|.}}|}...,},|.}}}}},,)))}.)})}}),.))))).)))).)).}}..,,,},..))))))))).))))))..))..........))))))))))).)))))}..((((.((.(((.....)))...)))))).,.((((((..(........}..)))))).........})))))))))))))))}..,{...((((((.((((((({...{,{{{{{,,,{,{.||||,(({.,,....,|{(((...||}((.....}}}}....(((((....)))))..((((((((.(((...))))))))))},((({((,...|,,((((.((((((...(((.....))).)))))).))))..,}}}..}))))})))||||}}...|}}}......)))}}........,.|(((((((...))).)))))))))))))}.,,)}))))).)))).)}..,.,||||.,}}}},))))))))))),))))..}})))))))){(((((((.{{.{,....)),)).)))))),))))))))))....))))..,,.}}.,)))))))..)))}),))...)))))))))).,,.)))))..)))),,)))))))..)....,),))))))))).)).)))))))....)))))|||.....}},.}).)))))..............}))))))).......))))..))}.......((((((..........................))))))...
Back