Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
BAALC-AS1:18
Sequence Length
993 nt
GC Content
0.4361
AAGUAGAUACAGGCAGGGGCAGGAACAGGAGCAGAGCAGAAGCCCAAAGAGACAGUUUAGGGGACAUAAAACAGCAAAAAUGGAUUUAAAGGAAAGCCCAGUCAUUCACACUUAGAAGAAUUCCUGGACUAACAAUUCUAAGCCAAGGCAGCUGCGGCAACGUUGAGGCAGAAUCAAAACCUGGGGAAAGACCUUAGGUAUUCAGAACAAAACAAUCAGCAGGCGGGUCUGCGGCAUUCUAAGAACAGACACUGGCAGGAACAAAGGUUACAGAAGUGAAUGACUCUAAGAAUCAAGCAAGACAUGGAGUGGCAGAAAAUUAAAUUCUGAAUCCCUAAAAGACAUGAUGCAAAGAUGACCUCCUCUCCCAAGGACAUGUCCUCAUCCUGCGCUGACCGUGUGUGGUCAUUUCAGAAAAAGCGAACAAUGGAGAACCUGCUUGAAUGAUACUUAGACCUGGGACAACUGAAAGGAGUUGCACUUAUACAAUUCGGUGCAGUGGAGUCCCCUGGGAGGAGCCCCAGUCACACGGGAAGAGACAGUCACAGCUGUAAUAAAUGAUGGCUAGCAUGUAUCAAGCACUGGCCGAGUCCUCAGCAUACAUUACAUUACAGAAUUCAGUGUGCACCUCAACACUCUGGGGGUGUAUUUUAUAGGAGAACUGUGGCACAAAGAGGGUAAGUGUCUUACUAACAGUGUGGCUCAUCUGCCAAGCAGGGGUAAUCUGACCCCAUGAGGUUGCCACAAGUAUUCAAUUAGUUUUAUUUUACAGUUAGAACAGUGGCUGGCUGAAGAAGUAAAAUAUACAAGUAUUUGUUAUGCAAAAACAAAUAAGUCAUAAAUCUCCAUCUUAUAGGUAAGAAAAUGCAUUCUGGUUUUUGUUCUGUUGCUGACAAACUAUGGGACUUCAGGCAAGGCUGUGAAACUCUUGGGUCUUGAUUGCCUCCUAAAAACCUCAGCGUUUGUACUCAAUGAUUAUUUGGAUCCUUUUUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-272.3 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -287
Frequency: 0.0000
Diversity: 121.0
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....(((((((((.((((.......(((((....((((((((((((.(((........((((((((......(((...(((..(((..(((..((.((((..((((..........))))..)))).))....(((((..(((..(((.((....))...)))..))))))))....((((((((.....))))))))((((((((........((.((...(.(((((((...(((((.(((.((..((((......(((....))).....))))..))..))).)))))...)).)))).).)....)).))........)))))))).))).)))..)))..)))..........((((......)))).))))))))...((((.((..(((((((.((((...(((....(((((......((....)))))))...)))......)))).(((((.((((....((((((........))))))....))))...)))))(((((......))))).)))))))..)).).)))((((((((............((((((..(((.....)))))))))((((((((((((......(((..((((((.((((.((((((((((......)))))............(((((..((((((........((((((...))))))....((.((((......)))).)).(((((......))))).((...((((.(((((((((......((((((((((.(((((((........)))))))..)))))))))).....)))))))))...))))...)).....))))))..))))).(((((....)))))...))))).)))).))))))..))))))))).........)))))).......))))))))..)))))))).)))..))))))))).....))))...))))))).))...((((.....)))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,.,(,(((((((.((((.......((((({{{..{(({,(((({{{(((........((((((((......(((...(((..(((..{((..{(.((((..((((..........))))..)))).))....(((((..(((..(((.((....))...)))..))))))))....((((((((.....)))))))){(((((((........((.((...(.,((((((...(((((.(((.((..((((....,.{((....))}.}...))))..))..))).)))))...)),,))).}.,..,.)).))........)))))))),)}).)))..)))..)))..........((((......)))).))))))))...((((.((..(((((((.((((...(((....(((((......{{....}})))))...)))......)))).(((((.((((....((((((........))))))....))))...)))))(((((......))))).)))))))..)).).)))((((((((,,..........((((((..(((.....)))))))))((((((((((((..,,..(((..((((((.{(((.((((((((({......}})))}}}},.......(((((..((((((........((((((...))))))....{(.((((......)))).}).(((((......))))).,{...((((.(((((((({......((((((((((.(((((((........)))))))..)))))))))).....}))))))))...))))...},.....))))))..))))).(((((....)))))...))))).)))}.))))))..))))))))}........,)))))),..,,..))))))))..))))))))}}))..)))}))))).....)))).,,))))))),)}...{{{{.....}}}}.......
Back