Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
BAALC-AS1:28
Sequence Length
995 nt
GC Content
0.4362
AGAAGUAGAUACAGGCAGGGGCAGGAACAGGAGCAGAGCAGAAGCCCAAAGAGACAGUUUAGGGGACAUAAAACAGCAAAAAUGGAUUUAAAGGAAAGCCCAGUCAUUCACACUUAGAAGAAUUCCUGGACUAACAAUUCUAAGCCAAGGCAGCUGCGGCAACGUUGAGGCAGAAUCAAAACCUGGGGAAAGACCUUAGGUAUUCAGAACAAAACAAUCAGCAGGCGGGUCUGCGGCAUUCUAAGAACAGACACUGGCAGGAACAAAGGUUACAGAAGUGAAUGACUCUAAGAAUCAAGCAAGACAUGGAGUGGCAGAAAAUUAAAUUCUGAAUCCCUAAAAGACAUGAUGCAAAGAUGACCUCCUCUCCCAAGGACAUGUCCUCAUCCUGCGCUGACCGUGUGUGGUCAUUUCAGAAAAAGCGAACAAUGGAGAACCUGCUUGAAUGAUACUUAGACCUGGGACAACUGAAAGGAGUUGCACUUAUACAAUUCGGUGCAGUGGAGUCCCCUGGGAGGAGCCCCAGUCACACGGGAAGAGACAGUCACAGCUGUAAUAAAUGAUGGCUAGCAUGUAUCAAGCACUGGCCGAGUCCUCAGCAUACAUUACAUUACAGAAUUCAGUGUGCACCUCAACACUCUGGGGGUGUAUUUUAUAGGAGAACUGUGGCACAAAGAGGGUAAGUGUCUUACUAACAGUGUGGCUCAUCUGCCAAGCAGGGGUAAUCUGACCCCAUGAGGUUGCCACAAGUAUUCAAUUAGUUUUAUUUUACAGUUAGAACAGUGGCUGGCUGAAGAAGUAAAAUAUACAAGUAUUUGUUAUGCAAAAACAAAUAAGUCAUAAAUCUCCAUCUUAUAGGUAAGAAAAUGCAUUCUGGUUUUUGUUCUGUUGCUGACAAACUAUGGGACUUCAGGCAAGGCUGUGAAACUCUUGGGUCUUGAUUGCCUCCUAAAAACCUCAGCGUUUGUACUCAAUGAUUAUUUGGAUCCUUUUUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-272.3 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -287.3
Frequency: 0.0000
Diversity: 125.73
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......(((((((((.((((.......(((((....((((((((((((.(((........((((((((......(((...(((..(((..(((..((.((((..((((..........))))..)))).))....(((((..(((..(((.((....))...)))..))))))))....((((((((.....))))))))((((((((........((.((...(.(((((((...(((((.(((.((..((((......(((....))).....))))..))..))).)))))...)).)))).).)....)).))........)))))))).))).)))..)))..)))..........((((......)))).))))))))...((((.((..(((((((.((((...(((....(((((......((....)))))))...)))......)))).(((((.((((....((((((........))))))....))))...)))))(((((......))))).)))))))..)).).)))((((((((............((((((..(((.....)))))))))((((((((((((......(((..((((((.((((.((((((((((......)))))............(((((..((((((........((((((...))))))....((.((((......)))).)).(((((......))))).((...((((.(((((((((......((((((((((.(((((((........)))))))..)))))))))).....)))))))))...))))...)).....))))))..))))).(((((....)))))...))))).)))).))))))..))))))))).........)))))).......))))))))..)))))))).)))..))))))))).....))))...))))))).))...((((.....)))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,,{.,{{{((((((.((((.......((((({{{..{(({,(((({{{(((........((((((((......(((...(((..(((..{((..{(.((((..((((..........))))..)))).))....(((((..(((..(((.((....))...)))..))))))))....((((((((.....)))))))){(((((((........((.((...(.,((((((...(((((.(((.((..((((....,.{((....))}.}...))))..))..))).)))))...)),,))).}.,..,.)).))........)))))))),)}).)))..)))..)))..........((((......)))).))))))))...((((.((..(((((((.((((...(((....(((((......{{....}})))))...)))......)))).(((((.((((....((((((........))))))....))))...)))))(((((......))))).)))))))..)).).)))((((((((,,..........((((((..(((.....)))))))))((((((((((((..,,..(((..((((((.{(((.((((((((({......}})))}}}},.......(((((..((((((........((((((...))))))....{(.((((......)))).}).(((((......))))).,{...((((.(((((((({......((((((((((.(((((((........)))))))..)))))))))).....}))))))))...))))...},.....))))))..))))).(((((....)))))...))))).)))}.))))))..))))))))}........,)))))),..,,..))))))))..))))))))}}))..)))}))))).....)))).,}})))))),)}...{{{{.....}}}}.......
Back