Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

CASC9:1

Sequence Length

833 nt

GC Content

0.4166

CCUUGAGCUGUGGUGGGCUCCACCCAGUUCGAGCUUCCCUGCUGCUUUGUUUACCUAAGCAAGCCUGGGCAAUGGCGGGCGCCCCUCCCCCAGCCUCGCUGCCGCCUUGCAGUUUGAUCUCAGACUGCUGUGCUAGCAAUCAGCGAGACUCCGUGGGCGUAGGACCCUCUGAACCAGAAUGUGAUUUUGAAGAAAGGAGGAAAGAUGUGAAAAGUGAUUGGUCAGCCACAUUCAUGGUGUUGAGAAAAGAAUUUGCUUUUCUGGAACAUAGCCUGUGAUAGCAGAACAACACCUGGCAAGAAACAGGUUAUGUUUGGCUGGAGAGUCAUUGGCACUAUCAAGAAAUAUUAAAGUGUAGAUUUGAGAGAGGAGGAGAAAGACCCAAGCAAAAUUGAAAACCAGGUGGGACCCAGACAGCAGCAAAGCAAUGGAAGCAUGUAUUUUGGUCAAUAUAGAGUUAAUACACAAUUUUGCCCCUCUUCUUCUGAUCAUGGGACUCAUAUUACCAGUCUUCACAUUUCCUUUAAAUUCAGGAAUCAGGAAGAAUUUCCAGAGUUUGCAGAUGGACACAUUUGCUGCUUCCAUUCUAAACAUAAGUUAGAAGAACCUUUCAACUGGAUUCCAACUUUAAUAUGUCACAAACAUAAAAAAGAAAGCUAUUUCCUGGACUUUUCUUCAUUAGAAAUUAAUAGAUUGUCAAUUGGCAUAGGGAAAAGAUAAUCAACAGAUGCCAACCCCAAGUUAACAGAAAUGCUAAAAUUAUAAGACAAAGACUUCAAAAUAGCUAUUUUAAUUUUGCCUAGUGAGGUAAAUGCAAACAUGCUCACUAUGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-226.6 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -244.88

Frequency: 0.0000

Diversity: 175.93

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

....((((((.(((((...)))))))))))((((.....(((.((((.((((....))))))))(((((....((.(((...))).))))))).((((((((.((...((((((((....))))))))...))..))....)))))).......((((....).)))((((...))))...((((((((((....((((((..((((((((....(((((((((((((((((...)))))..(((((((......))))))).(((((((((((((.....(((........))).......))))))))))))))))))..(((((....(((((...............))))).((((.((.((((((((.(..........(((((((((....((....))((((.(((..(((((............)).)))..))))))).................)))))))))))))))))))).))))....))))).....)))))))))))))))))))))...)))).))))))((((....)))).((((..(((((((....))))))).))))...((((((.......))))))(((((........)).)))...((((..(((((.....)))))..))))..((((((((.(((....(((((.....)))))....))).(((((..(((((((..(..............)..))))))).....(((..........)))..........)))))........))))))))........(((((((....))))))).))).....))))........

Thermodynamic Ensemble Prediction

.(((((((((.(((((...))))))))))))))...{{{.(((((((.{.....,.))))},)),,|||..,,((,(((,,.|{|.||||||{.((((((({.((...((((((((....)))))))).,.))..))...,)))))).},..|,}))|},,}}.,,,((((...))))..,((((((((((....((((((,.{(((((((....((((((((((((((((,...,)))},.(((((((......))))))).|((((((((((((....{(((........))).}.....))))))))))))))))))..(((((....(((((...............))))).((((.(({((((((((.(..........(((((((((....((....}}(({({(((..(((((............)).)))..))}))))........||....,,.)))))))))})))))))))).))))....))))).....)))))))))))))))))))))...)))}||}}))}((((....}))).((((..(((((((....))))))).))))...{((({{,{....})))))}({{{{........)).)))...{(({..(((((.....)))))..}}}}..((((((({.,{({,{{(((((,..,,||}},....,,|,{({,,..(((((((..(,.........,,..)..))))))).....}||}........,}}},.......,,)),)},}.,),,,)))))))).,,,,...,{{|||(,,,,}))))}}.,.....,,))))})}}....