Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
CASC9:12
Sequence Length
1155 nt
GC Content
0.3359
UCUCCUCCAGAAUGUGAUUUUGAAGAAAGGAGGAAAGAUGUGAAAAGUGAUUGGUCAGCCACAUUCAUGGUGUUGAGAAAAGAAUUUGCUUUUCUGGAACAUAGCCUGUGAUAGCAGAACAACACCUGGCAAGAAACAGGUUAUGUUUGGCUGGAGAGUCAUUGGCACUAUCAAGAAAUAUUAAAGUGUAGAUUUGAGAGAGGAGGAGAAAGACCCAAGCAAAAUUGAAAACCAGGUGGGACCCAGACAGCAGCAAAGCAAUGGAAGCAUGUAUUUUGGUCAAUAUAGAGUUAAUACACAAUUUUGCCCCUCUUCUUCUGAUCAUGGGACUCAUAUUACCAGUCUUCACAUUUCCUUUAAAUUCAGGAAUCAGGAAGAAUUUCCAGAGUUUGCAGAUGGACACAUUUGCUGCUUCCAUUCUAAACAUAAGUUAGAAGAACCUUUCAACUGGAUUCCAACUUUAAUAUGUCACAAACAUAAAAAAGAAAGCUAUUUCCUGGACUUUUCUUCAUUAGAAAUUAAUAGAUUGUCAAUUGGCAUAGGGAAAAGAUAAUCAACAGAUGCCAACCCCAAGUUAACAGAAAUGCUAAAAUUAUAAGACAAAGACUUCAAAAUAGCUAUUUUAAUUUUGCCUAGUGAGGUAAAUGCAAACAUGCUCACUAUGAAUGAAAACAGGUAAUCUCAGCAGUCAUGUAAACUAUAAAAAUAAGCAAAUAUAAAUUUUAGAAUUAAAACACAAUAUCUAAAAAUAAAUUCACCUGAUAUUCUCAAUAGAAAAAAUGGUAAUGCAGAGAAAAAUGUAUGAAAAUAUGGCAAUUUGAAGAAGAGAGAAGAGAUCAAUAAAAUAAAUAAGUAUAUCCUUGGAGACCUGUGGAUGUUUUUUGAAAAGUGAAUCAUGUAAGUAAUUGAAGUCCCAGAAGAAAAGAAAAGAAGAGGAUGAGCAGAAAAAAAUUUCUGAAAAAAUAUCUGAAAGCUUAAACACUAUAAUGAAAGACACACAUUUACAAACUCAAGAAGUUUAGUAAACCAAAAACAAUAAAAUCAAAGAGAACUGUGCCAAGCGACAUCAUUUUCAACCUGCUGAAGAUCUUGACAGCAGUCAGAGAAAAAAGACACACUUAUUACACAGAGAGGAACAAUACAUUAAAUACUAGC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-240.1 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -261.04
Frequency: 0.0000
Diversity: 166.31
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((((....................))))))....(((((.(((((..(((....))).....((((((((((((((((......))))))).(((((((((((((.....(((........))).......)))))))))))))((((....)))).(((((((..........(((((.(((((((.(((.(((..((.(........)))..(((((((((....((....))((((.(((..(((((............)).)))..))))))).................))))))))).(((((((((((..((.(((((((((.(((((((...(((((.((((.......((((((((...((((....)))).((((..(((((((....))))))).))))...((((((.......))))))(((((........)).)))...((((..(((((.....)))))..))))........))))))))((((((((((.............((((((((.(((((((..(..............)..))))))).....((((.(((....((((...(((((...........((((....(((.........(((((((....))))))).........))).....)))).........)))))...))))....))).)))).....................(((((((..............)))))))........(((.....((((....)))).....))).(((((........))))).......))))))))))))))))))((((((.(((.(((.......((((......))))......))).))).)))))))))).)))))...))...))))))).)))))))...))..)))..)))))))).....((((((....))))))........))).))).))...))))).)))))...........((((((((((.....))))).)))))...........................))))))).)))))))))((((...((((((..........))))))...)))).........))))).))))).............................
Thermodynamic Ensemble Prediction
..((((((....,.......,.......)))))}..,.(((((.(((((..,,.{((((({{{{....|||||{,(((((((......))))))).{((((((((((((....{(((........))).}.....)))))))))))))))))),.,||||.(((((((..,,......{((((.(((((((.{((.(((..{{.(,.......}))..(((((((((....((....}}(({({(((..(((((............)).)))..)))))))........|}....,,.))))))))).(((((((((((..((.(((((((((.(((((((...(((((.((((.......{(((((((...((((....}))).((((..(((((((....))))))).))))...((((((,(....)))))))(((((........)).)))...((((..(((((.....)))))..))))........)))))))}((((((((((.............((((((((.{((((((..(..........,,..)..))))))}.....((((.(((,,..((((...(((((...........{{((....{((...,,,...(((((((....))))))).........))).,.,.}))}.........)))))...)))).,,.))).)))).....................(((((((,,{.......,,,.)))))))........(((.....((((....)))).....))).(((((........))))).......)))))))))))))))))).,,,,,.,,,............{{{.{(((((.|((....)),.)))))),})},)))).)))))...))...))))))),}))))))...))..)))..)))))))).....((((({....})))))........))).))}.))...))))).))))}...........{(((((((((.....))))).))))}......................,....)))))))..))),)).{((((...((((((..,....,..))))))...)))),........))))).))))),............................
Back