Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

CASC9:7

Sequence Length

1471 nt

GC Content

0.3562

UGAGAUGAAGCCGGUACCUCAGAUGGAAAUGCGGAAAUCACCGUCUUCUGUGUCGCUCAGGCUGGGAGCUGUAGACCGGAGCUGUUCCUAUUCGGCCAUCUUGGCUCCUCUCCCUCUUUAAAGUGAUUGCUCACUGAUGCCUUAUCUAGUUCUCUUGGUGAGGUCAUGUUUUCCUGGAUGGUCUUGGUGUUUGUGGAUGUUCAUCAAUGUCAGGGCAUUGAGAAGUUAGAAUGUGAUUUUGAAGAAAGGAGGAAAGAUGUGAAAAGUGAUUGGUCAGCCACAUUCAUGGUGUUGAGAAAAGAAUUUGCUUUUCUGGAACAUAGCCUGUGAUAGCAGAACAACACCUGGCAAGAAACAGGUUAUGUUUGGCUGGAGAGUCAUUGGCACUAUCAAGAAAUAUUAAAGUGUAGAUUUGAGAGAGGAGGAGAAAGACCCAAGCAAAAUUGAAAACCAGGUGGGACCCAGACAGCAGCAAAGCAAUGGAAGCAUGUAUUUUGGUCAAUAUAGAGUUAAUACACAAUUUUGCCCCUCUUCUUCUGAUCAUGGGACUCAUAUUACCAGUCUUCACAUUUCCUUUAAAUUCAGGAAUCAGGAAGAAUUUCCAGAGUUUGCAGAUGGACACAUUUGCUGCUUCCAUUCUAAACAUAAGUUAGAAGAACCUUUCAACUGGAUUCCAACUUUAAUAUGUCACAAACAUAAAAAAGAAAGCUAUUUCCUGGACUUUUCUUCAUUAGAAAUUAAUAGAUUGUCAAUUGGCAUAGGGAAAAGAUAAUCAACAGAUGCCAACCCCAAGUUAACAGAAAUGCUAAAAUUAUAAGACAAAGACUUCAAAAUAGCUAUUUUAAUUUUGCCUAGUGAGGUAAAUGCAAACAUGCUCACUAUGAAUGAAAACAGGUAAUCUCAGCAGUCAUGUAAACUAUAAAAAUAAGCAAAUAUAAAUUUUAGAAUUAAAACACAAUAUCUAAAAAUAAAUUCACCUGAUAUUCUCAAUAGAAAAAAUGGUAAUGCAGAGAAAAAUGUAUGAAAAUAUGGCAAUUUGAAGAAGAGAGAAGAGAUCAAUAAAAUAAAUAAGUAUAUCCUUGGAGACCUGUGGAUGUUUUUUGAAAAGUGAAUCAUGUAAGUAAUUGAAGUCCCAGAAGAAAAGAAAAGAAGAGGAUGAGCAGAAAAAAAUUUCUGAAAAAAUAUCUGAAAGCUUAAACACUAUAAUGAAAGACACACAUUUACAAACUCAAGAAGUUUAGUAAACCAAAAACAAUAAAAUCAAAGAGAACUGUGCCAAGCGACAUCAUUUUCAACCUGCUGAAGAUCUUGACAGCAGUCAGAGAAAAAAGACACACUUAUUACACAGAGAGGAACAAUACAUUAAAUACUAGCACACUUCUCAUCAGAGAUCAUUAAGCCCAGAAGACAGUGGAAUGAGAUCUUUAAAGUGCUGAAAUAAAAUAAAUGUUGAUUAAAAAAUUCUAUAGCU

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-329.1 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -357.41

Frequency: 0.0000

Diversity: 287.39

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

...........((((((...((((((..((......))..))))))...((((((((..(((.((((((((.((((((((..........)))))...)))))))))))....((((((..(((((....))))).((((((((((.((....)).))))))).)))((((..((((((..((((((.((((((((((((...(((((((....)))))))(((((((.....)))))))...............((((((...(((((((..(((((((((((...)))))..(((((((......))))))).(((((((((((((.....(((........))).......)))))))))))))))))))..)))))))..))).)))......(((((.(((((((.(((.(((..((.(........)))..(((((((((....((....))((((.(((..(((((............)).)))..))))))).................))))))))).(((((((((((..((.(((((((((.(((((((...(((((.((((.......((((((((...((((....)))).((((..(((((((....))))))).))))...((((((.......))))))(((((........)).)))...((((..(((((.....)))))..))))........))))))))((((((((((.............((((((((.(((((((..(..............)..))))))).....((((.(((....((((...(((((...........((((....(((.........(((((((....))))))).........))).....)))).........)))))...))))....))).)))).....................(((((((..............)))))))........(((.....((((....)))).....))).(((((........))))).......))))))))))))))))))((((((.(((.(((.......((((......))))......))).))).)))))))))).)))))...))...))))))).)))))))...))..)))..)))))))).....((((((....))))))........))).))).))...))))).)))))........)))))))))))))))))).)))))).))))................))))))......))).))))))))..(((((...((((((..........))))))...))))).....................((((((........................))))))...(((((((.(((..(((........).))..))))))))))...))))))....................................

Thermodynamic Ensemble Prediction

........{((((((.,,.{(((,((,...{(((......))))}))))),}},}},..}))),}.(((((((((..((({....}}}....,||{{,...})))|((((((..,......(((({....}}}}|((((((((..{(((((((((((((...{{..((((({.((((((..((((((.(((((((((((({(.(((((((....)))))))||,,{((,,,,.}}})}}},,.............((((((...(((((((..((((((((((,...,)))},.(((((((......))))))).|((((((((((((....{(((........))).}.....)))))))))))))))))))..)))))))..))).)))......{((((.(((((((.{((.(((..((.(,.......}))..(((((((((....((....}}(({({(((..(((((............)).)))..)))))))........|}....,,.))))))))).(((((((((((..((.(((((((((.(((((((...(((((.((((.......{(((((({...((((....}))).((((..(((((((....))))))).))))...{((({{,{....})))))}(({((........)).)))...((((..(((((.....)))))..))))........)))))))}((((((((((.............((((((((.{((((((..(..........,,..)..))))))}.....((((.(((,,..((((...(((((...........{(((....{((...,,,...(((((((....))))))).........))).,.,.})}}.........))))).,.)))).,,.))).)))).....................(((((((,,{.......,,,.)))))))........(((.....((((....)))).....))).(((((........))))).......)))))))))))))))))).,,,,,.,,,............{{{.{(((((.,((....)),.)))))),})},)))).)))))...))...))))))),}))))))...))..)))..)))))))).....((((({....})))))........))).))}.))...))))).))))}........)))))))))))))))))).)))))).,},...,,})),.....)))})))))))))).)..))).).)))),(((((...((((((..,....,..))))))...))))}...,|...,,}}}........))))))}.{{,,,.,,,......((((((...,......{((((((.(({..{((,.......,}))..)))))))))}...))))))............}))},..........)))))))))