Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

CDKN2B-AS1:19

Sequence Length

1235 nt

GC Content

0.4073

AGCUACAUCCGUCACCUGACACGGCCCUACCAGGAACAGCCGCGCUCCCGCGGAUUCUGGUGCUGCUCGCGUCCCCGCUCCCCUAUUCCCCUUAUUUUAUUCCUGGCUCCCCUCGUCGAAAGUCUUCCAUUCUUCAAACUAGAUUAUUUAAAAAUGAAAAAGGAAGAAAGGAAAGCGAGGUCAUCUCAUUGCUCUAUCCGCCAAUCAGGAGGCUGAAUGUCAGUUUUGAACUAAAAGCCGCUCCGCUCCUCUUCUAGAUUUGGAAAACAAGCGAAAUUAAACUAAACCGCUGCACGCCUCUGACGCGACAUCUGGACACGGCGCGGCGCUGGCGCUGCCGGAGCUGUCGACCCGGCCUGGCGCCGGACUAGUGUCCCUUUUGAUGAGAAGAAUAAGCCUCAUUCUGAUUCAACAGCAGAGAUCAAAGAAAAGACUUCUGUUUUCUGGCCACCAGAUAUAUGUUAUCUGUGCUUAAAGAAUUGAAAAACACACAUCAAAGGAGAAUUUUCUUGGAAAGAGAGGGUUCAAGCAUCACUGUUAGGUGUGCUGGAAUCCUUUCCCGAGUCAGUACUGCUUUCUAGAAGAAAACCGGGGAGAUCUAUUUGGAAUGUAUCUAACUCCAAAGAAACCAUCAGAGGUAACAGGUUAGGAAAUUGAAAUACAGAAAGAUGAAAAGUGAUUUGCCCAAGCAUAUAGAUCAAAGCUGUGGCAGAACCAGGACUGGAACCUAUAUCUCUCUACUAAUGGUUUUUUUAAAAAAAUAACCUUGUUUCAAAAAUAUUAAAAAGUCACAAGAAAGGUAAACAUGUGGAUAAACAAAAUGAAGAAAAUAAAAAUUAUCCAGUAAUAACAUAUUGGCAUAUGUCUUUCUGGUAUAUUUUCCUGUGUUGUCAUCAUUAUCAUCUCCAUCAUCAUUAUAUCCAUCAUUAUCAUCAUCAUCAUCAUCAUCAUCAUCAUUAUCAUCACCAUAGUGAACAUGUAAUGCUUACCUAGUGCCAGAUGCUGUCUAGGCAUUUUACAUGUGUUACUGGUAACUCAUGUAAUCCUCAUAACAACCUUAUAAGGUGGUUGCUAUUAUCCCCAUGUUACAUAUGAAGAGACAGAAGCAUAAAGAAGUUGCACCGCUGGUAAUUGGCUGGGAUUUGAACUUAAGCAGUCUAACCUUAGAGUAAUGAUUUUAACAACUAUGCUAUAUACAUACAAAUUUACAAAAUAAAACUGGGCUCAGACAAUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-300.28 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -323.61

Frequency: 0.0000

Diversity: 354.97

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.................(((.((((..((((((((....(((((....))))).))))))))..)).)).))).............................(((((((.((((((......((((((.((.((((..................)))).)))))))).......)))))).....((((((((((((((........)))((((.....(((....)))......))))((.((((.((...(((((((.((.....))((((..............))))...(((.......)))..)))))))...)).)))).)).(((((((((((..(....)..)))))..))))))((((....))))(((((((((...(((((.......)))))........(((((((.((........)).)))))))(((((((...((((((.....)))))).)))...))))............)))))))))........(((((...((((((((((.((((.((((....)))))))).)))))))))))))))..((.((((((((((((..((..(((((((.(.....(((...((((.(((..(((.(((((((((((.(((((((..(((((................................((((((..(((............)))..)))))).(((....)))))))).)))))))......))))))))))).........(((((............................))))).((((((.((((((....(((((.((.(((((((((...((((.((..((((((....))))))..))))))...)))))....)))).)).)))))..............((((((((...(((((((.....................................)))))))..)))))))).......((((((((((...)))).))))))(((((((.((((....)))).))))))).........(((((.........)))))...)))))).)))))).........)))..))).))))...)))....).)).)))))..))..))))))..........)))))))).....)))))))))))..........((((.......))))....................)))).))).......

Thermodynamic Ensemble Prediction

..........(((....|}}.,(((({((((((({....(((((....))))).}))}|||{(,((({({(,,,,}||,.......,,..{.{{{(({{{({(((((({.,(((((((((((,{((((.(({(((,...,..,,,.,|....,,))),.,,}))))),.}}},{(((({{....,|}.}}))}...{((........))}((((....{(((....))}.}....))))((.((((.((...(((((((.{(.....},((((..............))))...{({.......)))..}))))))...)).)))).)).(((((((((((..(....)..)))))..))))))((((....))))))))))))))}.,{{,...|,,,,.,}||{{{{{...{((((((.((........)).))))))}{((((({.,.((((((.....))))))})))...}))}.{{,..........}}||((,((.{{{.,||{((...((((((((((.((((.((((....)))))))).))))))))))))))),,))}.}}.)}||||.,,}}},....))))},.,,,.,(((((.,,,.....,,)))))}||.(((.,..,,}||...,||||}|}},..}}}}}},.,}...(((((...((((({((((,.(((............))),.))))|{((((..,.{(({...........)}}}.,..)))))}|,,............(((((..{..............}..}}}})...|({{{..((((((({{.....(((((.((.{((({((({,,,((((.((..((((((....))))))..)))))).,,)))))....)}}}.)).)))))......},}}.,,,..,,,}|},,,}}}}},},,,,.,..,..,,.,...,,,..{{((({{.......}}}))))..}}}|||||,{{,,..{(((((((((...)))).)))))}{((((((.((((....)))).))))))}......,{,(,((({....,}}}})))},,.,,.||..|||||,..}}}))..)}}..,},}}}},...,.,}},))}}},)))))}...)))})))}}.||......|}}|}||{,...{||||{{....}}}}}},....,,||,,.....,,},....,,,.............))))),,}.......