Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

CDKN2B-AS1:20

Sequence Length

949 nt

GC Content

0.4531

CUCGUCGAAAGUCUUCCAUUCUUCAAACUAGAUUAUUUAAAAAUGAAAAAGGAAGAAAGGAAAGCGAGGUCAUCUCAUUGCUCUAUCCGCCAAUCAGGAGGCUGAAUGUCAGUUUUGAACUAAAAGCCGCUCCGCUCCUCUUCUAGAUUUGGAAAACAAGCGAAAUUAAACUAAACCGCUGCACGCCUCUGACGCGACAUCUGGACACGGCGCGGCGCUGGCGCUGCCGGAGCUGUCGACCCGGCCUGGCGCCGGACUAGUGUCCCUUUUGAUGAGAAGAAUAAGCCUCAUUCUGAUUCAACAGCAGAGAUCAAAGAAAAGACUUCUGUUUUCUGGCCACCAGAUAUAUGUUAUCUGUGCUUAAAGAAUUGAAAAACACACAUCAAAGGAGAAUUUUCUUGGAAAGAGAGGGUUCAAGCAUCACUGUUAGGUGUGCUGGAAUCCUUUCCCGAGUCAGUACUGCUUUCUAGAAGAAAACCGGGGAGAUCUAUUUGGAAUGUAUCUAACUCCAAAGAAACCAUCAGAGGUAACAGUAGAGACGGGGUUUCACCAUGUUGGCCAGACUGGUCUUGAACUCUCGACCUCGUGAUUCGCCCGCCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGUGUGAGACACCACACCCGGCGGAUAGAGAGAAUUUUGACAGUAUCUUACAGACAGCAAGUUGAACAUUGUGGGAUGCAUGAGCUAUUGAGGCCUUUGCAGCUUUCUGCUACAUGGAGGCUAGGGCCAGAGUCAAGAUUUAUGCUUUGCAGCACACUGGUCAGCUGUUUUUGCAAAUCAGAUUAAAUGAUUUUUAAAUGAGGCUGAGAGCAUGGGAGAUACUAAUGUGUGUUUCCUUGUGAGCUACUGCAUAAGUUAGGAAAUUGAAAUACAGAAAGAUGAAAAGUGAUUUGCCCAAGCAUAUAGAUCAAAGCUGUGGCAGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-295.7 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -312.72

Frequency: 0.0000

Diversity: 208.79

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((......((((((.((.((((..................)))).)))))))).......))))).((((((..((((((((((((((((((((((((((........(((((......))))).((.((((.((...(((((((.((.....))((((..............))))...(((.......)))..)))))))...)).)))).)).(((((((((((..(....)..)))))..))))))((((....))))(((((....)))))....))))))...))))))....(((((((.((........)).)))))))(((((((...((((((.....)))))).)))...))))................((((.((.(((..(((((...((((((((((.((((.((((....)))))))).)))))))))))))))..))).)).))))...........((((((.(.....((((((...........))))))......(((((((((...(((.(((((..(((((..(((...)))..))))).)))))..)))....))))).)))).....).))))))..(((((......))))).....((((((......)))))).))))))))))).((((((((((.(((((((((((....((...))....)))))))))))............((((((...(((((((........)))))))))))))...))))))))))..(((((((((.........(((((...((((.((((((.......)))))).))))...)))))((..((((((((((((......)))))))).))))..)).))))).))))...............)))..)))))).......((((((..(((............)))..))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((((......((((((.((.((({...,.,,...,},.....)))).},)))))).......))))).((((((..{{,(((((((((((,,{{{{(((((({,..,{{{{{{{|,.....}})))|.({(((,...(((((((((..{(.....}}((((..............)))},,.{({..,,,..}}}....,.|||{{{||.,|||{|{{((,,,,(((((..(....)..)))))}}))))))|,,|,.}})))){({(({{({|||{{{,.....,}},}})),}}},...{((((((.((........)).))))))}{((((({.,.((((((.....)))))),)))...)))}.,,.........,,}}}|||,((.{{{..(((((...((((((((((.((((.((((....)))))))).)))))))))))))))..))}.)).)}})))))))))....}}|}}.|.,,,.{(((((..,......},))))))},....{(({(((((...(((.(((((.{({(((..(({...}))..})))).)))))..)))....))))).)))),.{{{.....,))).(((((......))))).....((((((......)))))).))))))))))).((((((((((.(((((((((((....{,...})....}))))))))))............((((((...(((((((........)))))))))))))...)))))))))),{((({{{(((,...,,,.{(((((...((((.((((((.......)))))).))))...)))))),,}||,(((((((((......))))))))),}}}.,},.}}))}.}))},..............}},..)))))).......{(((((,.(((............))),.)))))}