Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
CDKN2B-AS1:28
Sequence Length
4758 nt
GC Content
0.4241
AUGCAGAUCUUUGUGAAGACCCUCACGGGCAAGACCAUCACCCUUGAGGUCGAGCCCAGUGACACCAUUGAGAAUGUCAGUGCGAAAAUUCAAGACAAGGAGGGUAUCCCCCCUGACAAGCAGCGUCUGAUAUUUGCCAGCAAACAGCUGGAGGAUGGCCGCACUCUCUCAGACUACAACGUCCAGAAACAGCACCUGGUGCUGCACCUGCGAGGUGGCAUUAUUGAGCCUUCGACUAUUUGCCACGACAUUUCAAAGGAUUCCAAGAGAGAAUAUUGGUGUCCAUGCUGUGAUGAUUCCUCAGCUCCUCUCAUCUGAUCUCCGUCCUGGCCCCCAUGACUUUCUUUGUGGUAGUUAGGGUGUGGUAUGUGCCACUGAGGCCCACACCUAUUGCUGAGAUGCAUGACAGAUAACACUUCUCAAGAAGAAGGAAUUUAGCUUCUGUCAUUUGAUCUAGGUUUUCAAUUACAGAAGCAUUGAGAAUUUCCUGUGGCUGGAUAAGGGCGAAUCUUUAAGGCAAGUUGAAGACCCAGGCUGCCCAUGUGGACAUCAAUACUCCCACAGAGCACUCUUCAUGAAGAAAAGUGUGGGCUUGCUGUCUUUUCAUCAAAACUCGUAGAAUUUGGCUGACUGCCUGGUUUAUCCCAGGACAUUAGUCAGCCCACAAAUCCCGCAUUUGUUUAUUCAGUCCAGAGCAAGUGAAUACUGCCAUUUUCUCAUCUCCUUUGUUGGCAACACUUUGUUAACCUGAAUUGGGUUCUCAACAUAAAAUGAAGUGACUAAUCUUUUGGGGGGUUCCCCCUCCCAGGUUCUUGUAUGAGCAACCAGUAGAGACGGGGUUUCACCAUGUUGGCCAGACUGGUCUUGAACUCUCGACCUCGUGAUUCGCCCGCCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGUGUGAGACACCACACCCGGCGGAUAGAGAGAAUUUUGACAGGUGAGGAGGUAUUCCAAUGCAAAAGAAUAAUAGGAGCAAAAGCACAGUGGUGAGAAAUUGGAGGGGAACUGUGAAAAUUGCCACAUAGAUUAGAGGCAGGAAAAUAAAGGACGGCUAAGUUUAUAUAGUGAACAGUGAGCCGCAUGGACACAGGUGACUGUUUUCUCCUUUUUGAACCCCUGCUUACUCCAGAGUCACCACCUCUCCUGGCUUUCUGCCAAUCUUCUUGGCCACAGUUUCUCGGUCUUCUUUUCUGGCUUCUCUUCCUUGGCCUGAAUGCUACAUGUUAAGUGAUGUCAGCUUCAGUUUUCUUAACCUCUCUUCUCUUAAGUUGCUAUCAUUUAAAUAUCUUUAAAUAUCAUCUACAUCCAAGUGACCUCUAAACCAGUAAUUUUACCCAUGACCCAUCUCCUCAACUAGUCUGUUUCCCUACCCAGGUGGAGAACUUCAGUAGAGGAAGUGGCAGGAAUUUGGGAAUGAGGAGCACAGUGAUUAAACUGGGGCCAUUCAUAUGAGAGUUUAAGAACUCAGACCAGUGACUUAGAUUGGCUUCUCUCACAUGGCAAGAAACAUUGCUGCUAGCACUUCCCGAGUUCUACGUUCUACAACAUCCACCACUGGAUCUUAACAUAGACGUAAGAUCAAAUGCAAUAGCAUGUCAAACAAUGUGUAACUCCAGUUAUACAAACAUUACUGUAUCUCAUUGGGGAUACGAAGCUCUACACACUUGAAGAUGGUGAAGGAAUAUAAAAAUCUAUGUCUCACAGUCCAGACUUGGAGUACAAGUAAUAAGAAGAAUAAAACUUAAUCCCUUAAGUAGAUUCACCAUAAGUUAGCUCAGAGCAAUUCCAGUGCAAGUAUGGUCUGUGAUCCAGUAGGUGAGGCCCAAGUGCAAUAAUAUAUAGUACACUGUGUCUGGCAUCUAGUAAGCAUUCAUUAAGAUGACAUGAAGAUAACACAGAUAUAUCUUAACAUGUAAUUAUGAUUUUGCUUAUUCAAGGCCAAGCAUUCCAAUUUAAUGGAGUUAGGCAAACACAGUAAAUUCAUUGCUCUUUCCUUUUUAUGCUACUUCCUUUGAAGAGGCAGUCAAGUUCCAUUUGACUGAUUCGGAACUUUUUAGCAAUGUAUAUUAUGCUGACUUCACUCUUAUGCGCUCUUGGGGCUAUAAUUCAUCAAGUUAGGCGAGCAAAGAAGUGUGUUGGUGAAAGAGAAAUGAGGAAGAACAAGGAAGAAAAAAAGGGUCAUGAGCUUAUUCACUGCCAAUAUUUAUUAUAUGGAACAAUGACCAUCCUUCAGAAGUGUUUGUUCUCUAUUAUACUGUAGGUGUGGAAGAAUUAUCAUUGCUCAAUAGCUGUCUCAGUCACUACCUGAUAGACUUGGGAGGUCUGGCUAUUUCAGGGCGCAUUUGACAUACAGUGACAUUUUUGGAUUAAAGCUUUCAUGAUGAGUGCCAGUCUGGGUCCAAAAGGGUUGAAAGCUGAGUAUCUUACAGACAGCAAGUUGAACAUUGUGGGAUGCAUGAGCUAUUGAGGCCUUUGCAGCUUUCUGCUACAUGGAGGCUAGGGCCAGAGUCAAGAUUUAUGCUUUGCAGCACACUGGUCAGCUGUUUUUGCAAAUCAGAUUAAAUGAUUUUUAAAUGAGGCUGAGAGCAUGGGAGAUACUAAUGUGUGUUUCCUUGUGAGCUACUGCAUAAGUUAGGAAAUUGAAAUACAGAAAGAUGAAAAGUGAUUUGCCCAAGCAUAUAGAUCAAAGCUGUGGCAGAACCAGGACUGGAACCUAUAUCUCUCUACUAAUGGUUUUUUUAAAAAAAUAACCUUGUUUCAAAAAUAUUAAAAAGUCACAAGAAAGGUAAACAUGUGGAUAAACAAAAUGAAGAAAAUAAAAAUUAUCCAGUAAUAACAUAUUGGCAUAUGUCUUUCUGGUAUAUUUUCCUGUGUUGUCAUCAUUAUCAUCUCCAUCAUCAUUAUAUCCAUCAUUAUCAUCAUCAUCAUCAUCAUCAUCAUAUACUACUGAUUUUUGUAUAUUGAUAUCGUAUUCUGCAACUUUACAGAAUUUGUUAUUAGCUCUGAGUUUUUUGGUAGAGUCAUUAGAUUUUUCUGUAUAUAAAAUCAUGUCAUCUGCAAACAGGAACAAUUUGACUUCCUCCUUUCCAAUUUGGAUGUCCUUUAUUUCUUUGUCUUGCCUAGUUGCUUGGGCUAGGACUUCCAUUACUGUGUUGAAUAAGAAUGUUAAGAGUGGGCAUCCUUGUCUUGUUUCAGUUCUUAGAGGAAAUGCUAGUGUAGCUGAGGAGAGAAAUGAAAACAGAAUAAAAACUUCAGUAGAAGUUGGGGAGAAAUGUGUUUGCACCAAAAGAGGUGAGGGAUGGAACUGAGGGAGGUCUCGAGGGGUAAGAGAGGCCAAAGAGCUGGCAGGUGCUGCUAUUAGGAUGGCCAAUGAUCCAGAAGUAAUGAUGAAUGAGAAGAUGGAUUAAAAAAACCCUGACAUUGUUUAACUAGAAGAAGAAGACAGUCAGAGAGAAGUGAGGGCUUACUUUUCAUGUUUAAAGUCUGUUAUGUGGUAAAGGGAUUAGAUUUAUCUGUGUUGUUCCAGGGGACAGAAAUAGGACAAAUGGAUGCAAAUAGAGUGAGGAAGAUUUAAAACAAAUGGAGAAGACAUUCUAAAAUCAACUACAAUGAGCGUAAACAAUGACAACGGAAAGGACUAUUUUUGCAAUUAUGUAGCUCUUGUUCUCUAUAGAUAGAUGUGUAAGCAGACGCUGAAUAACCAUUUACUGAAAAUAUAAAUAAAAACAAAGCAAAUUGCAGGCAAUAAAUAUUGUAUUAGUUCUCAUUUUGUAAAACUUAUACAGGUAUCAUAUGCAUAGACAAGAGCUGGACCCCGCAGCUGAAGCGGAAAUGUGAGACAGGCUGGCACCUCCGGAAAAACUGCCUUUCAGCCUUGGUGUUCCGUGCAAGGUGAAAAAAAAUAGGUCCUCCAAGUUUACAGCUUGAAAUCAGGCUACUGUGUGGCCCUGGAGACCACGAGGGGAGAAUUUAAAGUGGCCCCGGCUGGCAGGGUCUAGGUGGCUGGCAGAGGCACAUGCAGACCCUACCUGGAGCCCGCCCUAGGGACGCUGGGCAGGUCAGUCUCCGUGCAGGAUGUGAGCAGCGUCCCUGGGCUCUAUCCGCGAGGUGCCAGUAGCGUGUGCAGGUACAUACACAUGCGUGCACACUGUUAUGACACCCAGAAAUGUCUCAGGACGUCGAAAUGUGUCCUUGGGAGCAGAAGUGUCCCCGGUUGAGAAUCUGUCCCAGAGGAACACGACCACGACAGGCCUCAGGAUUUUGUGUUGAUCAAGUUCCAAGGAAAAGGAACAUCUCGGCCAGGCGUGGUGGCUCACGCCUGGAAUCCCAGCACUUGAGGCCAGGAGUUCGAGACCAGCCUGGGCAACGCAGUGAGAGACCCCCAUCUCUACAAAAAAAAAAAAUUUGAAAUUGCUAAGUAGCUGGCCCCACGGGUUAUUCACUCACAGUGCUCUUCAGGUGACUGGUCAGUGUUGGUGAGGAUAAUGUUUCCAUUGCUCCUUCAGUCUCUUUGGCCUGCUUUCCUGAAGGAGAGUAAUACAAAUCCUAAUUAAAAUGAAAAUGAGAAGUUACUAAAAUGCCCUUUCCUUUACAGAACUCUAUUUCAUUUACAGAGGUCGGAUGUUCGUGUUUAACUACCAAAUCCCUCUAUCUCACUUAGAGCUCAGGAGUCAAAUAAUCUAGACAAAUAAGUCAAUGUAGUUCCUAAAAGUGCCGAAGUACUUUUCUGCC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1428 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1519.03
Frequency: 0.0000
Diversity: 996.81
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((.....((((......))))((((..((((.(((....)))))))..))))((((...(((((..((((((((((((......(((......((.(((....))))))))......))).))))))))).(((((.....)))))..)))))...))))......(((((((((.(((((...((((((...))))))...))).)).))(((........)))...(((((((((.((((.(((......((((.((((.........)))).))))))).)))).((((((((.(((((....(((((((((((.((.(((((..((((((......))))))..)))))(((((((.....(((.....))))))))))...(((......)))............(((((.....))))).......((((((((.(.((((.........)))).)))))))))..(((((.....((((((..(((.((((((..........((((..(((......)))..))))...((((............))))((((((((.....((((.....(((.(((((.((((.(((..(((((((.............((((((((((((((......)))))....)))))))))...........(((((((((..........))))))))).....(((((..................))))).((((((((((((((.....)))))..........)))))))))..........(((((((.....)))))))(((((((....))).)))).(((((((.((((((((((..(((((.((((.(((((((((((((((.......(((.......)))...((((((...((((((((((((..((((((((((.((((((.((.(((((((.((((((...(((...(((.(((((((((((..........)))))..(((((....((....(((((((....((((((......((((........))))........(((((((.....(((((((((((..((((((...))))))....)))))...(((.((((....)))).))))))))).......))))))).))))))..))))))))))))))(((.....)))...)))))).))).))))))))).)))).....((((((((((((((..((((......))))...(((((((((((((((.....(((((.((((((..(((((((....((((((.(((((((((....))))))).((.(((((.(((..(.(((((((....((((...(((((((..(((.(((((((((((((.(((..(((((((((..((((.....))))..)))).))))).))).((((((((((((.(((((((.((((......(((((...(((....))).(((((....)))))...))))).......)))))))))))......(((((......)))))........))))))))))))....(((((......((((((((((((.....((((((((..(((...((((....)))))))..))..((((((((....))))))))........((((((((....))))))))..(((((.(..((((....((((((((((((((((......))))).......)))..(((((.....)))))...............((((((....))))))...))))))))))))..)...)))))..................)))))))))))))).))))........((((.(((...))).))))(((((((.((((....((((((((...((((.(((.(((((((((((.........))))))..))))).))).))))..))))))))....)))).((((((((......))))))...))..)))))))...((((((..(((((((((.((((((((((((((((((.((..(((((((((...)))))))))..)).(((((....(((((.(.(((..(((((.((((((.((((((((((...(((((..........((((((((((((((((((((((((((.((((((..(((((((((.((..(((((((((((.....((((.((((...........((((((((((((((((.((((............(((((....((((((((((((.(((((((...))))))).)))..........((((((((((......(((((..((((((((((((...)))))))......)))))..)....))))...(((((((.((((((((((...(((..(((.....)))..)))...)))))))))).)))....)))).(((((((((((....((...))....)))))))))))...))))))))))((((((..(((((((........)))))))...((((.(((...(((((((((((.((((..((((..((((((...((((.((((((.......)))))).))))...))))))..(((.(((((((((......))))))))))))..((....))..................................))))..))))..)))))))..))))...))).))))(((((((..(.((((...........)))).)..)))))))..............(((((..(..............)..)))))))))))........)))))))))...))))).............))))))))))).))))))))))))).))..))......))))))).)))).)).)))))....))))..)))))).)))))................................((((((...........))))))(((((.((.((((((........)))))).)).))))).......((((((..((((((.(((..((((((.........))))))))).).)))))....)))))).....(((.(((.............))).)))......))))))).))))))))...))))))........))))).....))))...)))))).))....)))).)))))...)))))))))..))))))))))))))..).))))))))..)))))))))))))))..................))))))))))))))))..)).)))..((((......)))).))).))))))))..))))))).)..))))).)))))(((((......((((((...))))))......))))).........)))))))).......))))))).)).)))).))))).))))))))))))))).....)))).))).)))))))(((((((((....))))))))).........(((((((..(((((....((((.......))))(((((.(((...((((((((.....(((......((((...((..((.((...(((((......((((.......))))...)))))..))))..)).))))............(((...((((.((((((((.....(.(((((((((((...((((((((..(((((((((((....((......))....)))....................(((((.((..(((((((.......)))).)))..)).)))))....))))))))..)))).))))....))))))))))).)..((((.......))))......((((((.(((((((((((((((......((((((((.(((((..........)))))))))).......((((.((((.(.((((((((((....))))).....))))).).))))))))....((((..............))))))).((.(((((((..((((((......))).)))..))))))).))((((((((.....((((((((((..((.(((.((......))..))).))..)))))))))))))))))))))).)))))))))))((((((((((.(((........))).))))))).)))..............))))))((((((........)))))).....)))))))))))))))))).....)))))))).))).))))).)))))))))))).((((.((...)).))))....(((((........)))))......))).)).)))))).))))))))))..)))))))))))))))))).))))))))))))))).)))).)))))..))))))...)))).)))))))............)))))...))..))))))).))))))))......)))).....))))))))...(((((((((((((.(..(.(((((((((((....))))).))).))).)..).))))))((((((((....))))))))..............................))))))).....))))))))).)))))).......)))))...)).)))))))))))...(((........................)))...))))).))))))))...........))))).))))..)))))))....(((((((....)))))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((((((((((((((((...((((((((..((((.(((....)))))))..)))).)))}..((.((((({{((((((((((.....{{......(((.(((...,)))))){,{.....,.}})}|,{{{{{.(((((.....))))).})))}..}})))},,{,,.(((......}}|(((...((((((...))))))...))).))}((((((...((((....)))).,,..)))))))))))))))).)).,,{,..,.{,{..{((((((((((((.((((.(((..({{(((((....,......||.......{(((((..((((((......))))))..)))))|((((((.....(((.....)))))))))}....)))))))..))).))))......((((,...}})),||{{{{{{.((((((((.{.((((.........)))).,))))))))..,}}},..}}}}|{,(({.{{....(((....(((((((......)))))))}})...)))))},,))))))))))))}}}}.,...}}}...))))))))))))...(((.(((((.((((.(((..(((((({.,,,,,,,,,...((((((((((((((......)))))....))))))))).,,,,,,....{{||||{{(..........}))}})))).....(((((..................))))).((((((((((((((.....)))))..........})))))))).........,(((((((....,)))))))|{{{{||...,))).,,,,.(((((((.((((((((((..(((((.((((.(((((((((((((((.,.....({{....,..,}}...((((((...((((((((((((..((((((((((.((((((.((.(((.((..(({(,,...((((..(((((.,{....(((({,(((...((.(((((((((((({.,((((.(.(((.(((((..((((((((((((((......((((...((((,,,(((((((.....(((((((((((..((((((...))))))....)))))...(((.((((....)))).))))))))}.......))))))}.,,..{(((.......}}))..{(((.....))))))))...)))))))))))))))..})),..))))).))).}(((((((((..(((((.(((((((........)))).))))))))..(((((..((((..(((((({{((((,(,...(((((({....})))))).,,,..,.,......))),,,,{,......|||....,,,....{,....,,,,,...,,..,.,.|,{{{,({{{...,)})),)),{,{|,.((((((((((((((.{((...(((({..,((((((((((......))))(((((...{...,{(({({...(({{(({.{.{{((({,...{{|,,,,..,)),))),.}|((({......})))|,.{||,|{{,...))))}))}.|||,.........((((((((((({....,(((((({{..(({...((((....))))}}}..,,..((((((((....))))))))........{(((((((....)))))))}..(((((.,..((({,...{(((((({{{,{{{{{......))))),|,....,|,,.{((((.,...}}})}...............((((({....))))))...))))))))}}}}..}...))))).............,,,}})))))))))))))).)))).)))))..((((.{({...})).))))(((((((.((((....((((((((.{{(({{.(({.(((((((((((.........))))))..))))).}))}))),..))))))))....)))).((((((((......))))))...))..)))))))........))))))))))).})}.)))))))))))))).}))))(((((((((...)))))))))....).}}}},.((((({,{,.....,,))))))..(((((...((((((((((,..(((.(((({.....))))))))...}.))),})))))).))))))))))))..)))))))))))))))))}.......(((((({{,.....,,....((,{((,.....))})))....})))))...........)))))))))).))))))).))....))))))))...},.)))))..))))...,).)))|{(((......,|,..}}||...((((((((.,......((((((((((((((...{.{.(((((((((((......,,,.,,,,{{{{,{{.(((((((,({({{.{((((.((.((((((.((((((((((((....{,...})....})))))))))).).)))).)).)).)))))..(((((((........))))))).,.((((.(((...(((((((((((.((((..((((..((((((...((((.((((((.......)))))).))))...)))))|,.,((,(((((((((......))))))))),))}.,|}.{,|}...}}}|,,....,},.....||,.....}}...))))..})))..)))))}}.,))))...))).)))).},})),})))))).,}...,,,,...,.......((({,(((,...,}}}.}}}}{(((((({.............,{{{({,{,,,{,....{,||||,.....|,..,{...,,.,,,,.,,,,,,,((((.({..(((((|....)))))),,)))))).,,}}}}|(({.{((((((((..,,.,,,(((((,({{{,,({,{((((((,.,,..,,,{,{({((.((.({{(((((((.((((.((((((.(((.....{((((.((.((((((........)))))).)).))))|((((((((((((((((,.((((((...(((((((((((...........,,,.........))))))).)})})))))){((((((.((..((.((((.(((((((.(((,..((((((((((,....}))))).})))).{(((((.((..,{{.......}}},...}})))))}{{{{{{{.{{((.{(((({(((((((........))}}.}.)))))))).))))..,,,{,{{{.......((((((....))))))....,....,.),))).{{{{.....,)))))))))))))).))))))).)))},))..)).})).))))))))))))))..)))).))}(((({....)))))))).))),})).))))))))))}}))))).))))}............(((((..(((((..({......}).)))))))))).(((((((((....))))))))).(((((....((((((.{.(((...{,({({,{{,...,)))}}.}}.,,))).}.))))))....))))).}}}))))...,}.,}})))))}.}}}.,.......,||}|||.....}}}}....,,...,....,},..}},....))))))))),,.}))},},}}}}}|,.,,..|,{(((((((((({{.((((((((..(((((((((((....{{,......},|,,}}}....................(({{{.{{,,,(((((....}}}}),,}.}}},,}}.)))))....))))))))..)))).))))...}))))))))))).}..((((.......)))).....)))))))}(((((((((((((((......((((((({,(((((..........)))))))))).......((({,((((.(,((((((((((....)))))}...,})})),,.))))))))....((((....,......}..))))}}}.((.(((((((..((((((......))).)))..))))))).)){{{|{||{{,,,.((((((((((..((.(((.({......))..))).))..))))))))))))))}}}})))).))))))))))),{{(((((((.(((........))).))))))).))}...,...))))))))))).}.}...)))}))))))))))).(((.(((....))),)))(((((....{(((,,.}}}},,..,.)))))..,.))))))))..{{{{.......))))..(((((........)))))...)).))).)).)))))).))))))))))..)))))))))))))))))).))))))))))))))).)))).)))))..))))}},}}))),.)))))))............}))))...))..))))))).))))))))((((((((.((((.,.{.(((((..{(((((..((((((.(..(.(((((((((((....))))).)))}})).)..).))))))((((((((....))))))))................{(((((((..,((,{(((.{{.,,...........,}},.}})))))}.))))))))..{{{(|..{(((....(({....,,,})...))))}})}...)))))}))))).,.}))))..)))))))).(((......)))............,(((((((....)))))))))))).
Back