Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
CDKN2B-AS1:44
Sequence Length
1254 nt
GC Content
0.4609
AUCCGUCACCUGACACGGCCCUACCAGGAACAGCCGCGCUCCCGCGGAUUCUGGUGCUGCUCGCGUCCCCGCUCCCCUAUUCCCCUUAUUUUAUUCCUGGCUCCCCUCGUCGAAAGUCUUCCAUUCUUCAAACUAGAUUAUUUAAAAAUGAAAAAGGAAGAAAGGAAAGCGAGGUCAUCUCAUUGCUCUAUCCGCCAAUCAGGAGGCUGAAUGUCAGUUUUGAACUAAAAGCCGCUCCGCUCCUCUUCUAGAUUUGGAAAACAAGCGAAAUUAAACUAAACCGCUGCACGCCUCUGACGCGACAUCUGGACACGGCGCGGCGCUGGCGCUGCCGGAGCUGUCGACCCGGCCUGGCGCCGGACUAGUGUCCCUUUUGAUGAGAAGAAUAAGCCUCAUUCUGAUUCAACAGCAGAGAUCAAAGAAAAGACUUCUGUUUUCUGGCCACCAGAUAUAUGUUAUCUGUGCUUAAAGAAUUGAAAAACACACAUCAAAGGAGAAUUUUCUUGGAAAGAGAGGGUUCAAGCAUCACUGUUAGGUGUGCUGGAAUCCUUUCCCGAGUCAGUACUGCUUUCUAGAAGAAAACCGGGGAGAUCUAUUUGGAAUGUAUCUAACUCCAAAGAAACCAUCAGAGGUAACAGUAGAGACGGGGUUUCACCAUGUUGGCCAGACUGGUCUUGAACUCUCGACCUCGUGAUUCGCCCGCCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGUGUGAGACACCACACCCGGCGGAUAGAGAGAAUUUUGACAGAUAUGACACAUUCAUAAUUUAAACAGAAGCCUACGAAGAACUCAUAAAUUAAAAGAAGAUAAUCUUUUCACAAGGUGAUGGAGGCUUUUUAUUUUGCCACAAAACCACUGGUGACGUUGCCUGUGGCCACCUUGGAGAAGACACUGGAGACAGGGUCUCACUCUGUCACCCAGGCUGGAGUGUAUUGGCAUGAUUACAGCUCACUGCAACCUUGAACUCCCAGGCUCAAACCUGAGCAGCUGGGACUACAGAUGCACCACCAUGCAUGGAUGAUUACGGAGCUAGGAAUUUCCUACGAAGCUGGGUGAUAAAAGGACAUUGGACAAAAACACAGAUAGCUUCAUUCUAUACCAGGAUCCAUCACUGAUUAGCUGUAUUAUAUUUGUCUCUACUGUAAUUUGAGGAGAAUGAUACCUGCUUCUCUAUCUUGUUGGGUUUUACAGAUGAUGUAUUGAAAGUUCAAUAAAAUCUAUAAACAAU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-380.8 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -404.28
Frequency: 0.0000
Diversity: 272.31
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((.(((....(((((.(((((((....(((((....))))).)))))))((.....))((((....(((..((((((((((.....((((((((((((((((((......((((((.((.((((..................)))).)))))))).......))))))((((((.....(((((((((((((((((((((((........(((((......))))).((.((((.((...(((((((.((.....))((((..............))))...(((.......)))..)))))))...)).)))).)).(((((((((((..(....)..)))))..))))))((((....))))(((((....)))))....))))))...))))))....(((((((.((........)).)))))))(((((((...((((((.....)))))).)))...))))................((((.((.(((..(((((...((((((((((.((((.((((....)))))))).)))))))))))))))..))).)).))))...........((((((.(.....((((((...........))))))......(((((((((...(((.(((((..(((((..(((...)))..))))).)))))..)))....))))).)))).....).))))))..(((((......))))).....((((((......)))))).)))))))))))((..(((((..((((((((.....)))).))))...)))))..))..............................(((((((.(((((((.((..(((..........))).))...((((.(((......))).)))).))))))))))))))..((((.((((((((...))))))))..))))..((.((((..(((.........)))..)))).))...(((...(((((((((((....)))))..))))))...)))(((((......)))))))))))....))))))))))))........)))..))).))))...)))....))))...((((.((((((.............(((((....)).)))...(((.(((((((.....(((((.(........).))))))))))))..)))...)))))))))))))))...))).)))))((((((....))))))...............
Thermodynamic Ensemble Prediction
...{(({(,((({,,,(((((,{{{((({....||(((....)))||{|||||||{{.,...},((((....(((..{{{({(((...,,,.((((((((((((((((((......((((((.((.((((...,,{,...,}}.....)))).},)))))).......))))))((((({.....(((((((((((,,{{{{(((((({,..,{{{{{{{|,.....}})))|.({(((,...(((((((((..{(.....}}((((..............)))},,.{({..,,,..}}}....,.|||{{{||.,|||{|{{((,,,,(((((..(....)..)))))}}))))))|,,|,.}})))){({(({{({|||{{{,.....,}},}})),}}},...{((((((.((........)).))))))}{((((({.,.((((((.....)))))),)))...)))}.,,.........,,}}}|||,((.{{{..(((((...((((((((((.((((.((((....)))))))).)))))))))))))))..))}.)).)}})))))))))....}}|}}.|.,,,.{(((((..,......},))))))},....{(({(((((...(((.(((((.{({(((..(({...}))..})))).)))))..)))....))))).)))),.{{{.....,))).(((((......))))).....((((((......)))))).))))))))))){(..(((((..{(((((((.....))))},))}...)))))..))..,......,,...................(((((((.(((((((.,{..(((..........))).},...((((.(((,....,))).)))).))))))))))))))..{(((.((((((((...))))))))..)))|(.((.((((..,{(,,.,,....)))}})))).)}.,,|{{...(((((((((((....)))))..))))))...}},(((((......)))))))))))....)))))))))))).......}))...))).))},...)))....))))........,{({{{.......,,..}}}})))}}}......|{..(((.(((((((.,,,.((((,.,........)}))))))))))))..)))..})..}}}))))))))|,,,}||,|}}},((((((....))))))..,,,,.........
Back