Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
CDKN2B-AS1:45
Sequence Length
1331 nt
GC Content
0.4403
AUCCGUCACCUGACACGGCCCUACCAGGAACAGCCGCGCUCCCGCGGAUUCUGGUGCUGCUCGCGUCCCCGCUCCCCUAUUCCCCUUAUUUUAUUCCUGGCUCCCCUCGUCGAAAGUCUUCCAUUCUUCAAACUAGAUUAUUUAAAAAUGAAAAAGGAAGAAAGGAAAGCGAGGUCAUCUCAUUGCUCUAUCCGCCAAUCAGGAGGCUGAAUGUCAGUUUUGAACUAAAAGCCGCUCCGCUCCUCUUCUAGAUUUGGAAAACAAGCGAAAUUAAACUAAACCGCUGCACGCCUCUGACGCGACAUCUGGACACGGCGCGGCGCUGGCGCUGCCGGAGCUGUCGACCCGGCCUGGCGCCGGACUAGUGUCCCUUUUGAUGAGAAGAAUAAGCCUCAUUCUGAUUCAACAGCAGAGAUCAAAGAAAAGACUUCUGUUUUCUGGCCACCAGAUAUAUGUUAUCUGUGCUUAAAGAAUUGAAAAACACACAUCAAAGGAGAAUUUUCUUGGAAAGAGAGGGUUCAAGCAUCACUGUUAGGUGUGCUGGAAUCCUUUCCCGAGUCAGUACUGCUUUCUAGAAGAAAACCGGGGAGAUCUAUUUGGAAUGUAUCUAACUCCAAAGAAACCAUCAGAGGUAACAGGUGGAGAACUUCAGUAGAGGAAGUGGCAGGAAUUUGGGAAUGAGGAGCACAGUGAUUAAACUGGGGCCAUUCAUAUGAGAGUUUAAGAACUCAGACCAGUGACUUAGAUUGGCUUCUCUCACAUGGCAAGAAACAUUGCUGCUAGCACUUCCCGAGUUCUACGUUCUACAACAUCCACCACUGGAUCUUAACAUAGACGUAAGAUCAAAUGCAAUAGCAUGUCAAACAAUGUGUAACUCCAGUUAUACAAACAUUACUGUAUCUCAUUGGGGAUACGAAGCUCUACACACUUGAAGAUGGUGAAGGAAUAUAAAAAUCUAUGUCUCACAGUCCAGACUUGGAGUACAAGUAAUAAGAAGAAUAAAACUUAAUCCCUUAAGUAGAUUCACCAUAAGUUAGCUCAGAGCAAUUCCAGUGCAAGUAUGGUCUGUGAUCCAGUAGUAUCUUACAGACAGCAAGUUGAACAUUGUGGGAUGCAUGAGCUAUUGAGGCCUUUGCAGCUUUCUGCUACAUGGAGGCUAGGGCCAGAGUCAAGAUUUAUGCUUUGCAGCACACUGGUCAGCUGUUUUUGCAAAUCAGAUUAAAUGAUUUUUAAAUGAGGCUGAGAGCAUGGGAGAUACUAAUGUGUGUUUCCUUGUGAGCUACUGCAUAAGUUAGGAAAUUGAAAUACAGAAAGAUGAAAAGUGAUUUGCC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-387.6 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -412.67
Frequency: 0.0000
Diversity: 404.97
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...........(((.((((..((((((((....(((((....))))).))))))))..)).)).)))..((((....((((...((((((((((((((((((...(((((((((((..((((.((((((.......(((.......))).......)))))).))))(((((.(......).)))))...(((........)))((((.....(((....)))......))))((.((((.((...(((((((.((.....))((((..............))))...(((.......)))..)))))))...)).)))).)).(((((((((((..(....)..)))))..))))))((((....))))))))))))))).......(((((((((.((((((...(((((((.((........)).)))))))(((((((...((((((.....)))))).)))...))))................((((.((.(((..(((((...((((((((((.((((.((((....)))))))).)))))))))))))))..))).)).)))).((((......(((((........)))))......)))).(((((.....(((......)))......)))))..(((((((((((..(((((..((((((((((((.(((((((.((((......(((((...(((....))).(((((....)))))...))))).......)))))))))))......(((((......)))))........))))))))))))..(((....))).....))))).(((((((.(......))))))))..((((....)))).........((((((((....))))))))........((((((((....))))))))...)))))).....)))))((((((((((((((((......))))).......)))..(((((.....)))))...............((((((....))))))...))))))))....(((((((..(((.(((((((((((.(...((((((((............))))))))....).)))..))))).))).))).)))))))....((((((...(((((((........))))))))))))).)))))).......(((...(((((..........)))))....)))(((((.......)))))....)))))))))....(((.(((((((((......))))))))))))..((....))...)))))))))..))))))).))...))))...)))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
....{(({(.{(((.{((({{((((((((....(((((....))))).)))))))|..||{||.|||{{{{((((.{,{(({,{...,,,,,((((((({({{.{((((((((((({,((((.(({(((....,..,{{,,,....,}))),..,})))))}.}}},((((({{....,,}.}})))...(((.,,.....))}((((....,(({....))}.,....))))((.((((.((..,(((((({.{(.....},((((..............))))...{({.......}}}..}})})))...)).)))),)}.((((({(((((..(....)..)))))..))))))((((....))))}}}}}}}}})}.,|{...,{{||{|||||{{{{{...{((((((.((........)).))))))}{((((({.,,((((((.....))))))}))}...}}},.{{,..........}}||{(,((.{{{.,{{{((...((((((((((.((((.((((....)))))))).))))))))))))))),,))}.}}.)}||||,,,})),...,))))}}.,,,.{(((((..,......,,))))}},..{((......)))....||||||}.,{{|{.|,.|||},,|||.},|||||{{|||||}|{|||||.((((......{{{|(,|,{{{....,||,(((((....}))))...|||||......,)}}}}}}}))},,...|{(({{......}}|||,,.,,,..}})))}))))}||{{|||||,.,.,||||,,..}}|||{{{,.{...,,,)))}))}}..((((....)))),,.......((((((((....))))))))........|||{{{{{...,)))))})),,}}|{|.,..,{{|}..,{(((((({{{,{(({{......}))}}||,....||,..{{{{{,....)))))...............((((({....})))))...)))))))}.,,,(((((((..(({.((((((({(((.{...((((((((............))))))))....}.)))..)}},,}))))))).)))))))....((((((,{.(((,,,|.}},.,,.))))))))))))).},)))}.{{{{{{(((...{{|{{,{{||,,|{((((...((((.((((((.......)))))).))))...))))}}..,{{.(((((((((......))))))))),))).}),...))}}})))),}}},..|},.,,.,,....,.},....})))).....
Back