Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
CDKN2B-AS1:6
Sequence Length
1260 nt
GC Content
0.4611
AGCUACAUCCGUCACCUGACACGGCCCUACCAGGAACAGCCGCGCUCCCGCGGAUUCUGGUGCUGCUCGCGUCCCCGCUCCCCUAUUCCCCUUAUUUUAUUCCUGGCUCCCCUCGUCGAAAGUCUUCCAUUCUUCAAACUAGAUUAUUUAAAAAUGAAAAAGGAAGAAAGGAAAGCGAGGUCAUCUCAUUGCUCUAUCCGCCAAUCAGGAGGCUGAAUGUCAGUUUUGAACUAAAAGCCGCUCCGCUCCUCUUCUAGAUUUGGAAAACAAGCGAAAUUAAACUAAACCGCUGCACGCCUCUGACGCGACAUCUGGACACGGCGCGGCGCUGGCGCUGCCGGAGCUGUCGACCCGGCCUGGCGCCGGACUAGUGUCCCUUUUGAUGAGAAGAAUAAGCCUCAUUCUGAUUCAACAGCAGAGAUCAAAGAAAAGACUUCUGUUUUCUGGCCACCAGAUAUAUGUUAUCUGUGCUUAAAGAAUUGAAAAACACACAUCAAAGGAGAAUUUUCUUGGAAAGAGAGGGUUCAAGCAUCACUGUUAGGUGUGCUGGAAUCCUUUCCCGAGUCAGUACUGCUUUCUAGAAGAAAACCGGGGAGAUCUAUUUGGAAUGUAUCUAACUCCAAAGAAACCAUCAGAGGUAACAGUAGAGACGGGGUUUCACCAUGUUGGCCAGACUGGUCUUGAACUCUCGACCUCGUGAUUCGCCCGCCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGUGUGAGACACCACACCCGGCGGAUAGAGAGAAUUUUGACAGAUAUGACACAUUCAUAAUUUAAACAGAAGCCUACGAAGAACUCAUAAAUUAAAAGAAGAUAAUCUUUUCACAAGGUGAUGGAGGCUUUUUAUUUUGCCACAAAACCACUGGUGACGUUGCCUGUGGCCACCUUGGAGAAGACACUGGAGACAGGGUCUCACUCUGUCACCCAGGCUGGAGUGUAUUGGCAUGAUUACAGCUCACUGCAACCUUGAACUCCCAGGCUCAAACCUGAGCAGCUGGGACUACAGAUGCACCACCAUGCAUGGAUGAUUACGGAGCUAGGAAUUUCCUACGAAGCUGGGUGAUAAAAGGACAUUGGACAAAAACACAGAUAGCUUCAUUCUAUACCAGGAUCCAUCACUGAUUAGCUGUAUUAUAUUUGUCUCUACUGUAAUUUGAGGAGAAUGAUACCUGCUUCUCUAUCUUGUUGGGUUUUACAGAUGAUGUAUUGAAAGUUCAAUAAAAUCUAUAAACAAU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-381 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -404.86
Frequency: 0.0000
Diversity: 277.79
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((((.((.(((((((((((((((...)))....)))).((....))((((((((((((((.((..((((....(((..((((((((((.....((((((((((((((((((......((((((.((.((((..................)))).)))))))).......))))))((((((.....(((((((((((((((((((((((........(((((......))))).((.((((.((...(((((((.((.....))((((..............))))...(((.......)))..)))))))...)).)))).)).(((((((((((..(....)..)))))..))))))((((....))))(((((....)))))....))))))...))))))....(((((((.((........)).)))))))(((((((...((((((.....)))))).)))...))))................((((.((.(((..(((((...((((((((((.((((.((((....)))))))).)))))))))))))))..))).)).))))...........((((((.(.....((((((...........))))))......(((((((((...(((.(((((..(((((..(((...)))..))))).)))))..)))....))))).)))).....).))))))..(((((......))))).....((((((......)))))).)))))))))))((..(((((..((((((((.....)))).))))...)))))..))..............................(((((((.(((((((.((..(((..........))).))...((((.(((......))).)))).))))))))))))))..((((.((((((((...))))))))..))))..((.((((..(((.........)))..)))).))...(((...(((((((((((....)))))..))))))...)))(((((......)))))))))))....))))))))))))........)))..))).))))...)))....)))).........))))))..........))))))))))......((..(((.(((((((.....(((((.(........).))))))))))))..)))..)).....))))))))...)).))))...((((((....))))))...............
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....{{{{.((,({((((({{((({{{{,{|||,...,||(((....)))||{||||||||{.|,..},((((....(((..{{{({(((...,,,.((((((((((((((((((......((((((.((.((((...,,{,...,}}.....)))).},)))))).......))))))((((({.....(((((((((((,,{{{{(((((({,..,{{{{{{{|,.....}})))|.({(((,...(((((((((..{(.....}}((((..............)))},,.{({..,,,..}}}....,.|||{{{||.,|||{|{{((,,,,(((((..(....)..)))))}}))))))|,,|,.}})))){({(({{({|||{{{,.....,}},}})),}}},...{((((((.((........)).))))))}{((((({.,.((((((.....)))))),)))...)))}.,,.........,,}}}|||,((.{{{..(((((...((((((((((.((((.((((....)))))))).)))))))))))))))..))}.)).)}})))))))))....}}|}}.|.,,,.{(((((..,......},))))))},....{(({(((((...(((.(((((.{({(((..(({...}))..})))).)))))..)))....))))).)))),.{{{.....,))).(((((......))))).....((((((......)))))).))))))))))){(..(((((..{(((((((.....))))},))}...)))))..))..,......,,...................(((((((.(((((((.,{..(((..........))).},...((((.(((,....,))).)))).))))))))))))))..{(((.((((((((...))))))))..)))|(.((.((((..,{(,,.,,....)))}})))).)}.,,|{{...(((((((((((....)))))..))))))...}},(((((......)))))))))))....)))))))))))).......}))...))).))},...)))....))))........,{{|||,......,,..}}}}}}}}}}......{{..(((.(((((((.,,,.((((,.,........)}))))))))))))..)))..))..,,.)))))))),..}},)})),,,((((((....))))))...............
Back