Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
CDKN2B-AS1:69
Sequence Length
1449 nt
GC Content
0.4086
AGCUACAUCCGUCACCUGACACGGCCCUACCAGGAACAGCCGCGCUCCCGCGGAUUCUGGUGCUGCUCGCGUCCCCGCUCCCCUAUUCCCCUUAUUUUAUUCCUGGCUCCCCUCGUCGAAAGUCUUCCAUUCUUCAAACUAGAUUAUUUAAAAAUGAAAAAGGAAGAAAGGAAAGCGAGGUCAUCUCAUUGCUCUAUCCGCCAAUCAGGAGGCUGAAUGUCAGUUUUGAACUAAAAGCCGCUCCGCUCCUCUUCUAGAUUUGGAAAACAAGCGAAAUUAAACUAAACCGCUGCACGCCUCUGACGCGACAUCUGGACACGGCGCGGCGCUGGCGCUGCCGGAGCUGUCGACCCGGCCUGGCGCCGGACUAGUGUCCCUUUUGAUGAGAAGAAUAAGCCUCAUUCUGAUUCAACAGCAGAGAUCAAAGAAAAGACUUCUGUUUUCUGGCCACCAGAUAUAUGUUAUCUGUGCUUAAAGAAUUGAAAAACACACAUCAAAGGAGAAUUUUCUUGGAAAGAGAGGGUUCAAGCAUCACUGUUAGGUGUGCUGGAAUCCUUUCCCGAGUCAGUACUGCUUUCUAGAAGAAAACCGGGGAGAUCUAUUUGGAAUGUAUCUAACUCCAAAGAAACCAUCAGAGGUAACAGUAUCUUACAGACAGCAAGUUGAACAUUGUGGGAUGCAUGAGCUAUUGAGGCCUUUGCAGCUUUCUGCUACAUGGAGGCUAGGGCCAGAGUCAAGAUUUAUGCUUUGCAGCACACUGGUCAGCUGUUUUUGCAAAUCAGAUUAAAUGAUUUUUAAAUGAGGCUGAGAGCAUGGGAGAUACUAAUGUGUGUUUCCUUGUGAGCUACUGCAUAAGUUAGGAAAUUGAAAUACAGAAAGAUGAAAAGUGAUUUGCCCAAGCAUAUAGAUCAAAGCUGUGGCAGAACCAGGACUGGAACCUAUAUCUCUCUACUAAUGGUUUUUUUAAAAAAAUAACCUUGUUUCAAAAAUAUUAAAAAGUCACAAGAAAGGUAAACAUGUGGAUAAACAAAAUGAAGAAAAUAAAAAUUAUCCAGUAAUAACAUAUUGGCAUAUGUCUUUCUGGUAUAUUUUCCUGUGUUGUCAUCAUUAUCAUCUCCAUCAUCAUUAUAUCCAUCAUUAUCAUCAUCAUCAUCAUCAUCAUCAUCAUUAUCAUCACCAUAGUGAACAUGUAAUGCUUACCUAGUGCCAGAUGCUGUCUAGGCAUUUUACAUGUGUUACUGGUAACUCAUGUAAUCCUCAUAACAACCUUAUAAGGUGGUUGCUAUUAUCCCCAUGUUACAUAUGAAGAGACAGAAGCAUAAAGAAGUUGCACCGCUGGUAAUUGGCUGGGAUUUGAACUUAAGCAGUCUAACCUUAGAGUAAUGAUUUUAACAACUAUGCUAUAUACAUACAAAUUUACAAAAUAAAACUGGGCUCAGACAAUAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-370 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -398.77
Frequency: 0.0000
Diversity: 443.49
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.................(((.((((..((((((((....(((((....))))).))))))))..)).)).))).....................(((((((.(((((((.((((((......((((((.((.((((..................)))).)))))))).......)))))).....((((((((((((((........)))((((.....(((....)))......))))((.((((.((...(((((((.((.....))((((..............))))...(((.......)))..)))))))...)).)))).)).(((((((((((..(....)..)))))..))))))((((....))))(((((((((...(((((.......)))))........(((((((.((........)).)))))))(((((((...((((((.....)))))).)))...))))............)))))))))........(((((...((((((((((.((((.((((....)))))))).)))))))))))))))..((.((((((((((((..((..(((((.(.......((((((...........)))))).......((((.(((..(((((((((((((....((...))....))))))))))).)).))).))))((((((...(((((((........)))))))))))))...(((((..((((((((((.(((....))).((((((...((((.((((((.......)))))).))))...)))))).((((((((.((((....((((((((((((..((.((....)).))....)))))))....)))))....(((((..((((((.((((..(((............)))..))))((((((..(.((((...........)))).)..))))))...............(((((..(..............)..)))))....((((..(((((((.......(((((.((.(((((((((...((((.((..((((((....))))))..))))))...)))))....)))).)).)))))......)))).)))..))))....)))))).)))))....................((((((..((((....))))....)))))).......((((((((((...)))).))))))(((((((.((((....)))).))))))).....(((.(((((.........))))).)))))))))))))))...............))))))))))....))).))).)))))..))..))))))..........)))))))).....)))))))))))..........((((.......))))....................)))).)))..))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
..........(((....|}}.,(((({((((((({....(((((....))))).}))||||{({((((({({{{{,||{...........,.,,{{{{,,{{(((((({..((((((((((({,((((.(({(((,...,..,,{.,,....,}))),..,})))))}.}}},{(((({{....,||.}}|||,..(((........)))((((....{(((....))}.}....))))((.((((.((...(((((({.{(.....},((((..............))))...{({.......}))..}))))))...)).)))).)).((((({(((((..(....)..)))))..))))))((((....))))}}}}})}}})).,|,...,{{|{{|||||{{{{{...{((((((.((........)).))))))}{((((({,,.((((((.....)))))),))}...}}},.{{,..........}}||{(,((.{{{.,({(((...((((((((((.((((.((((....)))))))).))))))))))))))),,))}.}}.}}||||,},})},...,)}))}}.,,,.{(((((..,......,,)))))),,.,{{.,,.,.|||..,,(((((((((({....{,...}}....})))))))))).,)})),.,}}}{(((((,|.((({{{{.},.....)))))))))))))|}}|}|,,..{{{{((({{{,(((,...}}).{{{{||.,.{{{{.((((((.......)))))).)))),,,))))}},{(((((((,((((,...,.{|||||||||,|||.{{....}).,,})}}))))},,,}}})))}},,..(((((...(((((,((((,.(((............))),.))))|(((((..,.((((...........)))).,..)))))},..............(((((..,..............}..})}})...{({{,..{((((((,,.....{((((.((.{((({((({,,,((((.((..((((((....))))))..)))))).,,)))))...,)}}}.}).)))))......}}}}.}}}..,,.}}}}}}}}}}},}},},.,..,,.,,.,,..,,,..{((((({..,,,,.}}}))))..||||||||,,,....((((((((((...)))).)))))}{((((((.((((....}))).)))))))......{{,(,(((,....,}},})))).,,,}}}}}}))}))}...,,,,......,,}})))))}},...})})}}}}.)))))}...)))})))}}.||,.....|}}|}|{,....,|||{((....}}}}}},....,,||,,.....,,},....,,,.............))))),,}..........
Back