Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
CDKN2B-AS1:73
Sequence Length
1890 nt
GC Content
0.4074
AGCUACAUCCGUCACCUGACACGGCCCUACCAGGAACAGCCGCGCUCCCGCGGAUUCUGGUGCUGCUCGCGUCCCCGCUCCCCUAUUCCCCUUAUUUUAUUCCUGGCUCCCCUCGUCGAAAGUCUUCCAUUCUUCAAACUAGAUUAUUUAAAAAUGAAAAAGGAAGAAAGGAAAGCGAGGUCAUCUCAUUGCUCUAUCCGCCAAUCAGGAGGCUGAAUGUCAGUUUUGAACUAAAAGCCGCUCCGCUCCUCUUCUAGAUUUGGAAAACAAGCGAAAUUAAACUAAACCGCUGCACGCCUCUGACGCGACAUCUGGACACGGCGCGGCGCUGGCGCUGCCGGAGCUGUCGACCCGGCCUGGCGCCGGACUAGUGUCCCUUUUGAUGAGAAGAAUAAGCCUCAUUCUGAUUCAACAGCAGAGAUCAAAGAAAAGACUUCUGUUUUCUGGCCACCAGAUAUAUGUUAUCUGUGCUUAAAGAAUUGAAAAACACACAUCAAAGGAGAAUUUUCUUGGAAAGAGAGGGUUCAAGCAUCACUGUUAGGUGUGCUGGAAUCCUUUCCCGAGUCAGUACUGCUUUCUAGAAGAAAACCGGGGAGAUCUAUUUGGAAUGUAUCUAACUCCAAAGAAACCAUCAGAGGUAACAGGUGGAGAACUUCAGUAGAGGAAGUGGCAGGAAUUUGGGAAUGAGGAGCACAGUGAUUAAACUGGGGCCAUUCAUAUGAGAGUUUAAGAACUCAGACCAGUGACUUAGAUUGGCUUCUCUCACAUGGCAAGAAACAUUGCUGCUAGCACUUCCCGAGUUCUACGUUCUACAACAUCCACCACUGGAUCUUAACAUAGACGUAAGAUCAAAUGCAAUAGCAUGUCAAACAAUGUGUAACUCCAGUUAUACAAACAUUACUGUAUCUCAUUGGGGAUACGAAGCUCUACACACUUGAAGAUGGUGAAGGAAUAUAAAAAUCUAUGUCUCACAGUCCAGACUUGGAGUACAAGUAAUAAGAAGAAUAAAACUUAAUCCCUUAAGUAGAUUCACCAUAAGUUAGCUCAGAGCAAUUCCAGUGCAAGUAUGGUCUGUGAUCCAGUAGUAUCUUACAGACAGCAAGUUGAACAUUGUGGGAUGCAUGAGCUAUUGAGGCCUUUGCAGCUUUCUGCUACAUGGAGGCUAGGGCCAGAGUCAAGAUUUAUGCUUUGCAGCACACUGGUCAGCUGUUUUUGCAAAUCAGAUUAAAUGAUUUUUAAAUGAGGCUGAGAGCAUGGGAGAUACUAAUGUGUGUUUCCUUGUGAGCUACUGCAUAAGUUAGGAAAUUGAAAUACAGAAAGAUGAAAAGUGAUUUGCCCAAGCAUAUAGAUCAAAGCUGUGGCAGAACCAGGACUGGAACCUAUAUCUCUCUACUAAUGGUUUUUUUAAAAAAAUAACCUUGUUUCAAAAAUAUUAAAAAGUCACAAGAAAGGUAAACAUGUGGAUAAACAAAAUGAAGAAAAUAAAAAUUAUCCAGUAAUAACAUAUUGGCAUAUGUCUUUCUGGUAUAUUUUCCUGUGUUGUCAUCAUUAUCAUCUCCAUCAUCAUUAUAUCCAUCAUUAUCAUCAUCAUCAUCAUCAUCAUCAUCAUUAUCAUCACCAUAGUGAACAUGUAAUGCUUACCUAGUGCCAGAUGCUGUCUAGGCAUUUUACAUGUGUUACUGGUAACUCAUGUAAUCCUCAUAACAACCUUAUAAGGUGGUUGCUAUUAUCCCCAUGUUACAUAUGAAGAGACAGAAGCAUAAAGAAGUUGCACCGCUGGUAAUUGGCUGGGAUUUGAACUUAAGCAGUCUAACCUUAGAGUAAUGAUUUUAACAACUAUGCUAUAUACAUACAAAUUUACAAAAUAAAACUGGGCUCAGACAAUAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-499.7 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -534.44
Frequency: 0.0000
Diversity: 559.67
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......(((.(((((.(((.((((..((((((((....(((((....))))).))))))))..)).)).)))....((((((.....................(((((..(((((((((((..((((.((((((.......(((.......))).......)))))).))))(((((.(......).)))))...(((........)))((((.....(((....)))......))))((.((((.((...(((((((.((.....))((((..............))))...(((.......)))..)))))))...)).)))).)).(((((((((((..(....)..)))))..))))))((((....)))))))))))))))..))....)))((.(((((.......(((((((.((........)).)))))))(((((((...((((((.....)))))).)))...))))................((((.((.(((..(((((...((((((((((.((((.((((....)))))))).)))))))))))))))..))).)).)))).))))))).....))))))......(((((.....)))))(((((.....(((......)))......)))))..(((((((((((..(((((..((((((((((((.(((((((.((((......(((((...(((....))).(((((....)))))...))))).......)))))))))))......(((((......)))))........))))))))))))..(((....))).....))))).(((((((.(......))))))))..((((....)))).........((((((((....))))))))........((((((((....))))))))...)))))).....)))))..))))).))).............(((((...((((((((((((.....)))))........((((...((((((....))))))..))))....((((((..(((((..((((((((((((((.(...((((((((............)))))))).(((.(((...((((((((((((.((((.....(((((((((...(((((((........)))))))))))))....((..(((((((((...((..((((((..((((((...((((.((((((.......)))))).))))...)))))).))...(((((((((......))))))))))))).))....)))))))))..))................(((((..((((((.((((..(((............)))..))))((((((..(.((((...........)))).)..))))))...............(((((..(..............)..)))))....((((..(((((((.......(((((.((.(((((((((...((((.((..((((((....))))))..))))))...)))))....)))).)).)))))......)))).)))..))))....)))))).)))))..........)))......))))...)))).))))))))))).))).((((((....((((((((((...)))).))))))(((((((.((((....)))).))))))).....(((.(((((.........))))).)))..((..(((((...)))))..)).....)))))).....).))))...))))).))))).))))).....))))))((((........(((((((....)))))))......))))...........................))))))).))))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.......,,,,((,,{.({{.{(((,,{(((((((....(((((....))))).)))))))},,||,||.|||{{.(((((.{,((((((........(((((((.(,{.(((({{{{,((((,((((.((((((....,..,{{,,,....,}))}...,})))))}.}}}}((((({{....,,}.}})))...(((,,,.....}}}((((....,(({....})}.,....)))),({((({.,,{{{((((((,.{{.....},{(((..............)))},..{({...,,..}}}..,,},|||,,{||.}|||{||,(({{{,(((((..(....)..))))),,))))))|{{|..,,))))|||||||||||,{{{,,.....,,,}}}},,|||...{((((((.((........)).))))))}{((((({.,.((((((.....))))))})))...)))}.,{,..........}}}||||((.{{{..(((((...((((((((((.((((.((((....)))))))).))))))))))))))),,))}.}).)}}}}}}}})))....,))))}}.,,,.,(((((.........}|))))}},..(((......)))....))))))}.|||||.}..}}}).,},}.)))))))..))))))).))))).((((......))))|||{(,,,,...,|,(((((,.,,|||||,,,((((((({{{..,,..{{{||||||...,(((((......))))}|,,||||,||...}}}}|||((({{{{{..,.(((({....))))).|,....}})))))),}}},..((((....)))),,.......((((((((....))))))))........{((({{{(..,{||||||,,|{{|,,|{{,....|||.{{{|||||.|||.,,,,....,,{.((({(,..{{(((,,(((((.....)))))........((((...((((({....})))))..))))....,,,{,(((((((,.{(({(((((((((((.{...((((((((............))))))))....}.)))..},}|||||||||},|||}}}},,..((((((...(((((((........)))))))))))))..,,||..(((((((((...{{{{(,({{{..((((((...((((.((((((.......)))))).))))...)))))).,,,,.(((((((((......))))))))),))).)),...))))))))).,)}...}},.,,,.,|,..(((((..,((((({((((,.(((............))),.))))|{{(((..{.{(((...........}}}}.,..})))}},,,.....,,...,,{(({{..,..............}..}}}}}..,|||,...{((((((.......{((((.((.{((({((({,,,((((.((..((((((....))))))..)))))).,,)})))...,)})}.)).)))))......)}}}.}}}..,},)}}}},))))),)),)),,..,,.,,.,,.,,....{{{{{{{..,,,,.}}})))).,,||||,,||}|....((((((((((...)))).)))))}{{{((((.((({....)))).))))))}..,..,|{,(,(((,....,}}}})))),|..}}}}}}|||||,,,)}))}..)}}}.,)}))),.....})})}}}..})))))},,,))}))))).},}})})}},||||,,,,....{{{{{((....}}}))}}.....,||}}.....,,,...................,}))))),})}}........
Back