Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
CDKN2B-AS1:74
Sequence Length
1238 nt
GC Content
0.4063
AGCUACAUCCGUCACCUGACACGGCCCUACCAGGAACAGCCGCGCUCCCGCGGAUUCUGGUGCUGCUCGCGUCCCCGCUCCCCUAUUCCCCUUAUUUUAUUCCUGGCUCCCCUCGUCGAAAGUCUUCCAUUCUUCAAACUAGAUUAUUUAAAAAUGAAAAAGGAAGAAAGGAAAGCGAGGUCAUCUCAUUGCUCUAUCCGCCAAUCAGGAGGCUGAAUGUCAGUUUUGAACUAAAAGCCGCUCCGCUCCUCUUCUAGAUUUGGAAAACAAGCGAAAUUAAACUAAACCGCUGCACGCCUCUGACGCGACAUCUGGACACGGCGCGGCGCUGGCGCUGCCGGAGCUGUCGACCCGGCCUGGCGCCGGACUAGUGUCCCUUUUGAUGAGAAGAAUAAGCCUCAUUCUGAUUCAACAGCAGAGAUCAAAGAAAAGACUUCUGUUUUCUGGCCACCAGAUAUAUGUUAUCUGUGCUUAAAGAAUUGAAAAACACACAUCAAAGGAGAAUUUUCUUGGAAAGAGAGGGUUCAAGCAUCACUGUUAGGUGUGCUGGAAUCCUUUCCCGAGUCAGUACUGCUUUCUAGAAGAAAACCGGGGAGAUCUAUUUGGAAUGUAUCUAACUCCAAAGAAACCAUCAGAGGUAACAGGUUAGGAAAUUGAAAUACAGAAAGAUGAAAAGUGAUUUGCCCAAGCAUAUAGAUCAAAGCUGUGGCAGAACCAGGACUGGAACCUAUAUCUCUCUACUAAUGGUUUUUUUAAAAAAAUAACCUUGUUUCAAAAAUAUUAAAAAGUCACAAGAAAGGUAAACAUGUGGAUAAACAAAAUGAAGAAAAUAAAAAUUAUCCAGUAAUAACAUAUUGGCAUAUGUCUUUCUGGUAUAUUUUCCUGUGUUGUCAUCAUUAUCAUCUCCAUCAUCAUUAUAUCCAUCAUUAUCAUCAUCAUCAUCAUCAUCAUCAUCAUUAUCAUCACCAUAGUGAACAUGUAAUGCUUACCUAGUGCCAGAUGCUGUCUAGGCAUUUUACAUGUGUUACUGGUAACUCAUGUAAUCCUCAUAACAACCUUAUAAGGUGGUUGCUAUUAUCCCCAUGUUACAUAUGAAGAGACAGAAGCAUAAAGAAGUUGCACCGCUGGUAAUUGGCUGGGAUUUGAACUUAAGCAGUCUAACCUUAGAGUAAUGAUUUUAACAACUAUGCUAUAUACAUACAAAUUUACAAAAUAAAACUGGGCUCAGACAAUAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-302.08 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -323.94
Frequency: 0.0000
Diversity: 367.88
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.................(((.((((..((((((((....(((((....))))).))))))))..)).)).))).....................(((((((.(((((((.((((((......((((((.((.((((..................)))).)))))))).......)))))).....((((((((((((((........)))((((.....(((....)))......))))((.((((.((...(((((((.((.....))((((..............))))...(((.......)))..)))))))...)).)))).)).(((((((((((..(....)..)))))..))))))((((....))))(((((((((...(((((.......)))))........(((((((.((........)).)))))))(((((((...((((((.....)))))).)))...))))............)))))))))........(((((...((((((((((.((((.((((....)))))))).)))))))))))))))..((.((((((((((((..((..(((((((.(.....(((...((((.(((..(((.(((((((((((.(((((((..(((((................................((((((..(((............)))..)))))).(((....)))))))).)))))))......))))))))))).........(((((............................))))).((((((.((((((....(((((.((.(((((((((...((((.((..((((((....))))))..))))))...)))))....)))).)).)))))..............((((((((...(((((((.....................................)))))))..)))))))).......((((((((((...)))).))))))(((((((.((((....)))).))))))).........(((((.........)))))...)))))).)))))).........)))..))).))))...)))....).)).)))))..))..))))))..........)))))))).....)))))))))))..........((((.......))))....................)))).)))..))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
..........{{{....|||.{((({.((((((({....(((((....))))).}))))))|{.||{||,|||..,}|................(((((((,(((((((.(((((({,,,,,{{((((.((,((({...,.,,...,},.....)))}.,,))))))..}},.,||||}|.....{|{|||||{{,(((........)))((((....{(((....))}.}....)))){(,((({.{{,,,(((((({.{(.....},((((..............))))...{({....,..}}}..,}}}|||,,,}}.}|||,||,(({{{{(((((..(....)..))))),,))))))|{{{..,,))))|||||||||||.{{{,,..,..,,,}}||,,|||...{((((((.((........)).))))))}{((((({.,.((((((.....))))))})))...)))}.,{,..........}}}||||((.{{{..{{{((...((((((((((.((((.((((....)))))))).))))))))))))))),,))}.}},)}|}}}}}})))....,)))),,.,,,.,(((((.,,,.....,,)))))}||.(((....,,))}...{{{{||||,...||,..,..,,...(((((...((((({((((,.(((............))),.))))|{((((..,.{(((...........)))}.,..)))))}|,,............(((((..{..............}..}}}})...|({{{..(((((((,,.....(((((.((.{((({((({,,,((((.((..((((((....))))))..)))))).,,)))))....)}}}.)).)))))......}}}}.},}..,,,}}},,}}}}}},},,,,.,..,..,,.,...,,,..{((((({.......}}}))))..}}}}}|||{{{,,,,((((((((((...)))).)))))}{((((((.((((....)))).))))))}......,{,(,((({....,}}}})))},,,,,.||..||{||,..,}}}}..}}},,}}.,|||,.....,}}}))}}},)))))}..,}))})))}}.,,....,,}}}},}}}},,,||}}}||}}}}).,,,,.....{{{{.......}}},.....,..............)))),}))..,,,,,,..
Back