Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

CDKN2B-AS1:77

Sequence Length

1601 nt

GC Content

0.4341

ACAGGGGGCUGACUCAGCUUGAGCAAACUCUUGCUAUCCCCUGCUGAGGUCCGCACUUGCUGUGGCCCCUGCCGCUCUCCUCGGACCUUGCUGCCCUCCUCCUUUGUCACUGUGGAGAAACAGGAAGGAAUGUUUAUUAGCAAGACUGACUGGGGUCACACCCAAGGCAAUAUCAGGUUUUUACCUCUCCCAGGCCUGGGAAGAGGUUCAAGGAUCAAGGACAAGCUCCCGGUUAGAGUGAGAGGCAAGUUCAAACCUUUGAAAAAUAAACUCACAACCAGCAUUUGGCACAGGCCUCUGGAGUUUACAGAAUGUAUCUGCCUGUGUGUGAUUUCAUUAGUUCCUCCUGCCAAUCUAAUGAGAUUUUACGUCCUGUAACAGUGAGGCAAUUGGAGUCUCAGCAGGGAAAGGAACUUGCCUAAAACUGCAGGAUGGGUAGCGCUUGGAUCCUGACUUUCUGACUCCUAGGACUGUGCUGUCUUCAGAUGAUCACAUGCCUUCUUGGCAGAUGUUUCUAACAAAGGAGAGAGUUGCCCAGGGUGGGGCUCUGCUAGCUCCCUUGUCAUGAGCCAUUCUCUCCACAUUGCCUUUUAGUUGCACCACAUAGUCACCUUCAAUUAGCUGUGCGAAUAGGCUCACUCUUAUGCUAACAUGUACUAAAAGUGAAAAUGGGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAGAGAGACACACAGAGAGAGAGACUCAUAUUAUGGUAUGUUCCCUGCCCCACCCCACUCCACUCCCUCUCAACAGGGAGAAAGUACCUGAAGAAAAUCAUUGCUAUGAAGGGCAUAGCCAGCUAAAUGGGUGUCACUUAGUCUGAAAAAUCUCAAAGAUGUCAAUAAGCCACUCGAGACAACAAGGAACCUGUUUUCCUGUCAUCAUUCCUUCUCAGUCCUUGGCUUUGGGAAGGGUAACUUUAUGGAGAGAGAAGAACCUCUGUGGAGUUAAAAGGUUUAUGAACUUUUUUCCCUGCAACAAAUCAGUGACAGCUGUUCCACAGGCUGAUGGUUUUCCCUUUACCUUUCGUUUUUUAACAGCUAUGUCUCACAGUCCAGACUUGGAGUACAAGUAAUAAGAAGAAUAAAACUUAAUCCCUUAAGUAGAUUCACCAUAAGUUAGCUCAGAGCAAUUCCAGUGCAAGUAUGGUCUGUGAUCCAGUAGUAUCUUACAGACAGCAAGUUGAACAUUGUGGGAUGCAUGAGCUAUUGAGGCCUUUGCAGCUUUCUGCUACAUGGAGGCUAGGGCCAGAGUCAAGAUUUAUGCUUUGCAGCACACUGGUCAGCUGUUUUUGCAAAUCAGAUUAAAUGAUUUUUAAAUGAGGCUGAGAGCAUGGGAGAUACUAAUGUGUGUUUCCUUGUGAGCUACUGCAUAAGUUAGGAAAUUGAAAUACAGAAAGAUGAAAAGUGAUUUGCCCAAGCAUAUAGAUCAAAGCUGUGGCAGAACCAGGACUGGAACCUAUAUCUCUCUACUAAUGGUUUUUUUAAAAAAAUAACCUUGUUUCAAAAAUAUUAAAAAGUCACAAGAAAGGUAAACAUGUGGAUAAACAAAAUGAAGAAAAUAAAAAUUAUCCAGUAAUAACAUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-464.5 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -495.28

Frequency: 0.0000

Diversity: 391.48

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.((((((((((...))))...(((((....)))))..)))))).....(((((((.((((((((((....)))))((((((((((((.(((((((((((((((((....((((......)))))))))).((((....))))........(((((((((((...(((((((((..(((((((((((((((((....)))).))))))..)))))))..(((.....))).((((...(((((.......(((((....))))).......))))))))).......(((....)))((((.......))))..)))).)))))..)))))))))))..((((((((((((........(((((((((((.(((((...))).)).)....)))))))))))))))...)))))))(((........)))))).))))))))...)).)))...((((((..((((((((((......))))).(((....((..((((.....))))..))..)))......(((((((((.((.(((((.((((((.....)))))))))....)).)).))))))))).....((((.....((((((....((((........))))...))))))..))))(((((.((((((......))).))).))))).....)))))..)))))).))).)))).((((((((.((...(((((((((.......(((((...(((((..................((((((......))))))..(((.((((..(((((((((.((((((.....))))))(((((.(((((.(((((((................(((((.((..(((((((....((((((....((((......)))))))).))..((((((((((((...)))..)))))))))(((((((((((((..........)))))))))))))...)))))))..)).)))))..............))))))).))))).....))))))))))))))...((((.(((((((((((........(((.(((...(((..(((((.....)))))...............((((((....)))))).(((((.........(((((((..(((.(((((((((((.(...((((((((............))))))))....).)))..))))).))).))).)))))))....((((((...(((((((........))))))))))))).)))))..(((((((((...((..((((((..((((((...((((.((((((.......)))))).))))...)))))).))...(((((((((......))))))))))))).))....))))))))).)))...)))...)))))))))))))).))))((((((..(((............)))..))))))..)))))))))))))))))))))))).))..))))))))))...........(((((..(..............)..)))))...)))))...))))))).........................................

Thermodynamic Ensemble Prediction

.((((((((((...})))...(((({....}))))..))))))..((((((((.....,..(((((....)))))......))))))))(((((((((((((({{.,,.((({..,...}|}}}}}|}}.{(((....}}}}.,{((((.(((((((((((.{.{((((,,,,..(((((((((((((((((....))))}})))))..}))))))..{{,...,{||},((((...(((((.......(((({....})))).......))))))))),,.....(((....)))((((.......))))..}},,.)))))).)))))))))))}}||||{{{{{{{{....,,..{{||||{{{{{,(((((,..,,,.|||||...}}}}))))))))))),..}}))}})}||,}...,,,}})))).))))))),(((({,(((((((({{{(((((({{.((((((((,,{{{{{|||..{,.,{,.{(((.....)))|,.|}{{||,......||||,{{{{,|....(((((((((((((...,(((.(((.((.{...((.((((((((.((((((((.....((((((....((((........))))...))))))..))))(((((.((((((......))).))).))))).)))).)))))))).).)...}.)).})}).))).,...)))),,{,(.{{..(((({....))))).)),)}))))))))).,,,,.,|||{||,,...,||||||,,||,..}}||,}}...|||,.{{{|||,.,,,||||||(((((,(,(((.{{|||{|}}|.,||....,,,,.,,|||,{(,.(((((((....{{(({,.,.{((((......)))))))}.))..{(((((((((((...}))..})))))))}(((((((((((((.,.......,)))))))))))))...))))))),,)),))))},,}}}...,.....}))||||{|||||....,|||}|{.(({.........))).,|.|||,...})),))}}})))|))))))))}}(((((.....)))))........((((...((((((....))))))..)))).........(((((((..(({,((((((({(((.{...((((((((............))))))))....}.)))..)}},,}))))))).)))))))....((((((...(((((((........))))))))))))).)))))}.}}..{(((({,..{{{{.,.||,.((((((...((((.((((((.......)))))).))))...)))))),}}|},(((((((((......))))))))),}}}.||....))}}))))))))}..{{{{{{{,.{{,.{{{{{....,,..{(((((,.(((............))),.)))))}.||{,,,.|||,.,,,.,}}}}.}}}......((({,(((,...,))}.}))).}}}}}}},............}}},}}}),.,}}}.....,.(({{{{{......,..............})))))),,.........