Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
DNAJC27-AS1:22
Sequence Length
2089 nt
GC Content
0.4686
GACGUCAUCUGCAGGCCCUGGAGACGCGACUGCAGUUACCGAGUUUCUAAGGCCUCGUCCCCUGACGGGAAGGCGGCGUUGGGGGGCGGCUGGGUUUACCCUUCGAGAGACGGGGCUUCGCCAUCUUUCCCAGGCUGGUCUCAAACUCCUGAGCUCAAGUGACCCUCCUGCCUUGGCCUCCCAGAGUGCUGGGAUUACAGGCAUGAGCAAUGGUGCCUGGCCCAAAAUUCAUACAUUAGCAAAAGUAGGGAGAAUAAAGUAAUGAACACUCAUUUUCCACCUUCAGCAAUAUCAACGUGGAUCAAUCUUGUUUCAUCUAUACCCCAGAUUAUUUUGGGGCAAACUAUAAAUAUAGUUAUACUAUAACUAUCCAUAUCUUAUUAUGUACUUUAGAAGGUGAAGCUCUUAAAAUACAGACAUAAAUGAAAUCUAACUGGCAUACUGUGGUAAGCCGAAUUCUAAGAUGGCCUCUAAGAUUCCUGGCCCCUGGUACACACAUACCUUUUCCCAGUUAGUUAAUCAAACAUGAAUUUGGGUGCUGCUACAAAGGGAUUUUGGUAAUUAAGUUCCCAGAUCAGUUGUUUUUACGCUGAAGAUAUUAUCCUCCAUGGGCCUGACCCAAUCAGAUGAGUCCUUAAGUAGGAUAGGGCUUUUCCUGGCAAAAGAUAUUAAAAAUGUGAGAAGCAUUCAAUAGGAGGAAGGUUCUCCAGGAUGGAAGGGGAUACUUAGCAAGGACCUAAGAGUGGCCUCUUGGAGCUAAGAGUAACCCCCAGCCAACAGCAAGAAAAUGAGCAGCUCAGUCCUACAACCAGAAGUAACUGAAUUCUGCCAAAAACCUGAAUGAGCCUGGAAGGAGCUCCUGAGCUCUGAUGAGAACCCAGCUGUCUGCUACCUUCAUUGCAGCCUUGUGAGACUUUUUUUUUCUGAGACAGGGUCUCGCUCUGUUGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCACGAUGUCAGCUCAUUGCAGCCUCUGGCUCCCAGGUUCAAGUGAUUCUCCUGCCUCAGUCUCCCGAGUAGCUGGGAUUACAGGCGCCUGUCACCACACCCGGCUAAUUUUGUAUUUUUAGUAGAGAUGGGGUUUCACCACGUUGGCCAGGAUGGUCUCGAACUCCUGAUCUCAAGCGAUCUGCCCACCUCAGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCGUGAACCACUGCACCCAGCCUACUUUUUUUUUUUUUUUGAGAUAGGCUCUCUCUGUUGCCCAGGCUGGAAUGCAGUGGCACAAUCAUAACUCACUGCAGCCUUGACCUCCUGGGCUCAAGUGAUCCUCCUAUCUCAGUCUUCCGAGUAGCUGCGACUACAGGUCUGUAGCACCAUGCCUGGCUAGUUAUUUUUUGUAGAGGCAAGCUCUCACUAUGUUGCCCAGGCUAGUCUUAAAUUCCUCGCCUCGAAUGAGCCUCCCACCACAGCCUCCCAAAAUGCUGGGAUUACAGGCCUGAGCCACCAUCCUGGCCCCUUGUGAGAUUUCUGGGCUAGAGAACCCAGCCUCUGUAUGCCUUAUCAUCUGACCUACAGGACUGCAAGAUGUUUAAUGUCUGUUGUUUGAAACUGUUGAAUUUGCAGUAAUUUGUUAUGCAGCAAUAGAAAACUAAUAUACAUACUGAAAAGUUGGUAGUAAUUCCUCUCAGUGACCAAGUUUUUGUGGGAAAGUUUUUAACUACAAAUUCAAUUUUUUAAGGAGUUCUGCUUCCAGUAUGGUAGUGUAAACCCUUUCAGAUAAUUCUCCCACUGAUUAAAAAACAAUAACAGGGCUGGGCGUGGUAGCUCAUGCCUGUAAUUCCAGCACUUUGGGAGGCCAAGGCAGGCAGAUCACUUGAGGCCAGGAGUUCGAGACCAGCCUGCACAACAUGACAAAACCCCAUCUGUACUAAAAAUACAAAAAUCAGCUGGGUUUGAUGGUACACACCUGUACUCCUAGCGACUUGGGAGGCUGAGGUGGGAGGAUUGGUUGAAUCCAAGAGCCAGAGAUUGCAAUGAGCCGAGAUCAUGCCAUCACACUCCAAUCUGGGUAACACAGUGAGACUCUUCCUCAAGAAAGAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-841.5 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -878.24
Frequency: 0.0000
Diversity: 385.11
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((...(((((((.(((((((.((...........)).))))))).))))).))....)))))(.(((((.(((.((((((((((((((((((.......((((((.((.(...).)).))))))(((((((.((.(((...((((..(((.(((((.((((((...(((((..((((((....))))))...(((((((.(....).)))))))(((((((.(((((..((((((..((.(.(((((((......(((((....))))).(((((................)))))........(((((((((...(((((((....)))))))............((((((((...)))))))).((((......)))).........)))))))))(((........))).................((((.(((....))).))))...........((((............))))...((((......)))))))))))).)).)))))).....))))))))))))...........((((.((((.....)))).))))...(((((.((....)))))))(((.(((.((((((.((((.....)))).(((((.(((((((..........))))))).).))))..............(((((.....))))).....)))))).)))))))))))..)).))))..)))))))).)))).(((((((....))))))).(((....((........))....))).......((.((((.(((((..(((........))))))))...))))))......))))).)))))))..((((((....)))))).....))))))))))))......)))))).))).))))).).....((((((((((((((..(((((((((((.(((((((((((.(((((((..((((((.(((.((.(((((((((((.(((((((((...(((((((.(((((((((((((((((((((((((((.(((((((.((((((.(..(((.(((((((((((((..((((((((((((((((.(((((((((((...((.((((..((((.((((((((((((((((.(((((((.((((((((..(((..(((((((((((((((((((((((((((((((.(.(((((.((((((((..((.((.((((((.((((((((((...((.((...((((((((.((..((((((((............))))))))..)).)....)))))))...)).))....))))))))))......(((.((((((..(((((((...(((((.(((....)))...)))))..)))))))..)).)))))))........(((((((..(((((((.((((........))))(((.((........)).))).(((...((((((((....(((....)))...))))))))...)))))))))))))))))(((((........)))))..(((.((((((((((.....(((((((.(.((((((...)))))).....((((((..((((((((((.(((...(((((....)))))..(((((((....(((..(((....)))..)))....(((((..(((.(((...))).))).)))))))))))).))).)))))))))).))))))).)))))))....))).))))))).))).......((((............))))..)))))).)).))..)))))))).))))).).)))))))))))))))))))))))))))))))..)))..)))))))).))))))).)))))))))))))))).))))..)))).))...))))))))))).))))))))))))))))...))))))))..).)))))))).)))))).))))))).))))))))))))))))))))))))))).)))))))...))))))))).))))))))))).)).))).))))))..))))))).))))))))))).)))))))))))..))).)))))))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,(((,,,.(((((((.(((((((.((...........)).))))))).))))),}|,{{,,}}})},(((((.(((.(((((((((((((((({,..{({..((((((.{({{...,.)).))))))..})},|}|{((((...((..(((((({,(.((..(((((.((..(((.((((((....))))))...(((((((.(....).)))))))(((((((((((((..((((((..({.{.(((((((......{((((....))))}.{((((.{{.............))))|........{{||{||{{...(((((((....)))))))............((((((({...)))))))}.((((......)))).......,,)))))}}}}{{{,.......|,,......,,....,....{(((.(((....))).))))......,}}}.((((............))))...((((......)))))))))))}.)).)))))).....))))))))))))((((((.,,..((((.((((,...,)))).))))...(((({{((....))))))},{,.,{{.((((((.((((.....)))).,((({.(((((((..........))))))).}}})),........,,,...{((((.....))))}.....)))))).}}}}}||||,,.|||..((((.((((({{{..,,..(((((((....))))))).})),.)}))).})))}.,}}}.,.}}.......}}))))))(((((..(((........)))))))),{{|,}........,,))}},.))).)).))))).)))))))))).))})))))))))))))),.....)))))).))).))))).,,,}}}((((((((((((((..(((((((((((.(((((((((((.(((((((..((((((.(((.((.(((((((((((.(((((((((...(((((((.(((((((((((((((((((((((((((.(((((((.((((((.(..(((.(((({((((((((.{((((((((((((((((.(((((((((((...((.((((..((((.((((((((((((((((.(((((((.((((((((..(((..(((((((((((((((((((((((((((((((.(.(((((.((((((((..{,.,,,(((((,.,(((((((((...((.((...(((((((,.((..((((((((............})))))))..),.,....)))))))...)).))....)))))))))}......{{(.{(((((..({{(((({{,(((({.{{,.,,,|||...||}||..,}||}||,,}}..}))))),,,|,||,||||||||..{,,......,,...{.,,,,,.,}}},,,.......,||,,{{{{,....,,))))},}}}})))))).((((......)))).,{{.((,((((....(((((({((,.......})))},,.))))....)))).}}..,||}}(((((((,..((((((({,,.{{{....,,}}},)))))))))))))).....},...))))),,}}|,..,|,....{{(,{((({...,,}.{||||.|,{{{{,.,{{{,(,....{..(((((((..{,....,}..)))))))..)..,.,,..{|||,|||}||||.{||,.,))),))}}..,}}}}},.,{{|....,,,..}}))))..}))))).}}.,}..)))))))).))))).).)))))))))))))))))))))))))))))))..)))..)))))))).))))))).)))))))))))))))).))))..)))).))...))))))))))).)))))))))))))))),}.)))))))}.,).)))))))).)))))).))))))).))))))))))))))))))))))))))).)))))))...))))))))).))))))))))).)).))).))))))..))))))).))))))))))).)))))))))))..)))},))))))))))..
Back