Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
DNAJC27-AS1:25
Sequence Length
4660 nt
GC Content
0.5067
GACGUCAUCUGCAGGCCCUGGAGACGCGACUGCAGUUACCGAGUUUCUAAGGCCUCGUCCCCUGACGGGAAGGCGGCGUUGGGGGGCGGCUGGGUUUACCCUUCGAGAGUCCGUGUGAGAACCGGGACACCUGUCCUGUUGAAAAGGGGGACGCAAAAGCUGAAAAUGCCCGGAAGGAUAUGGCUUCCUUGAACUGCGGGACGUGUAGCUGCAGCUGUGGGGUGGACCAUGGAAACAGAUCAGCAGGAAGAAGAGAUGGAAGCAACGCCAUGGACCUUCACGUCCUUCAGAGUGUGGGUGGGCUUGGGCUUUGCAGUGAGAGCAAGUAUCACCCAGGAUGGAGAUGGGAGGUAAUGGGUGGCCCCGACAGGUGCCUCCUACUGCUGGCAGCAAGGAGAGAGUGAAGAGGCAGAAUUUCCUUGGUCUAGACUAGAGUCUGGGUCAUGGGCAUGGCAGUGCUUGAGCUUUUGACCAGAAGCAAGUGGACAUGGAUUUGAGCUUCGGGUAAGAAGGGAGACUUCUCUCCAGGGACCAUAGGGGCUGGCAGCUGAAGAAGGUGACUUGGCCCCUCUCUAGAGGGUGAACGCAGGAUCAAUUCAAGGCCAUGAAGUGGAUGCAGCUGGGAGAGCCUGCUUGGUGCUUUUAAACCUCAACAUGUCAACCGCAAAUACCUCAAACACUGCUCACACCGUGGUAAAAUCUAGUUGCGAAACCUGUCCCGCGGCAGCCUUCUCCAUCCCAGGUGCCCAGGCCCCAUCUCCUGGGAGCAGGCAGCUCUCCCCACCCCGAUUCAUGUCCCUCCUACAGCCCAAGGCAACUCCCUGCCACCUUGGUGAAUGAAGCACAUCAUGCUGCCCAGGCUUCUGAGCUGUUUGCCGUGUUGCGGAGAUGCAGCCUUCAGCCUUGGAUACCCACCCACUCCUCUACUUGGGCAUUGUUUUCACAGGCUGCUCUUCCCUGUAGCUUCAGAGAAGUAGGUCAAGUAGGUUAACUCGCUUUAAGGGAGAAGUGCCAGGGGUUCAAGUCACCCAGCCUGGAGGCAGGAAUCCUGGGUUCUAUUUUUGGCUUCACAGCUAAUCCGCUGUGUGACAGUCGUUAGGAGCUCAUUCUCCCCUCUGGGUCUCCCUGAGCCCUUCUCUAGGUCCCACAAUUUUUUUUUUUUUCCCUGAAGCUAUAUUCCCUGGACUGUCAUAUUCUUCCCUCUUCCCUCCCUCUGGGAGGUGCUUUAAAGCCGUUGGCUGCUCAAGGCUGGCGCCCUAGGCAAGAGGGGCUGCAGUUGUUGUAGCUGAUGAGGAGGAGAUAAGAGGCUUUUCUGUAGACACAGUUGAGCUGAUGGGCUGUGUGAGGCUGGAGUGCCAGGAAACCAGACUCCUGUAACUACAGGACAGGCCCUGGUGAUGUGAUGAUGGGGAUGUGACGGGGAUGCUGAAGCCUGGAAUGCGAGUGGGGGUUCCUGCGUUUUAUGCAAUGGCUGUAGAUUUCCUCCCACUUCUAAGCCUCCCUUUCUGUGACACGCAGGGAAAUUCAGUCUCUAGUUCAUAUGGAAACUUGGGACCUCACUGUGCUGCUUGCUCUUGGCAGAGGAUAUCAUUUGAGCUGUCAUAGCAGAGGACCACAUUUACCAGGGUGCACUUUGGCCAAAGAAUAGUAACCUUUCUAAGGCUUAGUUCCUCUGGCCUGACCAAACCAGUCCCAGGAGGCCCCUGGGUUCCAGUCAAGGUCAUGGGAGAGGCCCACCAUGGAUGAGGCCUGGGGGAGCAGGGUGGAAAUUAAGUGCCCAGGUAUGUUAUGGAUAGCCUGCAGCCCUCUCCAAUCCCUACCCUCCAAACCCAGUGAAGGGGGACAUGAAACAGGUGAGGCAGAGGAGCAAAUGCGGGUCAAGAAUUCCGAACUAUACUUGACUUACAGUGCAGCUGUGAUGUGCACAUUGGUGUGUGCCACGAGACAGCAUAGUGUGGUGGAAAGAAAAUGGGUUUUGAACAGAGUGUCCUGGGUUUGAAUCUCUGCUUGCCCAUGUACUAGAGAGUAGUCGAACCUCUCUGGGCCUCAAUUUCCCAGAUGUAAAAUGGGAAUAGUAGUACUUACCUUGCACGGGUGCUGAGAGAAUUCCAUGAGACGACACAACCCGUGUAAAGUGCCUGGCAUAGGCAUAUCACAUUAGGGCACUCAGUAAAUGUGAUGUCUUUUCUACUUGCCUUCCUGUCAUACCGGUCCCCAUGUUUUGGAUUUCUGCAGCUAAAGUUAAGAAGCUUUUUAAGAUAGGAAUCCCAAUUCUCACUUUGCCUCCUUUUCAUAGCUCACCUAAAUGGCUGACUUCUGUUCAGCACCUCUUCAUGGGUGCACUAUUCUGGAGAGGGAGAUCCUAGAGUUCCCACCUUCUGUUUGUUUGUUUUUGUUUGUUUGUUUGUUUUUUUGUUUGGUUUGUUUUUGUUUUUGAGACAGAGUCUCGCUCUGUCACCCAGGCUGGAUUGCAGUGGCGCAAUCUCGGCUCACUGCAACCUCCGCCUCCCAGUUUCAAGCAAUUCUCCUGCCUCAGCCUUCCAAGUAGCUGAGACUACAGGUGCCUGCCACCACGCCCAGCUAAUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGAUGGGGUUUCACCAUAUUCACCAGGCUGGUCUUGAACUCCUGACCUUGUGAUCUACCCACCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGUGUGAGCCACCAUACCUGGCCAGCCCUUCUGUUCUAGACUGUGAGCCCGAAGACUGCAUUCUCUCCCAGGCUCAGUUUCCUUAUAUACAUAAUGCCACCGUGGUCAACCUCUACAGCAUCAUUUCCUGCACAUAUUUUGUCUAAACACCUUGACUGCACCUCAGAGAAGCUGGGUAUGGGCCGGAUUCCUUUGCCAUUUAAUGCAUACAGCCCGCAGAACAAUGUUGUCUGCUGAGCCCCUGGGGGACAGCAGAGAAUUGGAGCCUCUUUUCAUGGUUCUCACAGGCCAUGUGACACACAGAUGGGAGAAGCUGGCAUCUGCAGGGCCAAAGGCCUCUGGCCAAGGCACCCAUACCAAAGGGGACAGACUGGCCAAAGCAGCCUUAUCCCUAUCUCCUUAGGAACCACAUUCUAGUGGGAUCUGUUUGGUGAUACAGGUUGGGAGCAUGGGUGGGGAAGCCUACCCCAGGCCUGAUUCAGUCAUGAGGAUCCAGGAGCACCCUCCAAUGGCUGUUGCUAACUACAGUUGCCAGAUAAAACUUAGGUGGAAUCUGAGUUUCAGAAAACAAACAAAAAAUGUUUUUAGUAUGUCUCACCUACUGCCUGGGGCGUACAUUACAAAUCAGUCCUUAUAUAUUUGAAACUCAAAUUACAUUGGGCAUCUUGUAUUUUUAUUUUUUUGAGACAGAGUCUCACACUGUUGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCGCGAUCUCGGCUCACUGCAACCUCUGUCUCCUGGGUUCAAGUGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCUGGGUAGCUGGGAUUACAGGCGCCUGCCACCAUGCCCGGCUAAUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGAUAGGGUUUUGCCAUGUUGGCUAAGCUCGUCUGCUAACCCUAGAGCUGACAGGAAGGCUUUUGGGUUGGGCGGUUUUACGGGGAAAAUACUCUGUAACAGCGUUUUUCCUUUACUCUCACAUCACAACAAUCAACGCAGAAGAGUUAUGACCAAAUGUCGGGGUGGGGGGGGGGCGUUUCCCCACACACCAAGCAGCUGGGUGUCCUCUAAUGCAGUCUGACACUGAAAAGUAGUGUCAGAUCCCACAUUGGAGGGCUCAGUCCCCAAGACUGUUCCCCCAACACCAGUUGUAAGUCCAGACCUCCAGAACUUCUGACCAACUGGCUUCAAGUUGGGGUUCCCGUGACUCCCUCUUCGGGUUCAAUUAAUUUGCUGAAGUUGUUCAGAGGGACUGAAAUUUACAAAGGUCAGAGAUGGUAGAGGAAAGAGUAUGGUAAGUGUGGUGUGCAAGCCCAUCUAGUGGGAGCACAGUUGAGGAGGGAACAGGAGGUGGAAGCCAGGUGGGAAAGGAAGUCUGGGGCCCUGUUGGAAGGACCUUGAAUGCUGUGUUGUUAUGAUAGACAGUUUUCCUCCAUGAUUCCUGGCUCAUAACUCCCAUAGCCCUUGUUACAGUCUUUUGUUGUAAUAUUGAGUGUGUUAGGCCACAGGAAACAGACUCUCUCCUUCUCCUGCCCUCCUUUCACCUGCCCCCAGGCAGGACUCUAAUCUUUCCUGGACUUUCCAAUGGUUGUUCUUAAGACCAUUCCCAGAGAGGUUCCCACCCUAUACCCCGGGGGAAGGAAUGCUGACGUUAUAAAGCUUUCAUAAAAACCCAAGCGGACAGGGUUCAGGGAGCUUUGGGAUAACUGAACACAUCGAGGUUCCUGGAGGGUGGUGCCUGGGGGAGGGCUUGGAAGCCCUGUGCCCCUCCUCCCACACCUGAAUUGUUUUUUCUUUUUCCCUUCAUGAAACUCUUCCCUGCUCCUUGUAUGUGCCUCCAUAGUCAUUAUAAGAUUUUAUGAUAAUUUUUACAUGUCUCCCCGCUCCUAAGUACCUUCCACAGUGUCUAGCAUGUCAUAGGGAGUGAUUGGUAAAUAGCUGAUAGAAAGAACAAAUUAAACUAUCAGCCUUGUGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1684.7 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1766.75
Frequency: 0.0000
Diversity: 1290.01
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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