Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

DNAJC27-AS1:9

Sequence Length

780 nt

GC Content

0.5269

UGGAGACGCGACUGCAGUUACCGAGUUUCUAAGGCCUCGUCCCCUGACGGGAAGGCGGCGUUGGGGGGCGGCUGGGUUUACCCUUCGAGGAGUUAGAAAACACCAGGAAAAGGGUUGUUCCCACCUGGAAGAGAAAUGCUAGAGCAACACACCAUCUUCCUCAACAUUAUCAUCUGUCUCUGGAUGACAAUGAAAUUCACAGGACACUGAUUGUCUUUUUAUCCCAUUGGACAUCGUGAUAGUCUACAAUACUGAUAACACCAUGAUGAUAGGAUCUGAAGACCUGGAAGUACCAGAGGCAGGGUUUCACCAUGUUGCCCAGGCUGGUCUCGAACUGGACGCAAGCAAUCCUCCUGCCUUGACCUGCCAAAGAGCUGGGAUUACUGGCAUCAGCAGGAAGAAGAGAUGGAAGCAACGCCAUGGACCUUCACGUCCUUCAGAGUGUGGGUGGGCUUGGGCUUUGCAGUGAGAGCAAGUAUCACCCAGGAUGGAGAUGGGAGGUAAUGGGUGGCCCCGACAGGUGCCUCCUACUGCUGGCAGCAAGGAGAGAGUGAAGAGGCAGAAUUUCCUUGGUCUAGACUAGAGUCUGGGUCAUGGGCAUGGCAGUGCUUGAGCUUUUGACCAGAAGCAAGUGGACAUGGAUUUGAGCUUCGGGUAAGAAGGGAGACUUCUCUCCAGGGACCAUAGGGGCUGGCAGCUGAAGAAGGUGACUUGGCCCCUCUCUAGAGGGUGAACGCAGGAUCAAUUCAAGGCCAUGAAGUGGAUGCAGCUGGGAGAGCC

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-271.5 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -286.92

Frequency: 0.0000

Diversity: 191.7

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.((...(.((.(((((.((((.....(((...(((((((((((((((((.........)))))))))))).(((.((((((((((.((((.(((((......(((((....(((.....))).)))))........(((....)))...((((.(((((..............((((((((((....(((((..((....((((((.....))))))...))..)))))..(((((((...(((.........))).....))))))).((((.((....))))))......))))))))))(((...)))..((((((.((.((((((((..........((((((...((((((((((((((((((...(((((((.....))))).))(((((.........((((........))))..((((((.((((.((((.....((((((((((((..(((......)))..))))).)))))))...))))))))))))))..((((.(((.((....)).))).))))))))))))))((((((((...((......))...))))))))..((((((....)))))))))).))))).)).))))))))..(((((.(((.(((((((((........))))..))))).))).)))))(((((....))))).))))))....)).)))))))).))))).))))..))))).))))....)))))))))).)))((.....)).)))))..))))))).))))).)).)....))

Thermodynamic Ensemble Prediction

.{{...(.((.(((((.,{,({,..,(((...(((((((((((((((((.........)))))))))))).(((.((((((((((.,,((,(,,....}}|.||..,....(((.....))).(((((,,(((({.(((....))).....,,,{{{{,,{|..{{{{.(((((({,,.,|||}}}}.}}}}.......(((....)))...((((((..((((.{{{{..((({(((.,.(((.........)))..,,,})))}))}).))))..)))))){{{{.....))))||||||((,,,,.,{.{{((((((((,{(({,,,|}..}}|}.|}||||||...,||||||||{{,(((((,...{{(((((.....))))).)},||||}..,,.,,}||||,,{{,..{||||,.((((((.((({{((((...,.(((((({(((((..(((......)))..))))).})))))).,.))))))))))))))..((((.(((.((....)).))).))))|||}|}}}}}((((((((...({......))...)))))))),|((((((....)))))))))).})}))}))}.,)))))..,(((({.{((.(((((,{{{........))))..))))).))).)))))||||}.}))))))))))......(((((((((((.((.....)).)).)},)))))))})),.)))))))))).))){{.....}}.)))))..))))))).))))).)).)....)}