Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
GAS5:11
Sequence Length
799 nt
GC Content
0.4030
UUUUCGAGGUAGGAGUCGACUCCUGUGAGGUAUGGUGCUGGGUGCAGAUGCAGUGUGGCUCUGGAUAGCACCUUAUGGACAGUUGUGUCCCCAAGGAAGGAUGAGAAUAGCUACUGAAGUAAGUUGAAAAUUCCCUCUCAAAAAGGUUUAAAGCCAUUGGAUGUGCCACAAUGAUGACAGUUUAUUUGCUACUCUUGAGUGCUAGAAUGAUGAGGAUCUUAACCACCAUUAUCUUAACUGAGGCACCCAAAAUGGUGAGUUGGGGAACAUAGAGAGUACACCUAAGUUCACAUGAAGUUGUUUCUUCCCAGGUCCUAAAGAGCAAGCCUAACUCAAGCCAUUGGCACACAGGCAUUAGACAGAAAGCUGGAAGUUGAAAUGGUGGAGUCCAACUUGCCUGGACCAGCUUAAUGGUUCUGCUCCUGGUAACGUUUUUAUCCAUGGAUGACUUGCUUGGGUAAGGACAUGAAGACAGUUCCUGUCAUACCUUUUAAAGGUACAUGUUUUAUUGAUGUUAACGUUAAUUGAUUGAGCUACUGUUAGUGAUGAUUUUAAAAUUAAAGCAGAUGGGAAUCUCUCUGAGAAAGAAAAUGGAGAUUAAUCUUAAACUGAAACAGUAGUUGGGAAAUCUUUUAGAAAUCCACCUAUUACUACCUAUUGGUAAAGGAGAUUAAAUUUCUACAGGUAUGGAGAGUCGGCUUGACUACACUGUGUGGAGCAAGUUUUAAAGAAGCAAAGGUAUAGCAGUUCCAAGUAUUUUUUUUUUUUUUUUAGACAAGAGUCUAGCUCUUGCCCAGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-210 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -226.95
Frequency: 0.0000
Diversity: 252.26
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((..(((((((((.(((((.(((...(((.(((((((....((((.((......))))))..))))))).)))(((((....)))))..(((((((((.(((((((...((((..((((((((...(((((((.((((....((((((.(((..((..((((((...........(((......)))....(((.((((((((.(((((..(........)..)))))))).......))))).)))((((((((((((((((((.(((.(......)))).))))....((((......))))...(.((.....)).)...))))))))..))))))))))))))))).)))))).............))))...)).))))).))))))))..((((((......))))))((((((.......(((((((((((.(.(.....).).))))))))))).....(((((...))))).((((((...))))))........(((((((....)))))))......((((((((((((((((((((((..........((((.(((...)))))))............)))))).)))....))))..))))))))).(((..(((...)))..))).........((((....))))..((((((...))))))(((((((.(..(((....)))..)))).))))..)))))).(((((...)))))..........))))......))))))).)))))))))...))).)))))..)))))))))..)))
Thermodynamic Ensemble Prediction
..{((..(((((((((,(((((,(((,..(((.(((((({.,{.((((.((......)))))).}))))))).}}}(((((....))))),,,,{{{{({{.,,{{,{{{{((({...||{{||||...,,|||,|,|,,....((({...,))).{(((((.{(((({,,{,,{..((((((.(((((((.,((((.(((((({.{(((((,{(.......,|.,)}))}}|,.....,.||...,}..||||||((((((((((((.(((.{......}))).))))....((((......))))...(,({.....}),}...))))))))}.,)))))))))).)))).,.))).))))))))))...))))...))))).,)))))),,|||,.((((((......)))))),|||||,|||,,.{{{{{{{{{{{.{,|...,,).),))))))}}|||,,,..(((((...))))).((((({...})))))}},||||,(((((((....))))))).,,...(((((((((({((,,{((((,,...,,}}..,|{{{,{{,{{{||||||,....,,,....,)))))}.,))},..})},.,))))))))).(({..(({...})}..})).{{{.{{,{(({{...,)))),,||{|{,...,}}))}|{|||||,|,.|||}}}{|||.,|}}|.},,})}}}}))}.||,,.,{{{{{{.{{{({{{{..,.,,.....)))))))),))))))),,|{|||,.}}))),,)))))))))..)),
Back