Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
GAS5:21
Sequence Length
1302 nt
GC Content
0.4908
GGGGGAUUGCACAUAUGGUGCAUGCGUGACCUAAGCUGCGACUAUGUUAGAGUAGAACUGCGGAGAAGCCUCGGCUCUCGUGCCCUGCCUCUGAUGAAGCCUGUGUUGGUAGGGACAUCUGAGAGUAAUGAUGAAUGCCAACCGCUCUGAUGGUGGCACAUGCCGAGUCACCCGAGUAAGCUAUUGUUAAGGGCCGUGACCCGAGCCUCCAUCAGCCGUCCGCUCUCAUGAAAGGCUGUCGGUGGUAGUCCACGUGCUUAAGUGCCUGCAUUCCGCAGUGUCACCAAUAUUUCCAUUAGUGUUUCUUUUUUCUUUUUUGAGACCGAGCCUCGUUCUGUCACCCAGGCUGGAAUGCAGUGGCUCGACAUCGGUUAAUGGCAACCUCCGCGUCCCGAGUUAAGCAGUUCUGCCUCAGCCUCCCAAGUAACUGGGACUACAGGCGCGCGCCACCAUGCUAGGCUUUUAUAUUUUUAGUAGAGACGGGGUUUCACCAUGUUGGCGAGACUGGUCUUGAACUCCUGACCUCAGGUGAUCCACCAGCCGUGGUCCCCCAACAUACUGGGAUUACAAGCCGUGAGCCACCGCGCCCGGCCGCCAUCGGUGGUUCUUAACUGCGGGUGCAGUGCUUCUUUGUAACAUUAAGUGUAUCCUUUACCUGUCGCUAGAUAAUGAAUGGUAUGUUACCUGCAUCAUUGGUUUAAAAAGACGAACCGUUUUUUUAAAGAACACUCUUUAAAAAAAAGAACCGUGGAACAAUGAAUUAAAAUCUGUACCUGAUCUCUUUAGGUAUGGUGCUGGGUGCAGAUGCAGUGUGGCUCUGGAUAGCACCUUAUGGACAGUUGUGUCCCCAAGGAAGGAUGAGAAUAGCUACUGAAGUCCUAAAGAGCAAGCCUAACUCAAGCCAUUGGCACACAGGCAUUAGACAGAAAGCUGGAAGUUGAAAUGGUGGAGUCCAACUUGCCUGGACCAGCUUAAUGGUUCUGCUCCUGGUAACGUUUUUAUCCAUGGAUGACUUGCUUGGGUAUGGAGAGUCGGCUUGACUACACUGUGUGGAGCAAGUUUUAAAGAAGCAAAGGACUCAGAAUUCAUGAUUGAAGAAAUGCAGGGUUUUUAAUGACCACAACAAGCAAGCAUGCAGCUUACUGCUUGAAAGGGUCUUGCCUCACCCAAGCUAGAGUGCAGUGGCCUUUGAAGCUUACUACAGCCUCAAACUUCUGGGCUCAAGUGAUCCUCAGCCUCCCAGUGGUCUUUGUAGACUGCCUGAUGGAGUCUCAUGGCACAAGAAGAUUAAAACAGUGUCUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-422.1 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -445.33
Frequency: 0.0000
Diversity: 339.06
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((((((.....)))))((.(((((.....((((..(((...))).)))).(((((((((..((...(((.((((((..(((((.(((((..((((((((((......))))).(((((((...((((...((.....)).(((((((.(((......((.(((((((.....(((....)))...))..))))).)).))).))))))).)))).)))))))....)))))))))).)))))..))))......)).))).)).))))))))))))))))..))))))..((.(((((...(((((((......(((.((((...)))).)))....((((((((...((((((((...((((((((......))))...((((((.((((((.((.(((((((((((((.(((((......))))).....((((((.(((((.......(((((...((.((((((((.....((((....(((((((((((((((....)))))..(.((((....)))).).....)))).)))))))))).....)))))))).)).)))))))).))...)))))).(((((((...)))))))......((((((((..(((((((.((((.......((.(((.....)))))........)))).))..)))))..))))))))((((((.((((((((((((...))))))))))))...((((((((.....)))))...)))...))))))........((((((((((.....)))))))))).)))))).))))).)).)).)))))).)))).)).((((..(((((....)))))..))))...)))).....))))))))...))).........))))).......(((((.(((.(((((((((((.(.(((..((((((.(((((....(((((....((((((((.(((.(((((....))..))).))).))))).)))....)))))((((.((((((((((((..((.(((((.((((.((........)).))))..(((((...)))))....)))))(((((((.(((((.....))).)))))))))....((((....(((((((((.....)))...))))))....))))...))..))))))))..((((.(((.((..(((((.(((......))).))))))).))).)))))))).))))))))).).)))))..))).).)))..)))))).))..)))..)))))..)))))))...))))).))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((,(((({...{((((((..{(((((.(((..{({{.......,,.{(.((((((((((.{((..,,{{{{((((((((((((((((.,..,,.....,......))))))).))}.,))))),...{,,{..(((({{(((...,,.{(({((({{.(((,({((,,.,,..{({,((..,,|||,,{|({{((({|.,..(((.((..(((((...,........}...)))))..)).))).),,)))),,))}},,,)},|}|}}}}.))))))))))}|{{{{{......}}}}||,,....,{(,,....)))),((((((,{(((({(((.....))).)))))),,,.)))))).,.,}))}...}))}}..,,}.,},,.}})))}}..))))))))))}))))).(((((......)))))....))))))))).))))))|.{,(((({,,....{{{{((({(((((.{((((((.(({...})).)))))).)))),...|.((((....)))),|.|||||},},,||||||||||....,,,|)))},},}...(((.((((((({(((((((({{(((.((.{((((((({...(((((((({.{(((({{.((((.......((,(((.....}}}}}..,.....)))}.)),.))))),.})))))))....{(((((........)))))},(((((((((((....)))))))))))))))))))).)).................((((((((.....)))))))))))))))))))).......}.)))))))}))......((((..(((((....)))))..)))).,||||.,,.....}},})},,)},}}.,,|||..}}}}},.,,,..(((((.(((.((((((((,(,.(,(((..((((({.(((((....(((((....((((((((.(((.(((({....)),.})).))).))))).)))....)))))((((.((((((((((((..((.(((((.((((.((........)).))))..(((((...}))))....))))),{{{(((.{{,,{.....}}}.}}))))))),...((((....(((((((((.....)))...))))))....))))...))..))))))))..((((.(((.((..(((((.(((......))).))))))).))).)))))))).))))))))).),)))))..))).),),,,.)))))).))..)))..)))))...............)))),)}},
Back