Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
GAS5:25
Sequence Length
1225 nt
GC Content
0.4841
CUGUGUUGGUAGGGACAUCUGAGAGUAAUGAUGAAUGCCAACCGCUCUGAUGGUGGCACAUGCCGAGUCACCCGAGUAAGCUAUUGUUAAGGGCCGUGACCCGAGCCUCCAUCAGCCGUCCGCUCUCAUGAAAGGCUGUCGGUGGUAGUCCACGUGCUUAAGUGCCUGCAUUCCGCAGUGUCACCAAUAUUUCCAUUAGUGUUUCUUUUUUCUUUUUUGAGACCGAGCCUCGUUCUGUCACCCAGGCUGGAAUGCAGUGGCUCGACAUCGGUUAAUGGCAACCUCCGCGUCCCGAGUUAAGCAGUUCUGCCUCAGCCUCCCAAGUAACUGGGACUACAGGCGCGCGCCACCAUGCUAGGCUUUUAUAUUUUUAGUAGAGACGGGGUUUCACCAUGUUGGCGAGACUGGUCUUGAACUCCUGACCUCAGGUGAUCCACCAGCCGUGGUCCCCCAACAUACUGGGAUUACAAGCCGUGAGCCACCGCGCCCGGCCGCCAUCGGUGGUUCUUAACUGCGGGUGCAGUGCUUCUUUGUAACAUUAAGUGUAUCCUUUACCUGUCGCUAGAUAAUGAAUGGUAUGUUACCUGCAUCAUUGGUUUAAAAAGACGAACCGUUUUUUUAAAGAACACUCUUUAAAAAAAAGAACCGUGGAACAAUGAAUUAAAAUCUGUACCUGAUCUCUUUAGGUAUGGUGCUGGGUGCAGAUGCAGUGUGGCUCUGGAUAGCACCUUAUGGACAGUUGUGUCCCCAAGGAAGGAUGAGAAUAGCUACUGAAGUCCUAAAGAGCAAGCCUAACUCAAGCCAUUGGCACACAGGCAUUAGACAGAAAGCUGGAAGUUGAAAUGGUGGAGUCCAACUUGCCUGGACCAGCUUAAUGGUUCUGCUCCUGGUAACGUUUUUAUCCAUGGAUGACUUGCUUGGGUAUGGAGAGUCGGCUUGACUACACUGUGUGGAGCAAGUUUUAAAGAAGCAAAGGACUCAGAAUUCAUGAUUGAAGAAAUGCAGGCAGACCUGUUAUCCUAAACUAGGGUUUUUAAUGACCACAACAAGCAAGCAUGCAGCUUACUGCUUGAAAGGGUCUUGCCUCACCCAAGCUAGAGUGCAGUGGCCUUUGAAGCUUACUACAGCCUCAAACUUCUGGGCUCAAGUGAUCCUCAGCCUCCCAGUGGUCUUUGUAGACUGCCUGAUGGAGUCUCAUGGCACAAGAAGAUUAAAACAGUGUCUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-394.8 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -415.14
Frequency: 0.0000
Diversity: 302.82
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((((....((((..........))))..))))))).(((((..(((((((((.(((.((((.......(((.((.....(((((.((.(((((....(((.((..(((((................)))))..)).))).)).))))).)))))..)).))))))).))))))))))))..(((((...((((..(((((..((((((((((....((((((.(((((((((.....))).))))))....)))))).....((((......))))...((((((.((((((.((.(((((((((((((.(((((......))))).....((((((.(((((.......(((((...((.((((((((.....((((....(((((((((((((((....)))))..(.((((....)))).).....)))).)))))))))).....)))))))).)).)))))))).))...)))))).(((((((...)))))))......((((((((..(((((((.((((.......((.(((.....)))))........)))).))..)))))..))))))))((((((.((((((((((((...))))))))))))...((((((((.....)))))...)))...))))))........((((((((((.....)))))))))).)))))).))))).)).)).)))))).)))).)).......(((((....))))).)))))))))).)))))..))))..))))).....))))).............(((((.(((.(((((((((((.(.(((..((((((.(((((....(((((....((((((((.(((.(((((....))..))).))).))))).)))....)))))((((.((((((((((((..((.(((((.((((.((........)).))))..(((((...)))))....)))))....((((....)))).....(((((....))))).((((((...)))))).......((((....(((((((((.....)))...))))))....))))...))..))))))))..((((.(((.((..(((((.(((......))).))))))).))).)))))))).))))))))).).)))))..))).).)))..)))))).))..)))..)))))..............))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((((((({.,,.((((,,,,......}|||,.}|||}}}.(({{{.,((((((({(.(((,((((,......{({.((....,|{,,({({{((({{....(((.((..(((((...,........)...)))))..)).))).)},})))}})))},{|||,|||}}}}.))))})})))}|,,{((,..,.{|||,.{{{{{..{(({{{{{{|.(((.((((...)))).)))....{((((((...((((..(((.(((.((((....{((......}}},.,.))))))).)))....)))).))))))|((({.,,,..}||||||,{.||||.}.||||}|}||}..|||,|},,|..,,..{{{,{{({{.{((((((.(({...})).)))))).})))},.,},{,,|,,},))))}}.}}}})))))}||||||||......,,,}))))}}}}.,|{{{.((({((({(((((((({{(((.{{,|||||{{{,...{(((((((|.{{(({{{.{{{{.......((,(((.....}}}|}.,{,....))}},))..)))))},}))))))}....{(((((........)))))},(((((((((((....)))))))))))))))}}))}.}}...,,,.........,,((((((((.....))))))))))}))))))})),},.,,.}.})))))),)),,.,,.{{{{..(((((....))))).}))))}||||,}}}}}..}}}}.}},,)),,...}}}}}........}},..(((((.(((.((((((((,(,.(,(((..((((({.(((((....(((((....((((((((.(((.(((({....))..})).))).))))).)))....)))))((((.((((((((((((..((.(((((.((((.((........)).))))..(((((...)))))....)))))....((((....)))).....(((((....))))).((((((...)))))).......((((....(((((((((.....)))...))))))....))))...))..))))))))..((((.(((.((..(((((.(((......))).))))))).))).)))))))).))))))))).),)))))..))).)}),,..)))))).))..)))..)))))..............})))......
Back