Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

GAS5:26

Sequence Length

1241 nt

GC Content

0.4819

CUGUGUUGGUAGGGACAUCUGAGAGUAAUGAUGAAUGCCAACCGCUCUGAUGGUGGCACAUGCCGAGUCACCCGAGUAAGCUAUUGUUAAGGGCCGUGACCCGAGCCUCCAUCAGCCGUCCGCUCUCAUGAAAGGCUGUCGGUGGUAGUCCACGUGCUUAAGUGCCUGCAUUCCGCAGUGUCACCAAUAUUUCCAUUAGUGUUUCUUUUUUCUUUUUUGAGACCGAGCCUCGUUCUGUCACCCAGGCUGGAAUGCAGUGGCUCGACAUCGGUUAAUGGCAACCUCCGCGUCCCGAGUUAAGCAGUUCUGCCUCAGCCUCCCAAGUAACUGGGACUACAGGCGCGCGCCACCAUGCUAGGCUUUUAUAUUUUUAGUAGAGACGGGGUUUCACCAUGUUGGCGAGACUGGUCUUGAACUCCUGACCUCAGGUGAUCCACCAGCCGUGGUCCCCCAACAUACUGGGAUUACAAGCCGUGAGCCACCGCGCCCGGCCGCCAUCGGUGGUUCUUAACUGCGGGUGCAGUGCUUCUUUGUAACAUUAAGUGUAUCCUUUACCUGUCGCUAGAUAAUGAAUGGUAUGUUACCUGCAUCAUUGGUUUAAAAAGACGAACCGUUUUUUUAAAGAACACUCUUUAAAAAAAAGAACCGUGGAACAAUGAAUUAAAAUCUGUACCUGAUCUCUUUAGGUAUGGUGCUGGGUGCAGAUGCAGUGUGGCUCUGGAUAGCACCUUAUGGACAGUUGUGUCCCCAAGGAAGGAUGAGAAUAGCUACUGAAGUCCUAAAGAGCAAGCCUAACUCAAGCCAUUGGCACACAGGCAUUAGACAGAAAGCUGGAAGUUGAAAUGGUGGAGUCCAACUUGCCUGGACCAGCUUAAUGGUUCUGCUCCUGGUAACGUUUUUAUCCAUGGAUGACUUGCUUGGGUAAGGACAUGAAGACAGUUCCUGUCAUACCUUUUAAAGGUAUGGAGAGUCGGCUUGACUACACUGUGUGGAGCAAGUUUUAAAGAAGCAAAGGACUCAGAAUUCAUGAUUGAAGAAAUGCAGGGUUUUUAAUGACCACAACAAGCAAGCAUGCAGCUUACUGCUUGAAAGGGUCUUGCCUCACCCAAGCUAGAGUGCAGUGGCCUUUGAAGCUUACUACAGCCUCAAACUUCUGGGCUCAAGUGAUCCUCAGCCUCCCAGUGGUCUUUGUAGACUGCCUGAUGGAGUCUCAUGGCACAAGAAGAUUAAAACAGUGUCUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-401.9 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -422.67

Frequency: 0.0000

Diversity: 312.76

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((((((((....((((..........))))..))))))).(((((..(((((((((.(((.((((.......(((.((.....(((((.((.(((((....(((.((..(((((................)))))..)).))).)).))))).)))))..)).))))))).))))))))))))..(((((...((((..(((((..((((((((((....((((((.(((((((((.....))).))))))....)))))).....((((......))))...((((((.((((((.((.(((((((((((((.(((((......))))).....((((((.(((((.......(((((...((.((((((((.....((((....(((((((((((((((....)))))..(.((((....)))).).....)))).)))))))))).....)))))))).)).)))))))).))...)))))).(((((((...)))))))......((((((((..(((((((.((((.......((.(((.....)))))........)))).))..)))))..))))))))((((((.((((((((((((...))))))))))))...((((((((.....)))))...)))...))))))........((((((((((.....)))))))))).)))))).))))).)).)).)))))).)))).)).......(((((....))))).)))))))))).)))))..))))..))))).....))))).............(((((.(((.(((((((((((.(.(((..((((((.(((((....(((((....((((((((.(((.(((((....))..))).))).))))).)))....)))))((((.((((((((((((.(((.(((((((((....(((((((((((((...))))))))..(((((.((((.((........)).))))..(((((...)))))....)))))....((((....)))).....))))))))))))..((((....(((((((((.....)))...))))))....)))).))))).))))))))..((((.(((.((..(((((.(((......))).))))))).))).)))))))).))))))))).).)))))..))).).)))..)))))).))..)))..)))))..............))))......

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((((((((({.,,.((((,,,,......}|||,.}|||}}}.(({{{.,((((((({(.(((,((((,......{({.((....,|{,,({({{((({{....(((.((..(((((...,........)...)))))..)).))).)},})))}})))},{|||,|||}}}}.))))})})))}|,,{((,..,.{|||,.{{{{{..{(({{{{{{|.(((.((((...)))).)))....{((((((...((((..(((.(((.((((....{((......}}},.,.))))))).)))....)))).))))))|((({.,,,..}||||||,{.||||.}.||||}|}||}..|||,|},,|..,,..{{{,{{({{.{((((((.(({...})).)))))).})))},.,},{,,|,,},))))}}.}}}})))))}||||||||......,,,}))))}}}}.,|{{{.((({((({(((((((({{(((.{{,|||||{{{,...{(((((((|.{{(({{{.{{{{.......((,(((.....}}}|}.,{,....))}},))..)))))},}))))))}....{(((((........)))))},(((((((((((....)))))))))))))))}}))}.}}...,,,.........,,((((((((.....))))))))))}))))))})),},.,,.}.})))))),)),,.,,.{{{{..(((((....))))).}))))}||||,}}}}}..}}}}.}},,)),,...}}}}}........}},..(((((.(((.((((((((,(,.(,(((..((((({.(((((....(((((....((((((((.(((.(((({....))..})).))).))))).)))....)))))((((.((((((((((((.(((.({(((((((....(((((((((((((...))))))))..(((((.((((.((........)).))))..(((((...)))))....)))))....((((....)))}.....}))))))))))}..((((....(((((((((.....)))...))))))....)))).})))).))))))))..((((.(((.((..(((((.(((......))).))))))).))).)))))))).))))))))).),)))))..))).),),,..)))))).))..)))..)))))..............})))......