Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

GAS5:33

Sequence Length

1114 nt

GC Content

0.4192

GUAUGGUGCUGGGUGCAGAUGCAGUGUGGCUCUGGAUAGCACCUUAUGGACAGUUGUGUCCCCAAGGAAGGAUGAGAAUAGCUACUGAAGUCCUAAAGAGCAAGCCUAACUCAAGCCAUUGGCACACAGGCAUUAGACAGAAAGCUGGAAGUUGAAAUGGUGGAGUCCAACUUGCCUGGACCAGCUUAAUGGUUCUGCUCCUGGUAACGUUUUUAUCCAUGGAUGACUUGCUUGGGUAAGGACAUGAAGACAGUUCCUGUCAUACCUUUUAAAGGUACAUGUUUUAUUGAUGUUAACGUUAAUUGAUUGAGCUACUGUUAGUGAUGAUUUUAAAAUUAAAGCAGAUGGGAAUCUCUCUGAGAAAGAAAAUGGAGAUUAAUCUUAAACUGAAACAGUAGUUGGGAAAUCUUUUAGAAAUCCACCUAUUACUACCUAUUGGUAAAGGAGAUUAAAUUUCUACAGGUAUGGAGAGUCGGCUUGACUACACUGUGUGGAGCAAGUUUUAAAGAAGCAAAGGUAUAGCAGUUCCAAGUAUUUUUUUUUUUUUUUUAGACAAGAGUCUAGCUCUUGCCCAGAAUGGAGUGCAGCGGCACUAUCAGUUCACUGCAACCUCUGCCUCCCAGGUUCAAGGAAUUCUCCUGCCUCAGCCUCUUGAGUAGCUGGGAUUACAGGCAUGUGACACCAUGCCUGGCUAAUUUUGUACAGCUAUGUUGUCCAGGCUGGUCUCGAACUCUUGACCUCAAGUGAUACUGCCCGCACUGACCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCGUGAGCCACCAUGCCCCGCCUCAAGUCUGGUUUUUAAGUGUUGUAAAGCCGAUACAAUGAUGAUAACAUAGUUCAGCAGACUAACGCUGAUGAGCAAUAUUAAGUCUUUCGCUCCUAUCUGAUGUAUCUGGCGGUAACAUUCUAGUUUAUGCCCCGAAAAGGGGAAUAUAGCCAUUCUAUAAUGUUUGGAGAUUUUGGAUUACUCCUAAUUGUAUGCAAGUUGUCUUACUGUGUAUUGUCCCUUAAUUUCAGGACUCAGAAUUCAUGAUUGAAGAAAUGCAGGUUAGUUUAAACUUUGAAGGAAAUUUUUAAGGUGGCAAAAGGUU

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-305.5 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -328.51

Frequency: 0.0000

Diversity: 324.73

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((.(((((((....((((.((......))))))..))))))).)))(((((....)))))((......)).........(((((((((.((((..((((.((((.(((((...(((...)))((((((.....((((((...((....(((((....((.(..((((((.(((((.(((.(((((....))..))).))).))))).(((((((((((.(.(.....).).))))))))))).....(((((...))))).((((((...))))))((((.......(((((((.(((((........((((((((((((((((((((((..........((((.(((...)))))))............)))))).)))....))))..))))))))).(((..(((...)))..))).........((((....))))..((((((...)))))).((((((.((((.((((((((.((.(((((((((((.(((.((.(((..((.(((.((((...(((((...........................(((((((...)))))))....((((..(((((....)))))....))))))))).)))).))).))..((((...((((....))))))))((((((.....(((((((((((((((((((((......))))))))..))))))....))))))).......))))))..........((((....))))))).))))))))))).....(((((......))))).....((((((......))))))..(((........))).....))))).)).)))))))).....(((..(((.((.(((((.(((.(....)))).))))).)).))).))).....)))))))))).......))))).)))))))......))))((((.....)))).......(((..(......)..))).....))))))..).)))))))....))...))))))..))))))...((((..........)))).((...((((....))))....))..)))))))))...))))..))))..)))....))))))........

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((.(((((({.,{.((((.((......)))))).}))))))).))}(((((....)))))((......}}.........((((((((({((((..((((.(((,{(((((...(((...)))((((((.....((((({.{{(((({{{{{{{...,(({({{,{{,,.,|{(({.((({(({,,...,))}})}},}}}.))}}}.(((((((((((.(.(.....}.).))))))))))).....(((((...))))).((((({...}))))),,,,,{,.(((((((....))))))).}},,.(((((((((({((,,(((((,,...,,},...{((({{{{{,{||{|||,....,,.....,)))))}.,))|,..}}}}.,})))))))).|{{..{{{...})}..))),||,.||,,((((....))))..||(({{...}))))).{(((((.((((,((((((((.((.(((((((((((.(({,({.{{,..{{.(((.((((...(((((.........................|.(((((((...))))))).,..{{{({{(((((....))))).,},}}}}))))).)))).))).)),.{(((...((({....)))))))}((((((.....(((((((((((({((((((((......))))))))..})))))....)))))))...,...)))))){{,..,....||,|}}}.,,,}}}}.}}))))))))),....{((({......}))))...,.((((((......))))))..{({........))).....))))}.}}.}))))))).,...{({{,{{,.|{.{{(((,({{......)))),}|||}.,,.,,..}}}....,)))))))))).|||||}.}}}},))})}))}}}}}}|,,.((((.....))))..,|,..{((..(......)..))),,,,.||{,{,,,|,}}..,,,}}},,)},,})))))..))))))...((((..........)))).{{...((((....))))....}}..))))))))}...))))..))))..,))),..))))))........